PPG - Infectologia
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- ItemAcesso aberto (Open Access)Influência da vacinação para Covid-19 em uma universidade pública brasileira(Universidade Federal de São Paulo, 2024-11-25) Laks, Michel [UNIFESP]; Medeiros, Eduardo Alexandrino Servolo de [UNIFESP]; Rosa, Anderson da Silva [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/0916786723350340; http://lattes.cnpq.br/9548262587954222; http://lattes.cnpq.br/0633987404067780Introdução: Com a identificação do primeiro caso de covid-19 em 2020, as escolas médicas adaptaram-se rapidamente, reorganizando o calendário escolar, instituindo ensino a distância quando possível e individualizando as propostas pedagógicas. Com a evolução da pandemia, a doença apresentou um padrão de ondas epidêmicas. Após a disponibilização de vacinas para covid-19, estudos identificaram queda significativa de desfechos clínicos desfavoráveis. A efetividade da vacinação para evolução de doença grave em indivíduos com vacinação completa variou entre 60,0 e 95,3%. Objetivos: avaliar a taxa de infecção pelo SARS-CoV-2 entre indivíduos de uma universidade pública brasileira; analisar a frequência de condições pós-covid-19; verificar a distribuição das fontes presumidas de infecção e sua relação com a categoria profissional; e avaliar o efeito da vacinação e a presença de eventos supostamente atribuíveis à vacinação ou imunização (ESAVI). Métodos: Foi realizado um estudo observacional, transversal, para avaliar o impacto da covid-19 e da vacinação contra o SARS-CoV-2 em colaboradores dos sete campi da Universidade Federal de São Paulo (Unifesp), que preencheram instrumento eletrônico de 13 de julho a 08 de agosto de 2022 sobre características demográficas e da evolução pregressa e atual da covid-19, e sobre imunizantes recebidos, ESAVI e necessidades de atendimento médico e afastamento. Após a coleta de dados, foi realizada análise estatística, sendo utilizados os testes de Tukey e do qui-quadrado de Pearson, e o modelo de regressão de Poisson. Valores de p < 0,05 foram estatisticamente significativos. O estudo foi aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa da Unifesp/HSP e pela CONEP. Resultados: Participaram da pesquisa 5.177 indivíduos; 3.489 (67,39%) eram mulheres, 3.618 (69,89%) brancos e 2.616 (50,53%) discentes de graduação. A taxa global de infecção pelo SARS-CoV-2 foi de 32,07%, sendo mais elevada entre médicos residentes (50,48%) versus discentes de graduação (26,88%; p < 0,001). Médicos residentes apresentaram um risco aumentado de covid-19, de 23,72% a 58,41% versus outros profissionais. A forma presumida de contágio mais relatada envolveu o núcleo familiar/domiciliar (818; 49,94% dos indivíduos que identificaram fonte). Um grupo relacionado à assistência à saúde apresentou maior relação com a transmissão no ambiente hospitalar/ambulatorial (p < 0,001 e = 0,042 em primeiro e segundo episódios de covid-19). Ao todo, 73,85% dos participantes descreveram a ocorrência de ao menos uma condição pós-covid, destacando-se o cansaço extremo e os problemas de memória e concentração como as mais frequentes. A amostra recebeu 17.083 doses de imunizantes; a CoronaVac apresentou a menor incidência de ESAVI (19,53-21,50%), ocorridos sobretudo em até 48 horas após a vacinação (11,21-64,62%). Dor no local da aplicação foi bastante relatada (28,65-54,01%), com médias de intensidades de 5,73-6,05 (desvios padrão=2,26-2,39); a demanda por consulta médica devido a qualquer ESAVI foi de 2,81% (199 de 7.086 imunizações; variação de 1,11% para a BNT162b2 a 6,67% para a CoronaVac), e o afastamento foi de 7,89% (560 de 7.098 imunizações; variação de 4,12% para a CoronaVac a 13,76% para a Ad26.COV2.S), sendo apenas 37 (0,52%) por período ≥ oito dias. Em três das quatro doses, a BNT162b2 apresentou a menor necessidade de antitérmicos (16,1%-25,06%; p < 0,001). Indivíduos relacionados à assistência à saúde apresentaram menor taxa de afastamento devido a ESAVI na primeira dose (4,11 versus 8,66% nos demais participantes; p = 0,020). Conclusões: A covid-19 influenciou a dinâmica universitária, levando a modificações sobretudo para profissionais da saúde. A taxa de infecção pelo SARS-CoV-2 foi maior entre médicos residentes, que relataram maior transmissão no ambiente hospitalar/ambulatorial, e cerca de 75% dos participantes descreveu ao menos uma possível condição pós-covid. A vacinação conferiu proteção satisfatória à comunidade universitária, sem demandar afastamentos ou atendimentos médicos em grande quantidade. ESAVI locais como dor no local da aplicação foram comuns, porém não ocorreu caso de reação aguda grave.
