PPG - Infectologia
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- ItemEmbargoAnálise microbiológica de isolados de Pseudomonas spp. provenientes das cinco regiões geográficas brasileiras sob uma perspectiva de saúde única(Universidade Federal de São Paulo, 2024-11-29) Neves, Raíssa Fidelis Baêta [UNIFESP]; Da Silva, Rodrigo Cayô [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/5699739668358897; http://lattes.cnpq.br/7281383255204440A relevância dos genes de resistência aos antimicrobianos (ARGs) mediados por elementos genéticos móveis (MGE) não se restringe à sua presença em patógenos clínicos, mas envolve todas as bactérias, sejam elas patogênicas, comensais ou ambientais, capazes de atuar como reservatório desses genes. Devido à sua versatilidade metabólica e capacidade de colonizar diversos ambientes, Pseudomonas se destaca como um gênero bacteriano de grande interesse, relevante no contexto clínico, ambiental e biotecnológico. O presente estudo teve por objetivo identificar, analisar e caracterizar cepas de Pseudomonas spp. isoladas em diferentes matrizes ambientais nas cinco regiões geográficas brasileiras, sob os preceitos de saúde única, investigando o resistoma bacteriano. Um total de 462 isolados de Pseudomonas spp. foram recuperados de amostras de solo, água e fezes (humanas e animais) coletadas pelos centros participantes do Grupo GUARANI. Os isolados foram cultivados em meio cromogênico após incubação em meio de cultura líquido suplementado com ceftriaxona, ceftazidima e meropeném (2 µg/mL cada), acrescidos de vancomicina (4 µg/mL). A identificação bacteriana foi realizada por espectrometria de massa, seguida por testes de sensibilidade pelo método de diluição em ágar (BrCAST/EUCAST) utilizando os mesmos antimicrobianos da seleção inicial. Foi realizada a triagem molecular de ARGs para β-lactâmicos, aminoglicosídeos e fluoroquinolonas pela técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR). Os ARGs detectados foram confirmados por sequenciamento de Sanger e a análise clonal foi realizada por ERIC-PCR. Os isolados carreadores de ARGs com resultados confirmados pelo sequenciamento de Sanger tiveram as CIMs determinadas pela técnica de diluição em ágar para os principais antimicrobianos de importância clínica. A sensibilidade à piperacilina/tazobactam foi determinada pelo método de disco-difusão. Os isolados recuperados estavam distribuídos entre as matrizes da seguinte forma: fezes de suínos (n=138), fezes humanas (n=98), solo (n=72), fezes de frango (n=60), água (n=45) e fezes de bovinos (n=45). As cidades de Ji-Paraná (n=137) e Fortaleza (n=115) forneceram o maior número de isolados, seguidos por Blumenau (n=94), Bragança Paulista (n=60), Castanhal (n=28) e Dourados (n=28). As espécies predominantes foram P. aeruginosa (43%) e P. putida (16%). Um total de 14 diferentes ARGs foram detectados em 92 isolados (19,9%). Estes incluíram blaCTX-M-1/2-like (n=3), blaKPC-like (n=11), blaBIC-like (n=2), blaBKC-like (n=7), blaOXA-1-like (n=1), blaOXA-23-like (n=3), blaOXA-24/40-like (n=1), blaOXA-46-like (n=8) e blaGIM-like (n=9) entre os ARGs para β-lactâmicos; aac(6')-Ib-cr (n=4), crpP (n=41) e qnrD (n=5) para resistência às fluoroquinolonas; e aac(6')-Ib (n=7) e rmtE (n=4) para aminoglicosídeos. Alguns dos ARGs detectados estavam restritos a algumas localidades, tais como blaCTX-M-1/2-like em Bragança Paulista e blaBIC-like em Blumenau, enquanto outros foram encontrados em mais de uma localidade, como foi o caso de blaGIM-like e qnrD (Ji-Paraná e Fortaleza), rmtE (Blumenau e Ji-Paraná), blaBKC-like (Blumenau e Fortaleza) e blaKPC-like (Castanhal, Blumenau, Fortaleza e Ji-Paraná). A análise clonal revelou poucos isolados relacionados, geralmente originários da mesma amostra submetida a diferentes pressões seletivas. A fase final dos testes de sensibilidade ficou prejudicada em decorrência da perda dos ARGs detectados por PCR e confirmados por sequenciamento de Sanger em muitos isolados. Ainda assim, o estudo revelou uma diversidade de ARGs em diferentes matrizes e regiões do Brasil, incluindo genes ainda não descritos em isolados de Pseudomonas spp. no país, reforçando seu papel como reservatórios de resistência. O estado do Ceará se destacou pela grande diversidade de ARGs encontrados e confirmados por sequenciamento. Além disso, apesar da alta frequência do gene crpP verificada na maioria das regiões brasileiras, o fenótipo de resistência obtido corrobora com os estudos que sugerem que a proteína CrpP não é capaz de reduzir a sensibilidade às fluoroquinolonas nas espécies de Pseudomonas. O estudo destaca o papel crucial dos plasmídeos na disseminação da RAM, reforçando a necessidade de investigações sobre sua propagação sob uma ótica capaz de integrar a saúde humana, animal e ambiental.
