Variantes patogênicas e alteração da expressão em genes candidatos ao espectro óculo-aurículo-vertebral
Data
2018-12-20
Autores
Souza, Malu Zamariolli de 
Orientadores
Melaragno, Maria Isabel de Souza Aranha
Tipo
Dissertação de mestrado
Título da Revista
ISSN da Revista
Título de Volume
Resumo
Objective: To investigate the presence of alterations in the sequence and expression
of candidate genes in a cohort of 73 patients diagnosed with oculoauriculovertebral
spectrum (OAVS). Methods: Next generation sequencing of exons and untranslated
regions (UTRs) from ten candidate genes (YPEL1, MAPK1, CRKL, OTX2, GSC,
HMX1, NKX32,
MYT1, PUF60 and HOXA2) was performed. Single nucleotide
variants (SNVs) were analyzed by several in silico prediction tools and classified into
three categories: likely benign, variant of uncertain significance and likely pathogenic.
Variants considered as likely pathogenic were validated by Sanger sequencing and
their heritability was accessed when parents’ DNA was available. Whole blood
expression of the genes containing likely pathogenic variants was evaluated in the
patients and compared to a group of control individuals. Results: Six SNVs were
considered as likely pathogenic. All of them were in heterozygous state and were
localized in the UTRs regions of five sequenced candidate genes (YPEL1, MAPK1,
CRKL, OTX2 and MYT1). Variants in the YPEL1, MAPK1, CRKL and OTX2 genes
were identified in five unrelated patients, two with variants in YPEL1. In contrast, the
variant located in the MYT1 gene was identified in five other unrelated patients. The
impact of variants in the YPEL1, MAPK1, CRKL and MYT1 genes on the expression
in peripheral blood was verified, however, gene expression analysis showed
unmodified transcription levels in the patients when compared to controls.
Conclusion: Novel variants in candidate genes were described and they may help to
improve the understanding of the complex and unknown etiology of OAVS. The fact
that each variant was only identified in one or a few patients supports the hypothesis
of the genetic heterogeneity of the spectrum and a probable multifactorial inheritance
with different factors involved in the disease, including environmental factors.
Objetivo: Investigar a presença de alterações na sequência e na expressão de genes candidatos em uma coorte de 73 pacientes diagnosticados com o Espectro ÓculoAurículoVertebral (OAVS). Métodos: Foi realizado o sequenciamento de nova geração dos éxons e regiões UTRs (do inglês, untranslated regions) de dez genes candidatos selecionados (YPEL1, MAPK1, CRKL, OTX2, GSC, HMX1, NKX32, MYT1, PUF60 e HOXA2). As variantes de nucleotídeo único (SNV) foram analisadas por diversas ferramentas de predição in silico e classificadas em três categorias: possivelmente benignas, significado incerto e possivelmente patogênicas. As variantes consideradas como possivelmente patogênicas foram validadas pelo sequenciamento de Sanger e a herdabilidade foi avaliada quando o DNA dos pais dos pacientes estava disponível. A expressão em sangue periférico dos genes portadores de variantes possivelmente patogênicas foi avaliada nos pacientes e comparada a um grupo de indivíduos controle. Resultados: Seis SNVs foram consideradas possivelmente patogênicas, estando todas em estado de heterozigose e localizadas em regiões UTRs de cinco dos genes candidatos sequenciados (YPEL1, MAPK1, CRKL, OTX2 e MYT1). As variantes localizadas nos genes YPEL1, MAPK1, CRKL e OTX2 foram identificadas em cinco pacientes não aparentados, havendo dois com variantes no YPEL1. Já a variante localizada no gene MYT1 foi identificada em outros cinco pacientes não aparentados. Foi verificado o impacto das variantes dos genes YPEL1, MAPK1, CRKL e MYT1 na expressão em sangue periférico, no entanto, os estudos de expressão não revelaram diferenças significantes entre os pacientes portadores das variantes e o grupo controle. Conclusões: Foram descritas novas variantes em genes candidatos que poderão melhorar o entendimento da complexa e desconhecida etiologia do OAVS. O fato de que cada variante só foi identificada em um ou em poucos pacientes apoia a hipótese de haver heterogeneidade genética do espectro e uma provável herança multifatorial com diferentes fatores envolvidos na doença, incluindo fatores ambientais.
Objetivo: Investigar a presença de alterações na sequência e na expressão de genes candidatos em uma coorte de 73 pacientes diagnosticados com o Espectro ÓculoAurículoVertebral (OAVS). Métodos: Foi realizado o sequenciamento de nova geração dos éxons e regiões UTRs (do inglês, untranslated regions) de dez genes candidatos selecionados (YPEL1, MAPK1, CRKL, OTX2, GSC, HMX1, NKX32, MYT1, PUF60 e HOXA2). As variantes de nucleotídeo único (SNV) foram analisadas por diversas ferramentas de predição in silico e classificadas em três categorias: possivelmente benignas, significado incerto e possivelmente patogênicas. As variantes consideradas como possivelmente patogênicas foram validadas pelo sequenciamento de Sanger e a herdabilidade foi avaliada quando o DNA dos pais dos pacientes estava disponível. A expressão em sangue periférico dos genes portadores de variantes possivelmente patogênicas foi avaliada nos pacientes e comparada a um grupo de indivíduos controle. Resultados: Seis SNVs foram consideradas possivelmente patogênicas, estando todas em estado de heterozigose e localizadas em regiões UTRs de cinco dos genes candidatos sequenciados (YPEL1, MAPK1, CRKL, OTX2 e MYT1). As variantes localizadas nos genes YPEL1, MAPK1, CRKL e OTX2 foram identificadas em cinco pacientes não aparentados, havendo dois com variantes no YPEL1. Já a variante localizada no gene MYT1 foi identificada em outros cinco pacientes não aparentados. Foi verificado o impacto das variantes dos genes YPEL1, MAPK1, CRKL e MYT1 na expressão em sangue periférico, no entanto, os estudos de expressão não revelaram diferenças significantes entre os pacientes portadores das variantes e o grupo controle. Conclusões: Foram descritas novas variantes em genes candidatos que poderão melhorar o entendimento da complexa e desconhecida etiologia do OAVS. O fato de que cada variante só foi identificada em um ou em poucos pacientes apoia a hipótese de haver heterogeneidade genética do espectro e uma provável herança multifatorial com diferentes fatores envolvidos na doença, incluindo fatores ambientais.