PPG - Microbiologia e Imunologia
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- ItemAcesso aberto (Open Access)Papel da acetilação na regulação de processos biológicos: uma abordagem de bioinformática e biologia sintética(Universidade Federal de São Paulo, 2024-07-01) Bonifácio, Bruno Souza [UNIFESP]; Moretti, Nilmar Silvio [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/2131472726202687; http://lattes.cnpq.br/6655678336873160A acetilação de lisina é uma modificação pós-traducional crucial e avanços em técnicas proteômicas permitiram investigar os acetilomas de diferentes espécies, destacando a importância da acetilação em diversos organismos. Para melhor entender o papel dessa modificação na regulação de processos celulares, na primeira parte desse trabalho, avaliamos uma gama de 50 acetilomas publicados entre 2009 e 2022 de espécies de vários grupos filogenéticos: bactérias, fungos, protozoários, vermes, plantas, insetos, peixes e mamíferos. Análises dos níveis de acetilação, mostraram que bactérias apresentam o maior número de sítios de acetilação, seguidas por fungos e protozoários. Proteínas com um único sítio de acetilação foram predominantes em todas as espécies. Além disso, analisamos domínios acetilados em todas as espécies, constatando que proteínas contendo os domínios HSP70 foram as que apresentaram maiores níveis de acetilação. Os processos metabólicos de ATP e as vias de aminoacil-tRNA sintetase mostraram-se altamente acetilados, destacando seus papéis cruciais na produção de energia e na expressão gênica, respectivamente. Nossa análise também revelou acetilação significativa em vias metabólicas relacionadas à glicose e à produção de ATP. Além disso, verificamos que o mecanismo regulatório da acetilação na proteína superóxido dismutase A (SODA) parece ser conservado entre diferentes espécies. Na segunda parte do trabalho, exploramos o sistema de biologia sintética do par ortogonal da pirrolisil-tRNA sintetase e do tRNApyl (Pylt) para o estudo da acetilação proteica de resíduos específicos de lisina. Portanto, um dos objetivos foi implementar esse método para expressar proteínas contendo resíduos de lisina acetilada usando como modelo as enzimas aldolase de T. brucei e SODA de T. cruzi. Conseguimos expressar e purificar ambas as enzimas e validar a presença da acetilação por Western blot e dot-blot. Utilizando as proteínas acetiladas purificadas confirmamos o efeito inibitório da acetilação, como observado anteriormente pelo nosso grupo. Com isso, conseguimos estabelecer a ferramenta de par-ortogonal para expressão de proteínas acetiladas, abrindo novas oportunidades para estudar modificações proteicas em tripanosomatídeos e outras espécies.
- ItemAcesso aberto (Open Access)Trafs (TNF receptor associated factors) de Schistosoma mansoni: caracterização molecular e filogenética para o entendimento de seus papéis no desenvolvimento parasitário e no parasitismo(Universidade Federal de São Paulo, 2024) Bertevello, Claudio Romero [UNIFESP]; Santos, Katia Cristina Oliveira Pereira [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/4758763489087525; http://lattes.cnpq.br/2025091249869612Objetivo: Caracterização in silico e análise filogenética dos genes homólogos dos TRAFs de S. mansoni e de outros helmintos utilizando os dados públicos de genoma e transcriptoma. Métodos: O contexto genômico e as marcas de H3K4me3 das TRAFs de S. mansoni foram analisados por um genome browser. Os níveis de expressão dos transcritos de SmTRAF1 e SmTRAF2 foram obtidos em publicações e bancos que continham dados de expressão nos estágios de desenvolvimento, em infecções unissexual e bissexual e expressão espacial de sequenciamento single-cell de vermes adultos. Buscas por homólogos de TRAF nos outros helmintos foram realizadas por BLAST e por HMMER nos genomas depositados no Wormbase Parasite. A análise dos domínios conservados e regiões “coiled-coil” foram feitas utilizando os programas SMART, CDD e MarCoil, respectivamente. O alinhamento global dos domínios MATH para a filogenia foi realizado por MUSCLE, e a análise filogenética foi computada por Inferência Bayesiana utilizando sequências referências dos TRAFs de mamíferos, aves e invertebrados. Resultados: Marcas de H3K4me3 para TRAF1 (Smp_336340) revelaram picos em miracídio (isoforma 1), adulto e cercaria (isoformas 2 e 3), indicando que o início da predição gênica está correto. A isoforma 1 de SmTRAF1 apresentou expressão em cercaria, e menor expressão em esquistossômulos. A isoforma 2 é mais expressa em miracídios e cercaria, e a isoforma 3 foi expressa em miracídio e machos. SmTRAF1 é mais expresso em machos e fêmeas de infecção unissexual (imaturos), com o mesmo padrão nas gônadas destes parasitas. A expressão espacial de SmTRAF1 é detectada na maioria dos tipos celulares, com destaque em células progenitoras de neoblastos, neoblastos e neurônios. O TRAF 2, que não é encontrado na montagem atual do genoma, possui expressão somente em cercaria. A busca por homólogos de TRAF em outros helmintos resultou na identificação de 45 genes preditos em 31 espécies de platelmintos e 70 genes preditos em 57 espécies de nematoides (79,49% e 43,85% das espécies depositadas no Wormbase parasite, respectivamente). As análises filogenéticas dos domínios MATH indicaram que os TRAFs dos helmintos (inclusive TRAF1 de S. mansoni) se agruparam majoritariamente com os TRAF4 das sequências referências. A exceção foi SmTRAF2 se agrupou junto às sequencias referências de TRAF2 e alguns homólogos de M. lignano e S. mediterranea (platelmintos de vida livre) se agruparam no mesmo ramo que TRAF3. Conclusões: As isoformas de SmTRAF1 (agora denominada SmTRAF4) se expressam diferencialmente ao longo dos estágios de desenvolvimento e do status de maturação sexual e SmTRAF2 é expresso exclusivamente em cercarias, indicando envolvimento em processos biológicos e vias de sinalização distintos. A maioria das espécies de platelmintos depositadas no Wormbase Parasite possuem homólogos de TRAF, opostamente ao observado em nematoides. Estes homólogos são essencialmente ortólogos de TRAF4, o TRAF evolutivamente mais ancestral que classicamente interage com receptores de NGF.
- ItemAcesso aberto (Open Access)Estudo sobre o papel de IL-17A/F em modelo de hepatite autoimune(Universidade Federal de São Paulo, 2024-07-31) Martins, Joana Irisvânia do Carmo [UNIFESP]; Keller, Alexandre de Castro [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/9264244341601758; http://lattes.cnpq.br/0155112129332609A lesão hepática induzida por Concanavalina A (ConA) é um modelo amplamente utilizado para estudo da hepatite autoimune, uma doença inflamatória, de etiologia ainda incerta, na qual os principais alvos do sistema imunológico são os hepatócitos. A IL-17 (IL-17A) é uma citocina pleiotrópica envolvida na hepatite induzida por ConA, ainda com um papel controverso. Os trabalhos da literatura divergem quanto às funções inflamatórias, protetoras ou neutras da IL-17 para o desenvolvimento da hepatite. Nesse sentido, o objetivo desse trabalho foi avaliar a influência da IL-17A/F em um modelo de hepatite induzida por ConA. Para tanto, foi administrada ConA por via intravenosa em animais C57BL/6 WT, IL-17A/F-/- e IL-17RA-/- sendo a hepatite avaliada após 12h. A quantificação sérica de enzimas hepáticas e a análise histológica demonstram que a hepatite é mais grave em animais deficientes na sinalização de IL-17A/F. A quantificação de citocinas inflamatórias no soro por CBA em 6h, revelou que animais IL-17A/F-/- apresentam maior resposta inflamatória de fase aguda. Esses animais também apresentam quantidade maior de células T hepáticas na análise por citometria de fluxo. Ainda, nos ensaios in vitro as células de animais IL-17A/F-/-, comparadas a de animais WT, têm maior porcentagem de células positivas para a citocina pró-inflamatória TNF-α quando ativadas. Na análise de efeitos diretos sobre hepatócitos, foi observado que IL-17A não protege essas células da morte induzida pela via Fas-FasL, no entanto a hepatite induzida por ConA não é diferente para animais WT e gld, deficientes na molécula FasL, o que indica que essa via não é essencial nesse modelo. Em conclusão, os resultados desse trabalho mostram que animais deficientes em IL-17A/F são mais sensíveis à hepatite induzida por ConA, apresentando características inflamatórias mais acentuadas. Apesar dos mecanismos envolvidos nesse fenômeno não estarem esclarecidos, foi visto que o dano tecidual é independente da via Fas-FasL.