- ItemAcesso aberto (Open Access)Avaliação epidemiológica de SARS-CoV-2 e a ocorrência de outros vírus respiratórios em crianças pneumopatas(Universidade Federal de São Paulo, 2024-12-02) Conte, Danielle Dias [UNIFESP]; Bellei, Nancy Cristina Junqueira [UNIFESP]; Luna, Luciano Kleber de Souza; http://lattes.cnpq.br/0914390402162234; http://lattes.cnpq.br/1571196803842272; http://lattes.cnpq.br/2562986415226275Objetivos: Avaliar os aspectos epidemiológicos e virológicos do Betacoronavírus pandêmico (SARS-CoV-2), em crianças com doenças pulmonares crônicas, como fibrose cística e outras pneumopatias atendidas nos ambulatórios de pneumologia pediátrica do Complexo Hospital São Paulo/UNIFESP. Avaliar esses mesmos aspectos em crianças sem comorbidades atendidas no ambulatório de pediatria geral, Núcleo de apoio a família ou atendidas na Unidade de pronto atendimento para estabelecer possíveis comparações. O objetivo secundário, analisar a ocorrência de outros vírus respiratórios diante no cenário pandêmico e pós pandêmico. Metodologia: No período de janeiro de 2021 a julho de 2024, amostras de Swab de nasofaringe e orofaringe foram coletadas de crianças com 0 a 12 anos, crianças com doença pulmonar crônica assintomáticas (PNA) ou crianças com doença pulmonar crônica sintomáticos (PNS) para infecção respiratória aguda e de um grupo controle (GC) de crianças sintomáticas e sem comorbidades. Foram realizados teste rápido de detecção de anticorpo contra SARS-CoV-2, além de detecção genômica do SARS-CoV-2 e outros vírus respiratórios utilizando a técnica de reação em cadeia da polimerase precedida por transcrição reversa (RT-PCR). A comparação entre os grupos considerou dados temporais e estatísticos, considerando intervalo de confiança de 95% e p<0,05. Resultados: A detecção de anticorpos contra o SARS-CoV-2 foi realizada em 185 crianças, sendo 26,48% (49) reagentes para o anticorpo IgG contra COVID-19. Nenhuma dessas crianças havia sido vacinada contra a COVID-19. No grupo crianças com doença pulmonar crônica (PN) foi de 21.89% (37/169), sendo a faixa etária com maior detecção as crianças maiores de 5 anos, com 45.94% (17/37) dos casos, já no GC foram em 75% (12/16) dos casos. A positividade geral por RT-PCR foi 28,33% de vírus respiratórios, desses a COVID-19 foi detectada apenas em 3,33% e os outros vírus respiratórios com 25% de detecção. As análises das amostras dos grupos sintomáticos no mesmo período, demonstrou uma diferença significante entre os grupos. No PNA, houve apenas uma detecção viral, correspondendo a 1% (1/100) dos casos, com identificação do rinovírus (HRV) em uma criança de 2 < 5 anos, no ano de 2022. A detecção