- ItemAcesso aberto (Open Access)Caracterização epidemiológica, clínica e microbiológica das infecções da corrente sanguínea de unidades de terapia intensiva adulto de um hospital terciário de ensino da cidade de São Paulo(Universidade Federal de São Paulo, 2024-11-06) Santos, Paulo Henrique Dantas dos [UNIFESP]; Medeiros, Eduardo Alexandrino Servolo de [UNIFESP]; Chagas Neto, Thomás Cardoso [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/0657127828327101; http://lattes.cnpq.br/9548262587954222; http://lattes.cnpq.br/7071042329034394Introdução: A infecção da corrente sanguínea (ICS) está associada a alta morbidade e mortalidade em todo o mundo. Os termos bacteremia e ICS são frequentemente usados como sinônimos e geralmente se referem ao isolamento de um microrganismo a partir de uma hemocultura obtida de um paciente com sinais clínicos de infecção. Essas infecções são frequentemente classificadas como primárias (sem foco identificado) ou secundárias quando associadas à confirmação clínica ou microbiológica da infecção em um sítio definido. Atualmente, o aumento da incidência de microrganismos resistentes a diversos antimicrobianos, principalmente em unidades de terapia intensiva (UTI), resulta em difícil tratamento destas infecções e na escolha do tratamento adequado, seja empírico ou direcionado. Objetivos: 1. Identificar os microrganismos isolados e o perfil de sensibilidade das hemoculturas coletadas dos pacientes com ICS de unidades de terapia intensiva; 2. Avaliar as taxas de contaminação das hemoculturas; 3. Avaliar a adesão ao protocolo institucional de antibioticoterapia empírica e direcionada. 4. Determinar o impacto das ICS na mortalidade. Métodos: Foi realizado um estudo tipo coorte histórico com os dados clínicos e laboratoriais dos pacientes com hemoculturas coletadas e definidas como ICS primaria ou secundária, laboratorialmente confirmadas, em duas UTIs adulto do Hospital São Paulo – Hospital Universitário da Unifesp durante o período de 48 meses, janeiro de 2018 a dezembro de 2021. Foi produzido um banco de dados com as informações sociodemográficas, clínicas e laboratoriais obtidos através do prontuário eletrônico do paciente (PEP) e da base de dados do serviço de controle de infecção hospitalar (SCIH) e do laboratório de microbiologia. O estudo foi aprovado pelo Comitê Ética – Plataforma Brasil – CAAE: 12251219.2.000.5505. Resultados: Foram identificadas 3.429 hemoculturas coletadas, destas 78% (N= 2.677/3.429) tiveram o resultado negativo e 22% (N= 752/3.429) positivas. Destas, 64% (N= 486/752) foram consideradas como agentes contaminantes como Staphylococcus coagulasenegativa (N= 484/486) e Corynebacterium amycolatum (N=02/486). A taxa de contaminação das hemoculturas teve maior frequência no ano de 2020 nas UTIs do estudo. Foi observado a prevalência de ICS por um único microrganismo (N=166/186): Klebsiella pneumoniae (N=55/186), seguido por Acinetobacter baumannii (29/186), Staphylococcus coagulasenegativa (N=28/186), Staphylococcus aureus (N=25/186), Enterococcus spp (N=19/186) e Candida spp (N=12/186). O período de positividade das hemoculturas dos principais agentes etiológicos foi inferior a 24 horas na maior parte dos casos. A sensibilidade aos principais antimicrobianos foi avaliada, assim como a concentração inibitória mínima (CIM): Klebsiella pneumoniae e Acinetobacter baumannii apresentaram alta resistência aos carbapenêmicos e a polimixina B. Todos os pacientes com diagnóstico de ICS receberam antibioticoterapia empírica. A mortalidade atribuída antes da adequação terapêutica foi de 19% (N=35/186). O meropenem (N=124/186), seguido da vancomicina (N=112/186), polimixina B (N=63/186), amicacina (N=42/186) e fluconazol (N=23/186), foram os principais antimicrobianos empíricos utilizados em monoterapia e em combinações terapêuticas. Do total de pacientes, apenas 47% (N=87/186) apresentaram sensibilidade aos