- ItemAcesso aberto (Open Access)Associação de variantes do genoma mitocondrial à esclerose lateral amiotrófica e sua distribuição em haplogrupos(Universidade Federal de São Paulo, 2021-08-11) Campos, João Henrique Coelho [UNIFESP]; Briones, Marcelo Ribeiro da Silva [UNIFESP]; Antoneli Junior, Fernando Martins [UNIFESP]; Ferreira, Renata Carmona e [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/4503426222486154; http://lattes.cnpq.br/4802855675139252; http://lattes.cnpq.br/0018992452321910; http://lattes.cnpq.br/2892231725090978A esclerose lateral amiotrófica (ELA) é uma doença progressiva, fatal, irreversível e incurável. É a terceira doença neurodegenerativa mais comum e a mais frequente entre as doenças dos neurônios motores que se iniciam na idade adulta. Embora existam formas familiares e esporádicas, estudos com gêmeos revelam que mesmo as formas esporádicas possuem um componente genético significativo. Até o momento, variantes em 37 genes nucleares foram associadas à ELA. Embora a disfunção mitocondrial tenha sido associada à doença, variantes nos genomas mitocondriais (mitogenomas) ainda não foram associadas à ELA. Neste estudo, realizamos uma análise de associação ampla do genoma (GWAS) em mitogenomas de 1.965 pacientes com ELA e 2.547 controles. Identificamos 51 variantes no mitogenoma com p-valor < 10-7, das quais 13 têm Odds Ratios (OR) >1 e 38 têm OR <1. A distribuição dessas variantes é consistentemente diferente nos haplogrupos mitocondriais. Os escores de risco poligênico (PRS) indicam que, devido a diferentes combinações de variantes com OR >1 e OR <1, cada haplogrupo pode ser considerado um fator de risco (por exemplo, haplogrupos K, M, V e parte do H) ou um fator de proteção (por exemplo, haplogrupos A, B, D e F). Além disso, o GWAS intra-haplogrupo revelou variantes únicas associadas à ELA nos haplogrupos L e U. Os escores de risco poligênico dos casos de início bulbar são mais altos em comparação com os de início apendicular, de membros e espinhal nos haplogrupos H e L. Este estudo sugere que as variantes no mitogenoma (SNVs) podem ser incluídas nos testes genéticos de rotina para ELA, e que a terapia de reposição mitocondrial possui uma base potencial para o tratamento da doença.
- ItemAcesso aberto (Open Access)Estudo sobre o papel da placenta no bloqueio da transmissão vertical do SARS-CoV-2(Universidade Federal de São Paulo, 2024) Almeida, Shirley dos Santos [UNIFESP]; Janini, Luiz Mario Ramos [UNIFESP]; Maricato, Juliana Terzi [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/8321096323728598; http://lattes.cnpq.br/5713863164263481; http://lattes.cnpq.br/7915132224513959A doença do coronavírus-19 (COVID-19) é uma doença viral causada pelo SARSCoV-2 e teve a sua origem descrita em Wuhan, na China, em dezembro de 2019. Em março de 2020 a Organização Mundial da Saúde declarou situação de pandemia em razão da doença, que se propagou rapidamente e representou uma das maiores e mais ameaçadoras infecções virais da última década. O vírus causa infecções respiratórias e apesar de ser menos letal do que o SARS-CoV ou o MERS-CoV, a sua transmissão é muito mais fácil e rápida. Quando a infecção ocorria em indivíduos de grupos mais vulneráveis, a seriedade da doença era maior. No caso de mulheres grávidas, a COVID-19 aumentava o risco para condições desfavoráveis desde pré-eclâmpsia, tromboembolismo venoso, partos prematuros e até mesmo abortos e nascimentos de natimortos. As alterações no corpo causadas pela gravidez e também pela infecção podem ter servido como mecanismos para a progressão da doença e por isso era necessário entender se a placenta conseguiria proteger o feto nesse período. Este estudo teve como objetivo investigar o potencial da placenta de bloqueio da transmissão vertical do SARS-CoV-2. Para isso, células VERO E6 foram cultivadas, incubadas com extratos placentários e infectadas com SARS-CoV-2. Os sobrenadantes foram coletados para quantificar RNA viral por RT-qPCR (carga viral) e para avaliação da citotoxicidade, feita pela mensuração da liberação da enzima lactato-desidrogenase (LDH). Dessa forma podemos assumir que existem na placenta mecanismos de proteção e barreira que agem para bloquear a infecção, que ainda não foram totalmente perscrutados e que necessitam de mais estudos para um melhor entendimento.