viral no PNS foi de 30,88% (21/68) e o grupo controle foi em 56% (56/100), nessa comparação houve diferença significante (p=0,002, OR= 2,78, IC 95% (1,45– 5,31), demonstrando que as crianças do grupo controle têm 2,78 vezes mais chances de detecção viral. A faixa etária com maior detecção viral forma os menores de 1 ano e a menor detecção viral entre 2 < 5 anos. A avaliação de detecção viral geral anual mostrou uma diferença significante indicando que a detecção viral em 2023 foi 36 vezes maior do que no ano de 2021 (p = 0,001; OR = 36,66; IC 95%: 10,10 – 133,09). Analisando os dois grupos com amostras coletadas no mesmo período as crianças com doenças pulmonares crônicas sintomáticas apresentaram 30,88% (21/68) de detecção viral. Já no grupo controle a detecção viral foi de 56% (56/100). Houve diferença significante entres esses grupos, (p=0,002, OR= 2,78, IC 95% (1,45– 5,31), demonstrando que as crianças do grupo controle têm 2,78 vezes mais chances de detecção viral. A distribuição viral ao longo do estudo demonstrou que o SARS-CoV-2, teve a maior prevalência registrada no ano de 2024, com 60% dos casos nas faixas etárias de 2< 5 anos e maiores de 5 anos apresentaram quantidades semelhantes de detecção. Na análise de ocorrência de outros vírus, os mais frequentes foram o HRV 8,33%, influenza (FLUA)/(H1N1/H2N2) e vírus sincicial respiratório (HRSV), ambos com 4,33%. Os únicos vírus respiratorios que apresentarem ocorrência anual foram o HRV e o parainfluenza com 2,33% dos casos. A taxa de codetecção foi de 1,66%. Outro dado relevante refere-se à vacinação: entre as crianças com doenças pulmonares crônicas, apenas 49 eram elegíveis para a vacinação contra a COVID-19, das quais 51% (25 crianças) foram vacinadas. Em relação à vacinação contra a influenza, 49% (98) das crianças foram vacinadas. Todas as crianças do grupo controle eram elegíveis para a vacinação contra a COVID-19, mas apenas 75% (66) receberam a vacina. Quanto à vacinação contra a influenza, apenas 57 crianças eram elegíveis, das quais 57,89% (33) foram vacinadas. Conclusão: Essas conclusões destacam a importância de políticas de saúde pública voltadas, especialmente, para crianças menores 1 anos que foi a faixa etária com maior deteção viral e a baixa adesão vacinal, principalmente em crianças com doença pulmonar crônica. É necessário traçar estratégias frequentes de controle da transmissão viral, uma maior abrangência da vigilância genômica dos vírus respiratórios mais prevalentes em crianças. implementação de medidas mais rigorosas eficácia das de vacinação. Tais ações são essenciais para mitigar os impactos da COVID-19 e de outras doenças respiratórias.
