Avaliação da presença de resistência transmitida e/ou polimorfismos aos antirretrovirais raltegravir, darunavir e etravirina, em indivíduos infectados pelo vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (HIV-1) agrupados de acordo com o tempo de infecção
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Data
2017-04-27
Autores
Arnold, Rafael 
Orientadores
Komninakis, Shirley Vasconcelos
Tipo
Tese de doutorado
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Resumo
ABSTRACT Infections caused by the HIV have reached alarming levels all over the world, being Brazil the most affected country in Latin America. High recombination rate of the viral genome, associated with the high frequency of polymorphisms, selective pressure caused by antiretrovirals, and the transmission of strains resistant to drugs put in check the efficacy of the treatment, especially when considering the late presenters, once the degradation of the immune system and consequently a decrease in life quality and expectation are seen. This study evaluated and differentiated the transmitted resistance and polymorphisms towards the antiretrovirals Raltegravir, Darunavir and Etravirine in individuals with late diagnosis (n= 17) versus recent infection (n=22) by HIV-1. Integrase, protease and reverse transcriptase were amplified via nested-PCR and sequenced through Next Generation Sequencing using the MiSeq, Illumina platform. Mutations and polymorphisms with a frequency lower than 1% were excluded from the analysis. Clinical data of the late presenters showed that the damage caused in the immune system led these individuals to develop AIDS defining comorbities as well as presenting low levels of TCD4+ lymphocytes, although presenting immune reconstitution above 30% since an adequate drug combination was used, the levels of TCD4+ lymphocytes remained low, compromising the treatment as well as the prognostic. In this group, two mutations for Etravirine were found (V106I and E138Q) one for Raltegravir (T97A) and none for Darunavir. In the recently infected individuals, no resistance mutation for Darunavir or Raltegravir was found, but for Etravirine the accessory mutation A98G was found in two individuals, as well as the major mutations K101P and V179E in three and two individuals respectively. K103N was found in both groups and in several individuals, which may lead to a negative impact on the treatment. The difference in the viral diversity found when both groups were compared was not statistically significant. More attention should be given to the protease inhibitors, which in both groups were significantly present. A better use of the large amount of data generated is possible, under the suggestion of using the multiplex technique through DNA barcoding, reducing the time spend in the development of the procedures, as well as the financial expenses.
RESUMO A infecção pelo HIV tem atingido níveis alarmantes em todo o mundo, sendo o território brasileiro o país mais afetado da América Latina. A alta taxa de recombinação do genoma viral, associada à alta frequência de polimorfismos, pressão seletiva causada pelos antirretrovirais, e transmissão de formas resistentes às drogas colocam em cheque a eficácia do tratamento, especialmente quando considerados indivíduos com diagnóstico tardio pois apresentam deterioração do sistema imune e consequentemente diminuição na qualidade e expectativa de vida. O presente estudo avaliou e diferenciou o perfil de resistência transmitida e polimorfismos aos antirretrovirais Raltegravir, Darunavir e Etravirina em indivíduos com diagnóstico tardio (n= 17) versus infecção recente (n=22) pelo HIV-1. Integrase, protease e transcriptase reversa foram amplificados por nested-PCR e sequenciados utilizando Sequenciamento de Segunda Geração através da plataforma MiSeq, Illumina. Mutações e polimorfismos com frequência inferior a 1% foram excluídos da análise. Dados clínicos do grupo de diagnóstico tardio mostraram que a danos causados no sistema imune levaram os indivíduos a desenvolver comorbidades definidoras de aids e apresentar baixos níveis de linfócitos TCD4+, ainda assim, apresentando reconstituição imune acima de 30% com a terapia adequada, apesar de ainda permanecerem com baixos níveis celulares, dificultando o tratamento e impactando negativamente o prognóstico. No grupo de indivíduos com detecção tardia duas mutações para a Etravirina foram encontradas (V106I e E138Q uma mutação para Raltegravir (T97A) e nenhuma mutação para o Darunavir. Nos indivíduos com infecção recente, nenhuma mutação de resistência para o Darunavir e Raltegravir foi encontrada, porém para a Etravirina foi possível observar a presença da mutação acessória A98G em dois indivíduos, além das mutações majoritárias K101P e V179E em três e dois indivíduos respectivamente. A mutação K103N foi encontrada em ambos os grupos e em diversos indivíduos, o que exerce grande impacto no tratamento. A diferença na diversidade viral entre os dos dois grupos bem como o número de mutações encontradas não foi estatisticamente significativa. Maior atenção dever ser dada aos inibidores de protease, que em ambos os grupos esteve expressivamente presente. Um melhor aproveitamento dos dados gerados é possível, com a sugestão do uso da técnica multiplex através do DNA barcoding, diminuindo o tempo do sequenciamento e o ônus a ele agregado.
RESUMO A infecção pelo HIV tem atingido níveis alarmantes em todo o mundo, sendo o território brasileiro o país mais afetado da América Latina. A alta taxa de recombinação do genoma viral, associada à alta frequência de polimorfismos, pressão seletiva causada pelos antirretrovirais, e transmissão de formas resistentes às drogas colocam em cheque a eficácia do tratamento, especialmente quando considerados indivíduos com diagnóstico tardio pois apresentam deterioração do sistema imune e consequentemente diminuição na qualidade e expectativa de vida. O presente estudo avaliou e diferenciou o perfil de resistência transmitida e polimorfismos aos antirretrovirais Raltegravir, Darunavir e Etravirina em indivíduos com diagnóstico tardio (n= 17) versus infecção recente (n=22) pelo HIV-1. Integrase, protease e transcriptase reversa foram amplificados por nested-PCR e sequenciados utilizando Sequenciamento de Segunda Geração através da plataforma MiSeq, Illumina. Mutações e polimorfismos com frequência inferior a 1% foram excluídos da análise. Dados clínicos do grupo de diagnóstico tardio mostraram que a danos causados no sistema imune levaram os indivíduos a desenvolver comorbidades definidoras de aids e apresentar baixos níveis de linfócitos TCD4+, ainda assim, apresentando reconstituição imune acima de 30% com a terapia adequada, apesar de ainda permanecerem com baixos níveis celulares, dificultando o tratamento e impactando negativamente o prognóstico. No grupo de indivíduos com detecção tardia duas mutações para a Etravirina foram encontradas (V106I e E138Q uma mutação para Raltegravir (T97A) e nenhuma mutação para o Darunavir. Nos indivíduos com infecção recente, nenhuma mutação de resistência para o Darunavir e Raltegravir foi encontrada, porém para a Etravirina foi possível observar a presença da mutação acessória A98G em dois indivíduos, além das mutações majoritárias K101P e V179E em três e dois indivíduos respectivamente. A mutação K103N foi encontrada em ambos os grupos e em diversos indivíduos, o que exerce grande impacto no tratamento. A diferença na diversidade viral entre os dos dois grupos bem como o número de mutações encontradas não foi estatisticamente significativa. Maior atenção dever ser dada aos inibidores de protease, que em ambos os grupos esteve expressivamente presente. Um melhor aproveitamento dos dados gerados é possível, com a sugestão do uso da técnica multiplex através do DNA barcoding, diminuindo o tempo do sequenciamento e o ônus a ele agregado.