Interpretação da patogenicidade e estabelecimento de um banco de dados de variações de número de cópias (cnvs) em uma amostra da população brasileira

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dc.audience.educationlevelMestrado
dc.contributor.advisorMelaragno, Maria Isabel De Souza Aranha [UNIFESP]
dc.contributor.advisorLatteshttp://lattes.cnpq.br/0678071850781758
dc.contributor.authorGodoy, Victoria Cabral Silveira Monteiro De [UNIFESP]
dc.contributor.authorLatteshttp://lattes.cnpq.br/3786115796273447
dc.contributor.institutionUniversidade Federal de São Paulo (UNIFESP)pt_BR
dc.coverage.spatialSão Paulo
dc.date.accessioned2021-01-19T16:35:50Z
dc.date.available2021-01-19T16:35:50Z
dc.date.issued2019-04-25
dc.description.abstractTo survey and classify CNVs, previously identified from arrays performed in our laboratory, in order to build a CNV database of a Brazilian cohort. Methods: A Brazilian cohort of 284 individuals was analyzed, including patients with phenotypic alterations and their unaffected parents. The following array platforms were used: Genome-Wide Human Array 6.0 SNP array (n= 66 individuals), CytoScan High-Density SNP array (n= 163 individuals) and CytoScan 750K (n= 55 individuals), from Affymetrix. Array analyses were performed using the Chromosome Analysis Suite software (ChAS), (Affymetrix, Santa Clara, CA, USA). All arrays that met the QC parameters were included in the analysis and, by using a flowchart, the CNVs were classified according to their pathogenicity. Results: A total of 1,792 CNVs (1,380 gains and 412 losses) were classified as benign (82%), likely benign (3.1%), VUS (5.5%), likely pathogenic (0.2%) and pathogenic (9.2%). Some of the CNVs classified as likely benign or VUS were recurrent and presented an increased frequency. These CNVs could be considered benign in our Brazilian sample, changing the interpretation of their clinical impact. Conclusions: We constructed an internal CNV database of a Brazilian cohort that will be useful for future genomic analyzes in our laboratory. Our study described a high frequency of specific CNVs classified as possibly benign and VUS, and therefore those events were reclassified as benign. In addition, our study established a novel analysis flowchart that was highly effective in classifying the CNVs, even without a phenotype-based classification method.en
dc.description.abstractRealizar o levantamento e a classificação de variações de número de cópias (CNVs), identificadas previamente a partir de arrays realizados em nosso laboratório, de forma a construir um banco de dados de CNVs em uma amostra da população brasileira. Métodos: Analisar arrays de uma coorte composta por 284 indivíduos brasileiros, incluindo pacientes com alterações fenotípicas e seus pais sem alterações fenotípicas. As plataformas utilizadas para a realização dos arrays foram: Genome-Wide Human Array 6.0 SNP array (n= 66 indivíduos), CytoScan High-Density SNP array (n= 163 indivíduos) e CytoScan 750K (n= 55 indivíduos), da Affymetrix. A análise dos arrays foi realizada por meio do software Chromosome Analysis Suite (ChAS) e a plataforma online UCSC. Todos os arrays que passaram pelo controle de qualidade foram incluídos na análise e, utilizando um fluxograma de análise, as CNVs foram classificadas de acordo com a patogenicidade. Resultados: Um total de 1.792 CNVs (1.380 ganhos e 412 perdas) foram classificadas como benignas (82%), possivelmente benignas (3,1%), VUS (5,5%), possivelmente patogênicas (0,2%) e patogênicas (9,2%). Algumas das CNVs classificadas como benignas, possivelmente benignas ou variante de significado incerto (VUS) foram recorrentes e com alta frequência em nossa amostra. Esses CNVs recorrentes, inicialmente classificadas como possivelmente benignas ou VUS, foram reclassificadas como benignas em nossa amostra. Conclusões: Construímos um banco de dados interno de CNVs presentes em uma amostra de indivíduos brasileiros, o qual será útil para análises genômicas futuras em nosso laboratório. Algumas CNVs classificadas como possivelmente benignas e VUS, por estarem presentes em alta frequência em nossa amostra, foram reclassificadas como benignas. Além disso, nosso estudo estabeleceu um fluxograma de análise próprio que foi altamente eficaz na classificação das CNVs, apesar de não termos utilizado informações fenotípicas na análise.pt_BR
dc.description.sourceDados abertos - Sucupira - Teses e dissertações (2019)
dc.description.sponsorshipCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
dc.format.extent118 p.
dc.identifierhttps://sucupira.capes.gov.br/sucupira/public/consultas/coleta/trabalhoConclusao/viewTrabalhoConclusao.jsf?popup=true&id_trabalho=8754207pt_BR
dc.identifier.citationGODOY, V.C.S.M. Interpretação da patogenicidade e estabelecimento de um banco de dados de variações de número de cópias (CNVs) em uma amostra da população brasileira. 2019. 118f. Dissertação ( Mestrado em Biologia Estrutural e Funcional) – Escola Paulista de Medicina, Universidade Federal de São Paulo. São Paulo, 2019.
dc.identifier.urihttps://repositorio.unifesp.br/handle/11600/59762
dc.language.isopor
dc.publisherUniversidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.subjectCNVen
dc.subjectCopy Number Variationen
dc.subjectDatabaseen
dc.subjectCNVpt_BR
dc.subjectVariação De Número De Cópiapt_BR
dc.subjectBanco De Dadospt_BR
dc.titleInterpretação da patogenicidade e estabelecimento de um banco de dados de variações de número de cópias (cnvs) em uma amostra da população brasileirapt_BR
dc.title.alternativeInterpretation of pathogenicity and a database establishment of copy number variations (CNVs) in a Brazilian cohorten
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/masterThesis
unifesp.campusSão Paulo, Escola Paulista de Medicinapt_BR
unifesp.graduateProgramBiologia Estrutural e Funcionalpt_BR
unifesp.knowledgeAreaGenéticapt_BR
unifesp.researchAreaGenética Humana E Médicapt_BR
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