antimicrobianos utilizados na terapia empírica, destes 14% (N=12/87) morreram e 42% (N=78/186) apresentaram resistência a pelo menos um antimicrobiano utilizado, destes 26% (N=20/78) morreram. Cinco por cento (N=10/186) dos isolados das ICS não foram submetidos a testes de sensibilidade e 6% (N=11/186) dos pacientes receberam antimicrobianos não indicados para o tratamento do agente etiológico, destes 27% (N=3/11) morreram. Dos pacientes que receberam terapia direcionada (N=151/186), 30% receberam monoterapia, sendo que 86% (N=30/35) continuaram o tratamento com ao menos um antimicrobiano utilizado na terapia empírica e 14% (N=5/35) tiveram alteração do antimicrobiano baseado na identificação do agente etiológico e na sua sensibilidade aos antimicrobianos, nenhum paciente morreu durante o período da terapia direcionada. Conclusão: Os Gramnegativos, especialmente Klebsiella pneumoniae resistentes aos carbapenêmicos, foram os principais microrganismos identificados nas ICS durante o período do estudo e a mortalidade relacionada a este agente foi maior do que nas infecções por outros Gramnegativos e Grampositivos O ambiente de alta resistência dificulta a assertividade da antibioticoterapia impactando diretamente na resistência aos antimicrobianos preconizados para a terapia empírica e direcionada institucionalmente. Medidas de controle, prevenção e a educação continuada dos multiprofissionais da assistência ao paciente, devem ser desenvolvidas e aplicadas.
- ItemAcesso aberto (Open Access)Pipeline de busca baseada em agrupamento para regiões conservadas em arbovírus(Universidade Federal de São Paulo, 2024-09-23) Ferreira, João Paulo da Cruz [UNIFESP]; Janini, Luiz Mário Ramos [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/5713863164263481; http://lattes.cnpq.br/5636668555299108Objetivo: A proposta deste trabalho é desenvolver um pipeline de bioinformática para identificação e clusterização de regiões conservadas em genomas de arbovírus, utilizando os arbovírus Dengue, Zika e Febre Amarela como modelos biológicos. A análise combinada da clusterização com a descoberta de motifs pode ajudar a avaliar regiões conservadas compartilhadas entre um ou mais vírus e regiões específicas de cada vírus, visando aplicar o pipeline em arboviroses co-circulantes como é o caso do DENV, ZIKV e YFV. Métodos: Foi utilizada a linguagem Python para desenvolvimento do pipeline, que inclui a ferramenta MEME para identificação das regiões conservadas em genomas virais e a matriz BLOSUM para a clusterização das sequências genômicas, empregando 3.000 sequências de genoma completo abrangendo as arboviroses DENV-1, -2, -3, -4, YFV e ZIKV. Essas sequências foram coletadas de dois repositórios, o Genbank e o Bioinformatics and Virus Discovery Resource Center. Resultados: O pipeline identificou regiões conservadas em grandes conjuntos de dados genômicos, com destaque para a eficácia do MEME e da matriz BLOSUM na análise de sequências virais. Para validar os achados, utilizou-se o Immune Epitope Database (IEDB), enriquecendo a compreensão da importância funcional dessas sequências. Os estudos abordaram 2.000 sequências genômicas do DENV no Estudo 1, sendo devidamente agrupadas pelo pipeline em 416 sequências de DENV-1, 431 de DENV-2, 489 de DENV-3 e 370 de DENV-4. No Estudo 2, foram 1.500 sequências genômicas de DENV (396), YFV (171) e ZIKV (310), agrupadas corretamente pela ferramenta. A metodologia, combinada com a programação em Python, permitiu uma análise detalhada das sequências, identificando, inclusive, regiões conservadas nas proteínas NS1, NS3, NS5, PrM e E. Conclusão: A ferramenta desenvolvida apresenta uma alternativa na análise bioinformática de genoma de arbovírus, oferecendo uma metodologia eficiente e simplificada para a identificação de regiões conservadas em genomas virais, o que contribui para o desenvolvimento de estratégias terapêuticas e preventivas.
