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    Biossensores elétricos para a detecção não amplificada de RNA viral: uma revisão
    (Universidade Federal de São Paulo, 2023-07-01) Parassol, Brenda Garcia [UNIFESP]; Vieira, Nirton Cristi Silva [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/9497699863290144
    Os vírus são microrganismos causadores de diversas doenças em todo o mundo. A recente pandemia de COVID-19 mostrou a necessidade de testes rápidos e confiáveis para confirmar infecções virais, visando o rápido isolamento e tratamento adequado. O teste padrão-ouro para o diagnóstico de doenças virais é o RT-PCR, que identifica partes do genoma viral por meio da detecção de sequências de ácidos nucléicos. No entanto, o RT-PCR ou testes semelhantes, como o RT-LAMP, usam vários tipos de equipamentos, envolvem várias etapas para o preparo da amostra e precisam de pessoal treinado, além de serem demorados e caros. Por outro lado, os biossensores são dispositivos analíticos promissores para a detecção de ácidos nucléicos. Os biossensores elétricos são a escolha prometida para aplicações diagnósticas, pois garantem alta sensibilidade, baixo custo, fabricação em larga escala e curto tempo para apresentar o resultado. No entanto, até o momento, não existem no mercado biossensores elétricos para detecção de ácidos nucléicos, principalmente o ácido ribonucléico (RNA), que é o material genético de vários vírus, como Dengue, Hepatite C, Ebola, SARS, etc. uma revisão da literatura sobre o desenvolvimento de biossensores para a detecção não amplificada de sequências de RNA de vírus. Primeiramente, é possível identificar os tipos de imobilização do DNA de fita simples (ácido desoxirribonucléico) nos transdutores. Em biossensores, o ssDNA é uma sequência de reconhecimento específica para o reconhecimento do RNA alvo. Existem também outros elementos de reconhecimento de RNA, como a recente tecnologia CRISPR-Cas. Em biossensores elétricos, quando ocorre a hibridização ssDNA/RNA, há uma mudança no campo elétrico local, gerando um sinal captado pelo transdutor elétrico. Em seguida, são apresentados os estudos já realizados que obtiveram resultados favoráveis de detecção de RNA, incluindo eletrodos de alumínio interdigitados para detecção do vírus Zika, transistores de efeito de campo (FETs) para COVID-19 e outras doenças virais. Por fim, são apresentadas as dificuldades e tendências futuras desses biossensores que prometem ser a futura detecção de infecções virais.
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    Acesso aberto (Open Access)
    Investigação da presença de mutações de resistência à terapia antirretroviral em amostras de HIV obtidas de pacientes virgens de tratamento e recém diagnosticados de diferentes estados do Brasil
    (Universidade Federal de São Paulo, 2023-07-11) Neri, Mariana Pereira [UNIFESP]; Janini, Luiz Mário Ramos [UNIFESP]; Caldeira, Débora Bellini [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/2447547578590645; http://lattes.cnpq.br/5713863164263481; http://lattes.cnpq.br/7279483814767609
    O primeiro indício mundial de detecção do vírus causador da imunodeficiência adquirida, feito em 1981 em Los Angeles, no estado da Califórnia, instalou no mundo um alerta quanto à emergência de um novo vírus circulante até então não muito conhecido, capaz de provocar disfunção imunológica crônica e progressiva no organismo daqueles que são infectados. Desde o primeiro caso reportado até os dias atuais, o HIV-1 mostrou-se responsável por inúmeras mortes no Brasil e no mundo. Segundo dados da Organização Mundial de Saúde, o vírus da imunodeficiência humana está relacionado a números superiores aos de 35 milhões de mortes mundiais até o momento, no entanto, apesar da gravidade relacionada à doença, alguns aspectos como o acesso à prevenção, diagnóstico e tratamento, tornaram a infecção pelo vírus uma condição crônica e gerenciável. Atualmente, o tratamento padrão para a doença baseia- se em uma combinação de medicamentos, conhecida como terapia antirretroviral (TARV), que possui como alvo as proteínas virais: protease, transcriptase reversa e integrase, as quais participam de processos de maturação, replicação, assim como integração do genoma viral ao genoma humano. Apesar da terapia medicamentosa se mostrar um tanto quanto eficiente, o surgimento de vírus mutados e resistentes apresenta-se como uma das grandes dificuldades quanto ao tratamento dos pacientes infectados. Dentro desse contexto, o presente estudo teve como objetivo a análise de amostras de sangue de pacientes virgens de tratamento, onde possíveis mutações virais pudessem ser verificadas, sendo necessária a realização de técnicas de extração de DNA, seguida de amplificação a partir de PCR Nested, purificação dos produtos obtidos, além de sequenciamento e análise de dados. Os resultados nos permitiram detectar mutações de resistência em pacientes virgens de tratamento em todas as regiões brasileiras, além de aspectos quanto à prevalência na circulação do subtipo B no Brasil, exceto na região Sul do país, onde verificou-se predominância do subtipo C, havendo também análise de caráter social, culminando na determinação do perfil sociodemográfico do indivíduo portador do HIV-1, onde constatou-se maior recorrência da infecção em homens não brancos com idade média de 36 anos.
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    Acesso aberto (Open Access)
    Investigação das alterações na expressão dos HERVs, expressão de interleucinas e fatores da resposta imune em células de linhagens placentárias associadas à infecção pelo Zika vírus.
