Implementação de um banco de dados de Leptospira sp. por espectroscopia de massas MALDI-TOF
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Data
2017
Autores
Karcher, Daniel 
Orientadores
Juliano, Maria Aparecida
Tipo
Dissertação de mestrado
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Resumo
Introdução: A caracterização de Leptospira sp. pelo sequenciamento de ARNr 16S é dispendioso e demorado, e além disso, estudos recentes tem mostrado que espécies próximas, como por exemplo L. interrogans e L. kirschneri não são discriminadas. A espectrometria de massa MALDI-TOF (MALDI-TOF MS) é uma ferramenta robusta para identificação de bactérias pela detecção e análise de proteínas ou seus fragmentos permitindo distinguir linhagem de microrganismos ou subespécies. Métodos: para identificação utilizou-se a técnica de espectrometria de massas e métodos de biologia molecular. A criação de espectros de referência e agrupação das linhagens foi feita com o software Biotyper 3.0. Para discriminação dos picos das linhagens patogênicas foi utilizado software ClinProtools. Resultados: nesta tese apresentamos espectros de referência interno de Leptospira sp. usando um banco de dados de referência de Leptospira que foram validadas com uma coleção de isolados brasileiros bem identificados mantidos no Laboratório de Zoonoses Bacterianas no Departamento de Medicina Preventiva Veterinária e Saúde Animal da Universidade de São Paulo. Além disso, L. interrogans e L. kirschneri foram diferenciadas por uma análises de espectrometria de massa em profundidade usando o software ClinProTools. Conclusão: nosso banco de dados interno de espectros de referência tem a precisão necessária para diferenciar espécies patogênicas e não patologias, bem como para distinguem L. interrogans e L. kirschneri.
Introduction: The characterization of Leptospira sp. by the sequencing of 16S rRNA is expensive and time consuming, and furthermore, recent studies have shown that nearby species such as L. interrogans and L. kirschneri are not discriminated. MALDI-TOF mass spectrometry is a powerful tool for the identification of bacteria trough the detection and analysis of proteins or their fragments alloying distinguish microorganism strain or sub-species. Methods: mass spectrometry and molecular biology methods were used for identification. Reference spectra and clustering of lineages were created with Biotyper 3.0 software. ClinProtools software was used to discriminate the peaks of the pathogenic strains. Results: In this work we present internal reference spectra of Leptospira sp. using a Leptospira reference database that were validated with a collection of well-identified Brazilian isolates kept in the Laboratory of Bacterial Zoonoses in the Department of Veterinary and Animal Health Preventive Medicine of the University of São Paulo. In addition, L. interrogans and L. kirschneri were differentiated by in-depth mass spectrometry analyzes using ClinProTools' software. Conclusion: our internal database of reference spectra has the necessary precision to differentiate between pathogenic and non-pathological species, as well as for distinguishing L. interrogans and L. kirschneri.
Introduction: The characterization of Leptospira sp. by the sequencing of 16S rRNA is expensive and time consuming, and furthermore, recent studies have shown that nearby species such as L. interrogans and L. kirschneri are not discriminated. MALDI-TOF mass spectrometry is a powerful tool for the identification of bacteria trough the detection and analysis of proteins or their fragments alloying distinguish microorganism strain or sub-species. Methods: mass spectrometry and molecular biology methods were used for identification. Reference spectra and clustering of lineages were created with Biotyper 3.0 software. ClinProtools software was used to discriminate the peaks of the pathogenic strains. Results: In this work we present internal reference spectra of Leptospira sp. using a Leptospira reference database that were validated with a collection of well-identified Brazilian isolates kept in the Laboratory of Bacterial Zoonoses in the Department of Veterinary and Animal Health Preventive Medicine of the University of São Paulo. In addition, L. interrogans and L. kirschneri were differentiated by in-depth mass spectrometry analyzes using ClinProTools' software. Conclusion: our internal database of reference spectra has the necessary precision to differentiate between pathogenic and non-pathological species, as well as for distinguishing L. interrogans and L. kirschneri.
Descrição
Citação
KARCHER, Daniel. Implementação de um banco de dados de Leptospira sp. por espectroscopia de massas MALDI-TOF. São Paulo, 2017. [52] p. Dissertação (Mestrado em Ciências biológicas: biologia molecular) - Escola Paulista de Medicina (EPM), Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), São Paulo, 2017.