- ItemAcesso aberto (Open Access)Avaliação das populações de linfócitos T, B e NK e de marcadores de diferenciação, ativação e exaustão em linfócitos TCD4 e TCD8 de pacientes acometidos pela COVID-19(Universidade Federal de São Paulo, 2024-08-28) Eburneo, Gabriela Strafolino [UNIFESP]; Salomão, Reinaldo [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/8370334857007434; http://lattes.cnpq.br/3087141430830970Introdução: A COVID-19, causada pelo SARS-CoV-2 e declarada pandemia pela Organização Mundial de Saúde, causou enorme impacto da saúde global e economia mundial, com cerca de 775 milhões de casos, 7 milhões de mortes e 5,47 bilhões de doses de vacina aplicadas. A doença é caracterizada por disfunção da reposta imune, com intenso comprometimento das populações linfocitárias e produção de citocinas inflamatórias, que se associam com manifestações clínicas e desfechos dos pacientes. Objetivo: O objetivo do trabalho foi avaliar o comprometimento das populações linfocitárias e caracterizar, na população de linfócitos T de pacientes com COVID-19, a expressão de marcadores de diferenciação, ativação e exaustão, no período de internação e após alta hospitalar. Métodos: Trata-se de uma coorte prospectiva de pacientes com COVID-19, admitidos nas enfermarias do Hospital São Paulo e acompanhados durante a internação e convalescência (30 dias pós-alta), caracterizados clinicamente como críticos e não críticos conforme a resolução de sintomas ou deterioração clínica progressiva e necessidade de cuidados intensivos. Foi realizada uma análise longitudinal das populações de linfócitos T, B e NK, com coleta sequencial de amostras ao longo do tempo. A pesquisa focou na modulação de marcadores imunológicos e na correlação entre as contagens de linfócitos e a gravidade clínica da COVID-19. Os linfócitos T foram avaliados quanto à diferenciação celular (CD45RA e CCR7), ativação (HLA-DR e CD38), senescência/ exaustão (CD57 e PD-L1) por citometria de fluxo. A análise da imunofenotipagem estendida foi realizada pelo método convencional e por análise estocástica. Resultados: Os resultados mostraram que as contagens de linfócitos e suas subpopulações T, B e NK estão diminuídas nos pacientes em comparação aos indivíduos sadios e correlacionadas com a gravidade da doença.. A análise estocástica caracterizou 11 clones distintos, com marcadores de ativação, exaustão e senescência. Os dados foram corroborados na análise convencional, onde os marcadores de senescência e de exaustão estavam aumentados A exaustão celular em linfócitos T foi identificada como um fator que pode influenciar a eficácia da resposta imunológica. Conclusões: O estudo atendeu aos objetivos propostos, fornecendo informações valiosas sobre a resposta imunológica em pacientes com COVID-19. A diminuição das populações linfocitárias na circulação e alterações fenotípicas dos linfócitos T, principalmente TCD-8+, evidenciando ativação, exaustão e senescência evidencia a disfunção imune nesses pacientes e sugere que a avaliação dessas células pode ser uma ferramenta útil na prática clínica. As limitações do estudo indicam a necessidade de investigações futuras que considerem novas variantes do vírus e ampliem a amostragem.