- ItemAcesso aberto (Open Access)Influência da vacinação para Covid-19 em uma universidade pública brasileira(Universidade Federal de São Paulo, 2024-11-25) Laks, Michel [UNIFESP]; Medeiros, Eduardo Alexandrino Servolo de [UNIFESP]; Rosa, Anderson da Silva [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/0916786723350340; http://lattes.cnpq.br/9548262587954222; http://lattes.cnpq.br/0633987404067780Introdução: Com a identificação do primeiro caso de covid-19 em 2020, as escolas médicas adaptaram-se rapidamente, reorganizando o calendário escolar, instituindo ensino a distância quando possível e individualizando as propostas pedagógicas. Com a evolução da pandemia, a doença apresentou um padrão de ondas epidêmicas. Após a disponibilização de vacinas para covid-19, estudos identificaram queda significativa de desfechos clínicos desfavoráveis. A efetividade da vacinação para evolução de doença grave em indivíduos com vacinação completa variou entre 60,0 e 95,3%. Objetivos: avaliar a taxa de infecção pelo SARS-CoV-2 entre indivíduos de uma universidade pública brasileira; analisar a frequência de condições pós-covid-19; verificar a distribuição das fontes presumidas de infecção e sua relação com a categoria profissional; e avaliar o efeito da vacinação e a presença de eventos supostamente atribuíveis à vacinação ou imunização (ESAVI). Métodos: Foi realizado um estudo observacional, transversal, para avaliar o impacto da covid-19 e da vacinação contra o SARS-CoV-2 em colaboradores dos sete campi da Universidade Federal de São Paulo (Unifesp), que preencheram instrumento eletrônico de 13 de julho a 08 de agosto de 2022 sobre características demográficas e da evolução pregressa e atual da covid-19, e sobre imunizantes recebidos, ESAVI e necessidades de atendimento médico e afastamento. Após a coleta de dados, foi realizada análise estatística, sendo utilizados os testes de Tukey e do qui-quadrado de Pearson, e o modelo de regressão de Poisson. Valores de p < 0,05 foram estatisticamente significativos. O estudo foi aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa da Unifesp/HSP e pela CONEP. Resultados: Participaram da pesquisa 5.177 indivíduos; 3.489 (67,39%) eram mulheres, 3.618 (69,89%) brancos e 2.616 (50,53%) discentes de graduação. A taxa global de infecção pelo SARS-CoV-2 foi de 32,07%, sendo mais elevada entre médicos residentes (50,48%) versus discentes de graduação (26,88%; p < 0,001). Médicos residentes apresentaram um risco aumentado de covid-19, de 23,72% a 58,41% versus outros profissionais. A forma presumida de contágio mais relatada envolveu o núcleo familiar/domiciliar (818; 49,94% dos indivíduos que identificaram fonte). Um grupo relacionado à assistência à saúde apresentou maior relação com a transmissão no ambiente hospitalar/ambulatorial (p < 0,001 e = 0,042 em primeiro e segundo episódios de covid-19). Ao todo, 73,85% dos participantes descreveram a ocorrência de ao menos uma condição pós-covid, destacando-se o cansaço extremo e os problemas de memória e concentração como as mais frequentes. A amostra recebeu 17.083 doses de imunizantes; a CoronaVac apresentou a menor incidência de ESAVI (19,53-21,50%), ocorridos sobretudo em até 48 horas após a vacinação (11,21-64,62%). Dor no local da aplicação foi bastante relatada (28,65-54,01%), com médias de intensidades de 5,73-6,05 (desvios padrão=2,26-2,39); a demanda por consulta médica devido a qualquer ESAVI foi de 2,81% (199 de 7.086 imunizações; variação de 1,11% para a BNT162b2 a 6,67% para a CoronaVac), e o afastamento foi de 7,89% (560 de 7.098 imunizações; variação de 4,12% para a CoronaVac a 13,76% para a Ad26.COV2.S), sendo apenas 37 (0,52%) por período ≥ oito dias. Em três das quatro doses, a BNT162b2 apresentou a menor necessidade de antitérmicos (16,1%-25,06%; p < 0,001). Indivíduos relacionados à assistência à saúde apresentaram menor taxa de afastamento devido a ESAVI na primeira dose (4,11 versus 8,66% nos demais participantes; p = 0,020). Conclusões: A covid-19 influenciou a dinâmica universitária, levando a modificações sobretudo para profissionais da saúde. A taxa de infecção pelo SARS-CoV-2 foi maior entre médicos residentes, que relataram maior transmissão no ambiente hospitalar/ambulatorial, e cerca de 75% dos participantes descreveu ao menos uma possível condição pós-covid. A vacinação conferiu proteção satisfatória à comunidade universitária, sem demandar afastamentos ou atendimentos médicos em grande quantidade. ESAVI locais como dor no local da aplicação foram comuns, porém não ocorreu caso de reação aguda grave.
