Caracterização genética e das pressões seletivas atuantes na região do envelope e das variantes GWGR do subtipo B brasileiro do Vírus da Imunodeficiência Humana Tipo 1

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dc.contributor.advisorJanini, Luiz Mário Ramos [UNIFESP]
dc.contributor.authorCamargo, Michelle [UNIFESP]
dc.contributor.institutionUniversidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
dc.date.accessioned2015-07-22T20:50:16Z
dc.date.available2015-07-22T20:50:16Z
dc.date.issued2009-03-25
dc.description.abstractApesar do subtipo B ser o mais predominante na epidemia de aids no Brasil, existem evidências que esse subtipo não é homogêneo. O subtipo B apresenta no Brasil uma assinatura no tetrâmero da coroa V3 da gp120 que é a presença de um triptofano (W) ao invés de prolina (P) que é o aminoácido mais freqüente nessa posição do genoma do HIV-1. Aproximadamente metade dos isolados do subtipo B no Brasil possuem um triptofano (W) no tetrâmero do loop V3 da gp120 (GWGR). Essa freqüência não é observada em outros subtipos e nem mesmo no subtipo B em outras epidemias de aids no mundo. Para explorar mais as características das variantes GWGR e GPGR foi realizada uma análise detalhada incluindo inferências filogenéticas, análise de diversidade genética e de pressão seletiva em seqüências dos genes env, pol e gag. Os resultados da análise de diversidade genética e pressão seletiva mostraram que os valores da razão entre dN/dS entre os genes são distintos. Para uma aferição mais precisa da pressão seletiva sugerida pelo método par-a-par foram realizadas análises usando um método de verossimilhança que estima os valores de dN/dS em cada códon individualmente presente no alinhamento de seqüências. Os resultados obtidos com essa análise indicaram códons sob seleção positiva ao longo da seqüência da região dos genes env, pol e gag do HIV-1 em ambas as variantes. Para realmente definir se amostras GWGR e GPGR são variantes distintas ou amostras que contêm apenas uma assinatura diferenciada em env, foi composta uma seqüência concatâmera e comparada a distribuição de ambas as amostras em um agrupamento filogenético. Essa análise mostrou que as amostras GWGR não são variantes distintas do subtipo B brasileiro, mas apenas seqüências com assinaturas diferentes. A distribuição encontrada demonstrou que não houve separação das amostras GWGR e GPGR e sim uma total mistura entre elas. Essas análises mostraram que os vírus que contém W ou P no loop V3 não estão evoluindo diferencialmente na epidemia de aids no Brasil e não são variantes distintas. Possivelmente, os vírus que contêm a variante GWGR entraram cedo na epidemia (efeito fundador), sofrendo disseminação no Brasil.pt
dc.description.sourceTEDE
dc.description.sourceBV UNIFESP: Teses e dissertações
dc.description.sponsorshipFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
dc.description.sponsorshipIDFAPESP: 06/53818-6
dc.description.sponsorshipIDFAPESP: 06/53818-7
dc.format.extent98 p.
dc.identifier.citationCAMARGO, Michelle. Caracterização genética e das pressões seletivas atuantes na região do envelope e das variantes GWGR do subtipo B brasileiro do Vírus da Imunodeficiência Humana Tipo 1. 2009. Dissertação (Mestrado) - Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), São Paulo, 2009.
dc.identifier.filePublico-00241.pdf
dc.identifier.urihttps://repositorio.unifesp.br/handle/11600/9674
dc.language.isopor
dc.publisherUniversidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.subjectEnvelopept
dc.subjectFilogeniapt
dc.subjectHIV-1pt
dc.titleCaracterização genética e das pressões seletivas atuantes na região do envelope e das variantes GWGR do subtipo B brasileiro do Vírus da Imunodeficiência Humana Tipo 1pt
dc.title.alternativeGenetic characterization and selective pressure of HIV-1 env region of Brazilian samples harboring GWGR motif at the tip of the V3 loopen
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/masterThesis
unifesp.campusSão Paulo, Escola Paulista de Medicina (EPM)
unifesp.graduateProgramInfectologia
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