Desenho racional de inibidores da protease principal do SARS-CoV-2

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dc.contributor.advisorWurtele, Martin Alejandro [UNIFESP]
dc.contributor.advisorLatteshttp://lattes.cnpq.br/0625673643875019pt_BR
dc.contributor.authorMontilla, Rafael Augusto Girao [UNIFESP]
dc.contributor.authorLatteshttp://lattes.cnpq.br/9507082785734180pt_BR
dc.coverage.spatialSão José dos Campos, SPpt_BR
dc.date.accessioned2024-01-24T12:53:14Z
dc.date.available2024-01-24T12:53:14Z
dc.date.issued2023-12-12
dc.description.abstractEste estudo utiliza o software Gnina para realizar o docking molecular para investigar as interações moleculares de novos compostos sintetizados através da reação de Ugi. O foco está no desenvolvimento de inibidores não covalentes direcionados à Protease Principal (Mpro) do SARS-CoV-2. Os resultados de docking são empregados para calcular energias livres de ligação, e esses valores são correlacionados com a concentração inibitória (IC50). Para estabelecer esta correlação, simulações de dockings virtual são conduzidas para compostos conhecidos da literatura com valores medidos de IC50 contra SARS-CoV-2 Mpro. Todos os compostos avaliados, pertencentes à mesma classe de inibidores, são caracterizados como pseudopeptídeos não covalentes. A análise dos dockins revela insights sobre os aspectos estruturais da inibição do Mpro, enfatizando os bolsões S1, S2, S3 e S4 no sítio ativo. O estudo identifica dois leads potenciais; ambos os compostos exibem um modo de ligação invertido em comparação com os peptídeos clivados por Mpro. A abordagem de bioinformática estrutural aqui empregada fornece informações valiosas para o projeto de novos inibidores não covalentes contra SARS-CoV-2 Mpro. É necessária validação adicional através de testes in vitro para confirmar o potencial inibitório dos compostos concebidos. Este estudo contribui para a nossa compreensão das interações moleculares envolvidas na inibição do SARS-CoV-2 Mpro e estabelece as bases para o desenvolvimento de terapêutica antiviral eficaz.pt_BR
dc.description.abstractThis study utilizes the Gnina software for molecular docking to investigate the molecular interactions of novel compounds synthesized through the Ugi reaction. The focus is on designing non-covalent inhibitors targeting the Main Protease (Mpro) of SARS-CoV-2. Docking results are employed to calculate binding free energies, and these values are correlated with inhibitory concentration (IC50). To establish this correlation, virtual docking simulations are conducted for known literature compounds with measured IC50 values against SARS-CoV-2 Mpro. All evaluated compounds, belonging to the same class of inhibitors, are characterized as non-covalent pseudo-peptides. The docking analysis reveals insights into the structural aspects of Mpro inhibition, emphasizing the pockets S1, S2, S3, and S4 in the active site. The study identifies two potential leads; both compounds exhibit an inverted binding mode compared to the peptides cleaved by Mpro. The structural bioinformatics approach employed here provides valuable information for the design of novels non-covalent inhibitors against SARS-CoV-2 Mpro. Further validation through in vitro testing is required to confirm the inhibitory potential of the designed compounds. This study contributes to our understanding of the molecular interactions involved in SARS-CoV-2 Mpro inhibition and lays the foundation for the development of effective antiviral therapeutics.pt_BR
dc.description.sponsorshipNão recebi financiamentopt_BR
dc.emailadvisor.custommartin.wurtele@unifesp.brpt_BR
dc.format.extent49 f.pt_BR
dc.identifier.citationDesenho Racional de Inibidores Antivirais, Rafael Montilla, Martin Wurtele, UNIFESP, 2023.pt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.unifesp.br/handle/11600/70617
dc.languageporpt_BR
dc.publisherUniversidade Federal de São Paulopt_BR
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccesspt_BR
dc.subjectCOVID-19pt_BR
dc.subjectDrug Designpt_BR
dc.subjectMpropt_BR
dc.titleDesenho racional de inibidores da protease principal do SARS-CoV-2pt_BR
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesispt_BR
unifesp.campusInstituto de Ciência e Tecnologia (ICT)pt_BR
unifesp.graduacaoBiotecnologiapt_BR
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