- ItemAcesso aberto (Open Access)Caracterização epidemiológica, clínica e microbiológica das infecções da corrente sanguínea de unidades de terapia intensiva adulto de um hospital terciário de ensino da cidade de São Paulo(Universidade Federal de São Paulo, 2024-11-06) Santos, Paulo Henrique Dantas dos [UNIFESP]; Medeiros, Eduardo Alexandrino Servolo de [UNIFESP]; Chagas Neto, Thomás Cardoso [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/0657127828327101; http://lattes.cnpq.br/9548262587954222; http://lattes.cnpq.br/7071042329034394Introdução: A infecção da corrente sanguínea (ICS) está associada a alta morbidade e mortalidade em todo o mundo. Os termos bacteremia e ICS são frequentemente usados como sinônimos e geralmente se referem ao isolamento de um microrganismo a partir de uma hemocultura obtida de um paciente com sinais clínicos de infecção. Essas infecções são frequentemente classificadas como primárias (sem foco identificado) ou secundárias quando associadas à confirmação clínica ou microbiológica da infecção em um sítio definido. Atualmente, o aumento da incidência de microrganismos resistentes a diversos antimicrobianos, principalmente em unidades de terapia intensiva (UTI), resulta em difícil tratamento destas infecções e na escolha do tratamento adequado, seja empírico ou direcionado. Objetivos: 1. Identificar os microrganismos isolados e o perfil de sensibilidade das hemoculturas coletadas dos pacientes com ICS de unidades de terapia intensiva; 2. Avaliar as taxas de contaminação das hemoculturas; 3. Avaliar a adesão ao protocolo institucional de antibioticoterapia empírica e direcionada. 4. Determinar o impacto das ICS na mortalidade. Métodos: Foi realizado um estudo tipo coorte histórico com os dados clínicos e laboratoriais dos pacientes com hemoculturas coletadas e definidas como ICS primaria ou secundária, laboratorialmente confirmadas, em duas UTIs adulto do Hospital São Paulo – Hospital Universitário da Unifesp durante o período de 48 meses, janeiro de 2018 a dezembro de 2021. Foi produzido um banco de dados com as informações sociodemográficas, clínicas e laboratoriais obtidos através do prontuário eletrônico do paciente (PEP) e da base de dados do serviço de controle de infecção hospitalar (SCIH) e do laboratório de microbiologia. O estudo foi aprovado pelo Comitê Ética – Plataforma Brasil – CAAE: 12251219.2.000.5505. Resultados: Foram identificadas 3.429 hemoculturas coletadas, destas 78% (N= 2.677/3.429) tiveram o resultado negativo e 22% (N= 752/3.429) positivas. Destas, 64% (N= 486/752) foram consideradas como agentes contaminantes como Staphylococcus coagulasenegativa (N= 484/486) e Corynebacterium amycolatum (N=02/486). A taxa de contaminação das hemoculturas teve maior frequência no ano de 2020 nas UTIs do estudo. Foi observado a prevalência de ICS por um único microrganismo (N=166/186): Klebsiella pneumoniae (N=55/186), seguido por Acinetobacter baumannii (29/186), Staphylococcus coagulasenegativa (N=28/186), Staphylococcus aureus (N=25/186), Enterococcus spp (N=19/186) e Candida spp (N=12/186). O período de positividade das hemoculturas dos principais agentes etiológicos foi inferior a 24 horas na maior parte dos casos. A sensibilidade aos principais antimicrobianos foi avaliada, assim como a concentração inibitória mínima (CIM): Klebsiella pneumoniae e Acinetobacter baumannii apresentaram alta resistência aos carbapenêmicos e a polimixina B. Todos os pacientes com diagnóstico de ICS receberam antibioticoterapia empírica. A mortalidade atribuída antes da adequação terapêutica foi de 19% (N=35/186). O meropenem (N=124/186), seguido da vancomicina (N=112/186), polimixina B (N=63/186), amicacina (N=42/186) e fluconazol (N=23/186), foram os principais antimicrobianos empíricos utilizados em monoterapia e em combinações terapêuticas. Do total de pacientes, apenas 47% (N=87/186) apresentaram sensibilidade aos