- ItemAcesso aberto (Open Access)Fatores epidemiológicos, clínicos e microbiológicos relacionados ao prognóstico de adultos com candidemia: estudo de coortes retrospectivas Brasil - Espanha(Universidade Federal de São Paulo, 2024-05-14) Agnelli , Caroline [UNIFESP]; Colombo, Arnaldo [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/4512261018429681; http://lattes.cnpq.br/6173160461061730A infecção da corrente sanguínea por espécies de Candida é a principal causa de micose invasiva nosocomial, conferindo altas taxas de morbidade e mortalidade entre pacientes adultos hospitalizados em todo o mundo. Fatores prognósticos associados à mortalidade têm sido estudados nos últimos anos, e variam de acordo com a região geográfica devido principalmente às diferenças epidemiológicas da população sob maior risco, distribuição das espécies de Candida com distintos fatores de virulência, agilidade diagnóstica, e evolução das práticas terapêuticas no manejo da infecção. Apesar dos avanços na área, estudos de vigilância sugerem uma maior incidência global de candidemia decorrente de mudanças demográficas como o envelhecimento populacional, e do aumento de procedimentos médicos invasivos mais complexos. No entanto, os dados mais recentes variam consideravelmente entre países, com incidência de até 2,5 casos por 1.000 admissões no Brasil, em comparação com 0,76 na Espanha. Além disso, as taxas de mortalidade geral entre adultos com candidemia também são notavelmente mais altas nos países da América Latina quando comparadas às da Europa Ocidental, podendo chegar a mais de 75%, principalmente entre os pacientes críticos. Esta linha de pesquisa objetivou investigar fatores epidemiológicos, clínicos, e microbiológicos relacionados ao prognóstico de adultos com candidemia, colocando sob perspectivas distintas algumas coortes de pacientes tanto do Brasil quanto da Espanha, a fim de aprofundar o estudo dessas variáveis e da história natural da candidemia, além de propor soluções ajustadas à realidade brasileira para os desafios de melhoria do manejo terapêutico e de redução da mortalidade relacionada a esta micose. Artigo 1: Estudo de coorte retrospectivo incluindo todos os casos consecutivos de adultos com candidemia persistente diagnosticados entre 2010-2018 em um hospital terciário na Espanha com programa de racionalização de antifúngicos através de equipe multidisciplinar especializada. Definimos candidemia persistente como o crescimento da mesma espécie de Candida no sangue após cinco ou mais dias da coleta da primeira hemocultura positiva, a despeito de terapia antifúngica. Um total de 255/322 (79,2%) adultos com candidemia possuíam hemoculturas de controle, sendo 35/255 (13,7%) casos de candidemia persistente. Comparando os casos de candidemia persistente com os demais, não encontramos diferenças no manejo terapêutico, seja na adequação do antifúngico (p=0,084), controle de foco primário de infecção (p=0,172), tempo para início do tratamento (p=0,311), ou para o controle desse foco (p=0,748). Apesar da tendência à maior proporção de cepas produtoras de biofilme entre os casos de candidemia persistente, não encontramos diferenças com significância estatística neste estudo (p=0,064). Ademais, embora o tempo de hospitalização tenha sido mais prolongado entre os pacientes com candidemia persistente (p=0,021), não houve diferença entre as taxas de mortalidade geral aos 30 dias (31,4% vs. 22,3%, p=0,238). O único fator associado à candidemia persistente foi a presença de foco de infecção ainda oculto no momento da hemocultura de controle positiva [odds ratio (OR) 4,28, IC 95%:1,77-10,34, p=0,001], com destaque para as complicações não oculares (p=0,002), incluindo tromboflebite séptica, endocardite, e acometimento de outros órgãos profundos. Portanto, concluímos que a candidemia persistente em um centro com programa de racionalização de antifúngicos não está associada ao manejo terapêutico inadequado, ou a um pior prognóstico dos pacientes, mas a focos ainda ocultos de infecção metastática que exigem propedêutica diagnóstica específica e manejo direcionado. Artigo 2: Estudo de coorte retrospectivo incluindo todos os pacientes adultos diagnosticados com candidemia entre 2012-2017 em um hospital terciário na Espanha, com determinação de (1,3)-ß-D-Glucano (BDG - Fungitell, positivo se ≥80pg/mL), em ao menos duas amostras clínicas durante o episódio de candidemia. Comparamos a epidemiologia e o desfecho de pacientes com todas as amostras de BDG negativas em relação aos casos com ao menos uma amostra de BDG positiva. Um total de 148/236 (62,7%) dos episódios de candidemia apresentavam detecção de BDG em ao menos 2 amostras séricas, sendo 26/148 (17,6%) deles com todos os testes de BDG negativos. Neste grupo, o crescimento de Candida em todos os três pares de hemoculturas coletadas no momento do diagnóstico foi menos frequente (p=0,005), e a apresentação clínica foi menos grave quando avaliada pela mediana do Pitt Score (p=0,039). Além disso, apesar de não haver diferença entre as taxas de manejo terapêutico adequado (p=0,599), o clareamento da fungemia foi mais rápido, já na primeira hemocultura de controle (p=0,005), a proporção de complicações foi menor (p=0,008), assim como a taxa de mortalidade por todas as causas em 30 dias (3,8% vs. 23,8%, p=0,004), e o tempo de hospitalização (p=0,003). Concluímos através da análise multivariada, que ter todos os testes de BDG negativos durante o episódio de candidemia mostrou-se um fator individualmente relacionado a um melhor prognóstico (OR 0,12, IC 95%: 0,03-0,49,p=0,003), possivelmente atribuído a uma menor carga fúngica circulante. Nesse contexto, o valor prognóstico desse biomarcador parece ser promissor, podendo contribuir com a individualização do manejo da candidemia em um futuro próximo. Artigo 3: Estudo de coorte retrospectivo multicêntrico, no qual avaliamos 720 episódios consecutivos de candidemia em adultos diagnosticados em hospitais terciários entre 2010-2018, sendo 323 provenientes da Espanha, e os demais do Brasil. Comparando os casos de candidemia entre os países, notamos que os pacientes espanhóis receberam tratamento mais precoce (p<0,001), com uso mais frequente de equinocandinas (p=0,001), e retirada mais rápida do cateter venoso central (CVC), p=0,012. Ademais, a taxa de mortalidade geral foi menor na Espanha tanto aos 14 dias (20,1% vs. 35,8%, p<0,001), quanto aos 30 dias (31,6% vs. 51,9%, p<0,001). Entre os fatores prognósticos associados à mortalidade de maneira independente, encontramos a idade avançada (p=0,001), neutropenia (p=0,001), doença pulmonar crônica (p<0,001), uso de corticoide (p=0,039), e manejo terapêutico inadequado (p<0,001). Já entre os fatores protetores, encontramos candidemia por Candida parapsilosis (p<0,001) e ser proveniente da Espanha (p<0,001). Portanto, este estudo confirma taxas de mortalidade realmente mais baixas entre adultos com candidemia na Espanha, e sugere que há fatores modificáveis do manejo terapêutico associados ao prognóstico desses pacientes com margem de melhoria nos centros brasileiros. Artigo 4: Estudo retrospectivo de tendência histórica comparando duas coortes de vigilância epidemiológica incluindo adultos com candidemia provenientes de onze centros brasileiros, diagnosticados em dois períodos distintos: 2010-2011 (período I) vs. 2017-2018 (período II). Identificamos 616 casos consecutivos, sendo 247 do período II. Os pacientes do período mais recente tinham mais comorbidades (p<0,001), e mais internações hospitalares prévias (p=0,001). Além disso, receberam equinocandinas com maior frequência (p=0,001), porém sem mudanças significativas no tempo para início do antifúngico (p=0,369) ou para retirada do CVC (p=0,644). Apesar da tendência à queda, ainda chama a atenção a porcentagem de pacientes sem tratamento em ambos os períodos I e II (23,6% vs. 17,4%, p=0,07), respectivamente. Infelizmente, não houve avanço na redução das taxas de mortalidade geral aos 14 dias (33,6% vs. 37,7%,p=0,343), ou aos 30 dias (51,4% vs. 48,6%,p=0.511). Em conclusão, evidenciamos taxas de mortalidade ainda elevadas, sem redução significativa ao longo do tempo, apesar do maior acesso às equinocandinas, provavelmente decorrente do aumento da complexidade dos pacientes, e do atraso nas intervenções terapêuticas. Nossos dados sugerem que as estratégias do manejo de candidemia devem ser adaptadas às mudanças epidemiológicas constatadas, objetivando maior agilidade diagnóstica em prol da redução do número de pacientes elegíveis não tratados, favorecendo um início mais precoce de antifúngico eficaz e do controle do foco de infecção.