    (Universidade Federal de São Paulo, 2020-12-08) Costa, Anderson Luís da [UNIFESP]; Janini, Luís Mário Ramos [UNIFESP]; Maricato, Juliana Terzi [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/8321096323728598; http://lattes.cnpq.br/5713863164263481; http://lattes.cnpq.br/9199867187029899
    O Zika vírus é um vírus de genoma RNA de polaridade positiva, que possui duas variantes principais: Africana e Asiática. Em julho de 2015, o Brasil notificou a associação entre a infecção pelo ZIka vírus e a síndrome de Guillain-Barré. Já em outubro de 2015, o Brasil notificou a associação entre a infecção pelo Zika vírus e a microcefalia. Como a microcefalia é uma sequela permanente que ocorre durante a gestação, alguns estudos têm avaliado o ambiente imune da placenta na presença de infecção viral. O genoma humano é constituído, entre outros componentes, por sequências retrovirais completas ou degeneradas, denominadas retrovírus endógenos (ERVs, do inglês endogenous retroviruses). Os retrovírus endógenos humanos (HERVs) têm características semelhantes às dos retrovírus exógenos, não sendo, contudo, infecciosos. Eles são transmitidos verticalmente como DNA proviral para o genoma de células germinativas. Os HERVs têm sido associados a muitas doenças complexas, podendo incluir a microcefalia e outros distúrbios neurológicos. A placenta possui atividade aumentada de HERVS, incluindo os HERV W e FRD, ambos responsáveis pela produção das proteínas sincitina 1 e 2, respectivamente. Esses dois HERVS apresentam atividades imunoreguladoras, assim como o HERV 3. No entanto, pouco se sabe sobre a relação Placenta-HERVs-ZIKV, assim, investigar as alterações nas expressões dos HERVs e genes da resposta imune em células de linhagens placentárias consiste em uma pergunta bastante relevante. O objetivo do presente trabalho foi analisar a modulação do ambiente imune em linhagens placentárias infectadas in vitro com Zika vírus. Para isso, análises dos dados foram realizadas por medidas estatísticas sobre os valores de expressões dos mRNA dos HERVs e de componentes da resposta imune das células de linhagem placentárias. Os resultados obtidos mostraram que os HERVS W, FRD e 3 apresentaram alterações significativas quando relacionadas entre as células Bewo e HTR8, infectadas e não infectadas com os Zika vírus MR7-66 baixa passagem e com o Zika vírus IEC. Os nossos achados demonstraram que a expressão diferencial dos HERVs nas células de linhagem placentárias parece influenciar na expressão de fatores da resposta imune nessas células, o que indica uma possível alteração na expressão dos HERVs.
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    Acesso aberto (Open Access)
    A percepção de estudantes de graduação sobre evolução biológica no contexto da pandemia de Covid-19
    (Universidade Federal de São Paulo, 2022-01-27) Santos, Sabrina Ferreira dos [UNIFESP]; Gouw, Ana Maria Santos [UNIFESP]; Souza, Camila Beatriz Moraes Contrucci; http://lattes.cnpq.br/2837785052694598; http://lattes.cnpq.br/3359786303402164
    A pesquisa de percepção pública é um importante instrumento de coleta de dados para diagnosticar e conhecer as percepções, opiniões e interesse das pessoas. O ano de 2020 foi marcado pela pandemia de Covid-19 causada pelo vírus SARS-CoV-2. Atrelado a este assunto de importância mundial, muitos temas se tornaram frequentes no cotidiano das pessoas, tais como vírus, mutações, variantes, produção de vacinas e também o compartilhamento de notícias falsas. Diante deste fato, o principal objetivo deste trabalho foi investigar as percepções e o conhecimento de universitários de diferentes cursos em temas relacionados à evolução biológica, vírus e atitudes durante a pandemia de Covid-19. Para realizar esta pesquisa, de caráter quantitativo, foi elaborado um questionário, no formato eletrônico, com 54 perguntas fechadas. Para as respostas, foi utilizada uma escala tipo Likert com quatro pontos de concordância. O questionário foi aplicado a 55 estudantes universitários. Com a análise dos resultados, foi possível observar que os estudantes possuem conhecimentos satisfatórios sobre evolução biológica e vírus, se interessam por temas relacionados à evolução biológica, biotecnologia e possuem um alto grau de confiabilidade em cientistas e professores.
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    Acesso aberto (Open Access)
    Simulação computacional e análise de um modelo fenotípico de evolução viral
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2011-01-26) Castro, Diogo [UNIFESP]; Janini, Luiz Mário Ramos [UNIFESP]; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    A large amount of viruses of medical importance such as HIV, respiratory syncytial virus, the hepatitis C virus, influenza A (H1N1) and polio virus, has RNA genome. These viruses exhibit extremely high mutational rate, fast replicative kinetics, large population of particles and high genetic diversity. Manifested during the infectious process, these features allow the virus population to adapt quickly to dynamic environments, escape from the immune system, develop resistance to vaccines and antiviral drugs, and display complex evolutionary dynamics whose understanding represents a challenge to the traditional population genetics and for effective therapeutic intervention strategies. To describe mathematically and biological evolution of RNA viruses, theoretical models of virus evolution have been proposed, and many of their predictions were experimentally confirmed. This study aimed to simulate and analyze computationally a model of viral evolution that represents evolutionary relationships between the population of viral RNA genome and the different selective pressures on it in its interaction with the host organism. It also aimed to develop computational simulation software for the viral evolution model, and demonstrate the possibility of describing the model as a Galton-Watson branching process. Among the results and discussions outlined, there are an analytical criterion to study the recovery time and the critical regime of a Galton-Watson branching process applied to viral evolution; predictions about the correlation between factors of the host organism and the evolutionary dynamics of viral population; predictions about the contribution of mutational rate, the size and maximum replicative capacity of viral population for the prognosis and four stages of infection: recovery time, mutation-selection equilibrium, extinction threshold, and lethal mutagenesis.