antimicrobianos utilizados na terapia empírica, destes 14% (N=12/87) morreram e 42% (N=78/186) apresentaram resistência a pelo menos um antimicrobiano utilizado, destes 26% (N=20/78) morreram. Cinco por cento (N=10/186) dos isolados das ICS não foram submetidos a testes de sensibilidade e 6% (N=11/186) dos pacientes receberam antimicrobianos não indicados para o tratamento do agente etiológico, destes 27% (N=3/11) morreram. Dos pacientes que receberam terapia direcionada (N=151/186), 30% receberam monoterapia, sendo que 86% (N=30/35) continuaram o tratamento com ao menos um antimicrobiano utilizado na terapia empírica e 14% (N=5/35) tiveram alteração do antimicrobiano baseado na identificação do agente etiológico e na sua sensibilidade aos antimicrobianos, nenhum paciente morreu durante o período da terapia direcionada. Conclusão: Os Gramnegativos, especialmente Klebsiella pneumoniae resistentes aos carbapenêmicos, foram os principais microrganismos identificados nas ICS durante o período do estudo e a mortalidade relacionada a este agente foi maior do que nas infecções por outros Gramnegativos e Grampositivos O ambiente de alta resistência dificulta a assertividade da antibioticoterapia impactando diretamente na resistência aos antimicrobianos preconizados para a terapia empírica e direcionada institucionalmente. Medidas de controle, prevenção e a educação continuada dos multiprofissionais da assistência ao paciente, devem ser desenvolvidas e aplicadas.
- ItemAcesso aberto (Open Access)Pipeline de busca baseada em agrupamento para regiões conservadas em arbovírus(Universidade Federal de São Paulo, 2024-09-23) Ferreira, João Paulo da Cruz [UNIFESP]; Janini, Luiz Mário Ramos [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/5713863164263481; http://lattes.cnpq.br/5636668555299108Objetivo: A proposta deste trabalho é desenvolver um pipeline de bioinformática para identificação e clusterização de regiões conservadas em genomas de arbovírus, utilizando os arbovírus Dengue, Zika e Febre Amarela como modelos biológicos. A análise combinada da clusterização com a descoberta de motifs pode ajudar a avaliar regiões conservadas compartilhadas entre um ou mais vírus e regiões específicas de cada vírus, visando aplicar o pipeline em arboviroses co-circulantes como é o caso do DENV, ZIKV e YFV. Métodos: Foi utilizada a linguagem Python para desenvolvimento do pipeline, que inclui a ferramenta MEME para identificação das regiões conservadas em genomas virais e a matriz BLOSUM para a clusterização das sequências genômicas, empregando 3.000 sequências de genoma completo abrangendo as arboviroses DENV-1, -2, -3, -4, YFV e ZIKV. Essas sequências foram coletadas de dois repositórios, o Genbank e o Bioinformatics and Virus Discovery Resource Center. Resultados: O pipeline identificou regiões conservadas em grandes conjuntos de dados genômicos, com destaque para a eficácia do MEME e da matriz BLOSUM na análise de sequências virais. Para validar os achados, utilizou-se o Immune Epitope Database (IEDB), enriquecendo a compreensão da importância funcional dessas sequências. Os estudos abordaram 2.000 sequências genômicas do DENV no Estudo 1, sendo devidamente agrupadas pelo pipeline em 416 sequências de DENV-1, 431 de DENV-2, 489 de DENV-3 e 370 de DENV-4. No Estudo 2, foram 1.500 sequências genômicas de DENV (396), YFV (171) e ZIKV (310), agrupadas corretamente pela ferramenta. A metodologia, combinada com a programação em Python, permitiu uma análise detalhada das sequências, identificando, inclusive, regiões conservadas nas proteínas NS1, NS3, NS5, PrM e E. Conclusão: A ferramenta desenvolvida apresenta uma alternativa na análise bioinformática de genoma de arbovírus, oferecendo uma metodologia eficiente e simplificada para a identificação de regiões conservadas em genomas virais, o que contribui para o desenvolvimento de estratégias terapêuticas e preventivas.