Navegando por Palavras-chave "Recombinação"

Agora exibindo 1 - 5 de 5
  • Nenhuma Miniatura disponível
    Item
    Somente Metadadados
    Avaliação da epidemia do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (HIV-1) na região sul do Brasil
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2021) Camargo, Michelle [UNIFESP]; Diaz, Ricardo Sobhie [UNIFESP]; Universidade Federal de São Paulo
    Introduction: The high genetic diversity of HIV-1 has profound implications for viral adaptive and evolutionary capabilities. The intense genetic variability characterized by the population model of HIV-1 suffers events of drastic reduction of genetic variants less adapted to the selective pressures of the host and among the viruses themselves within the population, causing a constant oscillation of the viral genetic characteristics in a population. Viral populations have developed mechanisms to compensate for the negative effects of genetic “bottlenecks”, random events capable of reducing the size of the effective population to the point that only a few representatives of the original population are able to form a new resulting population. The phenomenon of recombination contributes to the increase of genetic diversity in the viral population and the recombination homogenizes that same population after countless mutational events in order to prevent viral extinction, and both hypotheses leave it open if the recombination confers functional advantages to the viruses that experience it. Objectives: To evaluate the genetic diversity of the HIV-1 protease, reverse transcriptase (gen pol), V3 and gp41 regions (gene env) among individuals with a recent diagnosis of infection in the Southern region of Brazil. Methods: Extraction, reverse transcription, amplification and genetic sequencing of 808 newly diagnosed plasma samples followed by phylogenetic analyzes to assess recombination, detection of selective pressure, tropism, transmitted resistance, genetic diversity, and mosaicism were performed. Results: The selective pressure analyzes based on a pairwise measurement (Nei & Gojobori) we found a selective pressure with values of w above 1 only in the recombinants of the pol region and in the subtypes B, C and F of the gp41 region. Subtype C appears to retain the R5 phenotype. The resistance transmitted to ARVs seems to be present, even before the medication is used by the infected individual, although relatively low. The genetic diversity values in the pol region were higher than one would expect to find in non-strongly immunogenic genes such as pol. Predominance of subtype C was observed in the analyzed viral regions, followed by subtype B, subtype F for two regions, however, for the pol region the predominance of sequences that showed intrasubtype recombination was greater than the number of F sequences. The mapping of recombination breakpoints an attempt was made to identify peculiar molecular characteristics that may confer adaptive advantages. Conclusion: A predominance of subtype C and recombinants (especially B/C) in the Southern region of Brazil is suggested, predominantly with tropism R5, with the frequency of resistance transmitted being relatively low, as well as suggesting a slight difference in the selective pressures suffered in the regions evaluated, however, the high evidence of recombinant suggests the occurrence of recombination events that could represent one of these mechanisms for re-homogenizing the viral population, reestablishing ideal fitness in order to avoid viral extinction.
  • Imagem de Miniatura
    Item
    Acesso aberto (Open Access)
    Caracterização de proteínas importantes para a manutenção da função mitocondrial durante o estresse genotóxico em Saccharomyces cerevisiae
    (Universidade Federal de São Paulo, 2023-02-14) Silva, Aline Montenegro [UNIFESP]; Cussiol, José Renato Rosa [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/4717700560534533; http://lattes.cnpq.br/1028334212182999
    Mitocôndrias são organelas responsáveis por desempenhar processos celulares vitais, tais como a produção de ATP, grupos ferro-enxofre, heme e regulação do cálcio. Possui DNA próprio, e sua replicação ocorre de maneira independente do DNA nuclear. A instabilidade genômica do DNA mitocondrial (mtDNA) está associada a processos patológicos, como doenças neurodegenerativas, envelhecimento precoce e câncer. Portanto, a manutenção e reparo do mtDNA são de suma importância para os organismos. Foi observado anteriormente que regiões deletadas do mtDNA são flanqueadas por sequências repetidas (DRMD do inglês, Direct Repeat Mediated Deletions) sugerindo que mecanismos de reparo por recombinação poderiam explicar a existência dessas deleções. Entretanto, pouco se sabe ainda sobre a contribuição de mecanismos de recombinação homóloga para o reparo do mtDNA. Temos como objetivo investigar e caracterizar o papel de proteínas potencialmente envolvidas na manutenção e reparo do mtDNA assim como na função mitocondrial utilizando a levedura Saccharomyces cerevisiae como organismo modelo. Resultados preliminares obtidos pelo nosso grupo de pesquisa mostraram através de proteômica quantitativa que as proteínas Rad54 e Yhb1 estavam enriquecidas em frações mitocondriais de leveduras tratadas com a genotoxina MMS, indicando um possível papel mitocondrial dessas proteínas durante o estresse genotóxico. Dessa forma, produzimos linhagens nocautes rad54 e yhb1. Utilizando um sistema repórter capaz de quantificar DRMDs, mostramos que linhagem rad54 apresentou uma redução nos eventos de recombinação sugerindo que poderia atuar diretamente no reparo do mtDNA. Embora não tenhamos observado mudanças na frequência de reparo por recombinação mitocondrial, a linhagem yhb1 apresentou uma maior resistência ao tratamento com a genotoxina MMS. Além disso, ensaio de western blot mostrou que o tratamento com MMS leva a um aumento dos níveis proteicos de Yhb1 e o aparecimento de uma isoforma com maior mobilidade eletroforética sugerindo um possível endereçamento de Yhb1 para a mitocôndria durante o estresse genotóxico.
  • Nenhuma Miniatura disponível
    Item
    Somente Metadadados
    Distribuição De Polimorfismos Neandertais No Genoma Mitocondrial Humano
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2018-02-22) Rodrigues, