Mudanças no padrão de metilação do DNA na progressão do melanoma
Data
2020-07-30
Autores
Rius, Flavia Eichemberger 
Orientadores
Jasiulionis, Miriam Galvonas
Tipo
Tese de doutorado
Título da Revista
ISSN da Revista
Título de Volume
Resumo
Melanoma is the cancer derived from melanocytes, cells located in the basal layer the epidermis which are responsible for melanin production. In Brazil there we 6,260 deaths by melanoma at 2018, with this being the skin cancer with highe number of deaths. In this work, a model constituted by cell lineages correspondent different stages of melanoma progression was used to disclose DNA methylati marks which could characterize each stage. The experiment called ERRB (Enhanced Reduced Representation Bisulfite Sequencing) was realized to access methyl cytosines in CpG context in the cell lines, at base pair level. Methylati states were analyzed in malignant transformation of melanocytes as well as acquisition of metastatic capability of melanoma. In melanoma maligna transformation it was observed biggest hypomethylation in genic promoters, whilst melanoma metastatization it was observed significant hypermethylation in tho regions. The analysis of regulatory capability of those genic promoters showed th hypomethylated promoters have an important relationship to regulation of ge expression for ransformation signature as well as for metastatization of melanom signature. Genes which present hypomethylated promoters in maligna transformation signature as well as in metastatization signature enrich for pathwa related to embryonic development, specially of return to epigenetic a transcriptional state of neural crest cells. Hypermethylated promoters we associated to cell membrane regulation in the signature of melanom metastatization. Using TCGA data, multivariate analyses of ten of the gen identified in this study show correlation between the level of methylation and surviv of patients with melanoma for four genes, namely NEFM, PLXNB1, SEMA7A a SYT5. Analysis of the methylome of cell lineages composing the model of study h provided a great amount of data, which could still be explored to identify not on new biomarkers for prognostic, but also to disclose mechanisms involved malignant transformation of melanocytes as well as in melanoma progression.
O melanoma é o câncer derivado dos melanócitos, células presentes na camada basal da epiderme, responsáveis pela produção de melanina. No Brasil houve 6.260 mortes por melanoma no ano de 2018, sendo este o câncer de pele com maior número de mortes. Neste trabalho, um modelo constituído de linhagens celulares correspondentes a diferentes estágios da progressão do melanoma foi usado para elucidar marcas de metilação no DNA que caracterizassem cada estágio. O métodode ERRBS (Enhanced Reduced Representation Bisulfite Sequencing) foi realizado para acessar as 5-metil citosinas em contexto CpG nas linhagens, a nível de pares de bases. Foram analisados os estados de metilação tanto na transformação maligna dos melanócitos quanto na aquisição de capacidade metastática do melanoma. Na transformação maligna do melanoma foi observada maior hipometilação em promotores gênicos, enquanto que na metastatização do melanoma observou-se significativa hipermetilação nestas regiões. A análise da capacidade regulatória desses promotores gênicos mostrou que os promotores hipometilados têm importante relação com a regulação da expressão gênica tanto para a assinatura de transformação quanto para a assinatura de metastatização do melanoma. Os genes que apresentam promotores hipometilados tanto na assinatura de transformação maligna dos melanócitos quanto na assinatura de metástase enriquecem vias relacionadas ao desenvolvimento embrionário, especificamente de retorno ao estado epigenético e transcricional de células da crista neural. Promotores hipermetilados foram associados a regulação da membrana celular na assinatura de metastatização do melanoma. Utilizando dados do TCGA, análises multivariadas de dez dos genes identificados neste estudo mostram correlação entre o nível de metilação e a sobrevida de pacientes com melanoma para quatro genes: NEFM, PLXNB1, SEMA7A e SYT5. A análise do metiloma das linhagens celulares do modelo de estudo forneceu grande quantidade de dados, que poderão ainda ser explorados no sentido não apenas de identificar novos biomarcadores para prognóstico, mas também para elucidar os mecanismos envolvidos na transformação maligna de melanócitos e na progressão do melanoma.
O melanoma é o câncer derivado dos melanócitos, células presentes na camada basal da epiderme, responsáveis pela produção de melanina. No Brasil houve 6.260 mortes por melanoma no ano de 2018, sendo este o câncer de pele com maior número de mortes. Neste trabalho, um modelo constituído de linhagens celulares correspondentes a diferentes estágios da progressão do melanoma foi usado para elucidar marcas de metilação no DNA que caracterizassem cada estágio. O métodode ERRBS (Enhanced Reduced Representation Bisulfite Sequencing) foi realizado para acessar as 5-metil citosinas em contexto CpG nas linhagens, a nível de pares de bases. Foram analisados os estados de metilação tanto na transformação maligna dos melanócitos quanto na aquisição de capacidade metastática do melanoma. Na transformação maligna do melanoma foi observada maior hipometilação em promotores gênicos, enquanto que na metastatização do melanoma observou-se significativa hipermetilação nestas regiões. A análise da capacidade regulatória desses promotores gênicos mostrou que os promotores hipometilados têm importante relação com a regulação da expressão gênica tanto para a assinatura de transformação quanto para a assinatura de metastatização do melanoma. Os genes que apresentam promotores hipometilados tanto na assinatura de transformação maligna dos melanócitos quanto na assinatura de metástase enriquecem vias relacionadas ao desenvolvimento embrionário, especificamente de retorno ao estado epigenético e transcricional de células da crista neural. Promotores hipermetilados foram associados a regulação da membrana celular na assinatura de metastatização do melanoma. Utilizando dados do TCGA, análises multivariadas de dez dos genes identificados neste estudo mostram correlação entre o nível de metilação e a sobrevida de pacientes com melanoma para quatro genes: NEFM, PLXNB1, SEMA7A e SYT5. A análise do metiloma das linhagens celulares do modelo de estudo forneceu grande quantidade de dados, que poderão ainda ser explorados no sentido não apenas de identificar novos biomarcadores para prognóstico, mas também para elucidar os mecanismos envolvidos na transformação maligna de melanócitos e na progressão do melanoma.