Caracterização molecular de amostras de Pseudomonas aeruginosa resistentes a Amicacina e Meropenem
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Data
2019-02-20
Autores
Santos, Paulo Henrique Dantas Dos [UNIFESP]
Orientadores
Pignatari, Antonio Carlos Campos [UNIFESP]
Tipo
Dissertação de mestrado
Título da Revista
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Resumo
Introduction: Pseudomonas aeruginosa infections in the hospital environment present high morbidity and mortality, particularly in immunocompromised patients, with high rates of multiresistance to antimicrobials including carbapenens and aminoglycosides. This study retrospectively analyzed isolates of P. aeruginosa resistant to amikacin and meropenem from nosocomial infections of the bloodstream and respiratory tract diagnosed in the participating medical centers of SCOPE Brazil and Hospital São Paulo. Methods: The sensitivity profile to amikacin and meropenem of 96 P. aeruginosa samples, identified by MALDI-TOF, was determined by dilution in agar. The presence of genes encoding enzyme resistance to meropenem and amikacin was evaluated by real-time PCR (qPCR) and the clonality profile by Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE). Four samples with different minimum inhibitory concentrations (MIC) for amikacin were submitted to new generation sequencing (SNG). Results: Resistance to both antibiotics, amikacin and meropenem, was observed in 42 (43.75%) with very high MICs for amikacin (> 4,096 μg / ml). The blaSPM, rmtD, blaGES resistance genes were detected by the qPCR methodology. An association of samples with higher MICs for amikacin was observed when the detection of genes coding for the metalloenzyme blaSPM and the methylase rmtD was observed. The analysis of the clonality profile of the isolates resistant to amikacin by PFGE revealed 10 profiles, and the majority of isolates resistant to amikacin and meropenem are found in the same profile. The SNG analyzed by the online platforms Center for Genomic Epidemiology and MLST-Pasteur Database enabled the detection of resistance genes for β-lactams, aminoglycosides and fluoroquinolones, as well as ST of three isolates, especially ST 277 for international dissemination.
Introdução: As infecções por Pseudomonas aeruginosa no ambiente hospitalar apresentam elevada morbidade e mortalidade, particularmente em pacientes imunocomprometidos, com taxas elevadas de multirresistência a antimicrobianos incluindo carbapenems e aminoglicosídeos. Este estudo analisou retrospectivamente isolados de Pseudomonas aeruginosa resistentes a amicacina e meropenem provenientes de infecções nosocomiais de corrente sanguínea e de trato respiratório diagnosticadas nos centros médicos participantes do projeto SCOPE Brasil e Hospital São Paulo. Métodos: O perfil de sensibilidade a amicacina e meropenem de 96 amostras de P. aeruginosa, identificadas por MALDI-TOF, foi determinado por diluição em ágar. A presença de genes que codificam resistência enzimática a meropenem e amicacina foi avaliada por PCR em tempo real (qPCR) e o perfil de clonalidade por Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE). Quatro amostras com diferentes concentrações inibitórias mínimas (CIM) para amicacina foram submetidas a sequenciamento de nova geração (SNG). Resultados: A resistência a ambos antibióticos, amicacina e meropenem, foi observada em 42 (43,75%) com CIM muito elevadas para amicacina (>4.096 μg/ml). Foram detectados os genes de resistência blaSPM, rmtD, blaGES pela metodologia de qPCR. Observou-se uma associação de amostras com CIMs mais elevadas para amicacina quando da concomitância da detecção dos genes codificadores da metaloenzima blaSPM e da metilase rmtD. A análise do perfil de clonalidade dos isolados resistentes a amicacina por PFGE revelou 10 perfis, sendo que a maioria dos isolados resistentes a amicacina e meropenem encontram-se num mesmo perfil. O SNG analisado pelas plataformas online Center for Genomic Epidemiology e MLST- Pasteur Database possibilitou a detecção de genes de resistência para β-lactâmicos, aminoglicosídeos e fluoroquinolonas, além do ST de três isolados, destacando-se o ST 277 de disseminação internacional.
Introdução: As infecções por Pseudomonas aeruginosa no ambiente hospitalar apresentam elevada morbidade e mortalidade, particularmente em pacientes imunocomprometidos, com taxas elevadas de multirresistência a antimicrobianos incluindo carbapenems e aminoglicosídeos. Este estudo analisou retrospectivamente isolados de Pseudomonas aeruginosa resistentes a amicacina e meropenem provenientes de infecções nosocomiais de corrente sanguínea e de trato respiratório diagnosticadas nos centros médicos participantes do projeto SCOPE Brasil e Hospital São Paulo. Métodos: O perfil de sensibilidade a amicacina e meropenem de 96 amostras de P. aeruginosa, identificadas por MALDI-TOF, foi determinado por diluição em ágar. A presença de genes que codificam resistência enzimática a meropenem e amicacina foi avaliada por PCR em tempo real (qPCR) e o perfil de clonalidade por Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE). Quatro amostras com diferentes concentrações inibitórias mínimas (CIM) para amicacina foram submetidas a sequenciamento de nova geração (SNG). Resultados: A resistência a ambos antibióticos, amicacina e meropenem, foi observada em 42 (43,75%) com CIM muito elevadas para amicacina (>4.096 μg/ml). Foram detectados os genes de resistência blaSPM, rmtD, blaGES pela metodologia de qPCR. Observou-se uma associação de amostras com CIMs mais elevadas para amicacina quando da concomitância da detecção dos genes codificadores da metaloenzima blaSPM e da metilase rmtD. A análise do perfil de clonalidade dos isolados resistentes a amicacina por PFGE revelou 10 perfis, sendo que a maioria dos isolados resistentes a amicacina e meropenem encontram-se num mesmo perfil. O SNG analisado pelas plataformas online Center for Genomic Epidemiology e MLST- Pasteur Database possibilitou a detecção de genes de resistência para β-lactâmicos, aminoglicosídeos e fluoroquinolonas, além do ST de três isolados, destacando-se o ST 277 de disseminação internacional.
Descrição
Citação
SANTOS, Paulo Henrique DantasCaracterização Molecular de Isolados Clínicos de Pseudomonas aeruginosa não Sensíveis a Amicacina e Meropenem Provenientes de Infecções de Corrente Sanguínea e de Trato Respiratório obtidos de Hospitais Brasileiros. 2019. 76f. Dissertação (Mestrado em Infectologia) – Escola Paulista de Medicina, Universidade Federal de São Paulo. São Paulo, 2019.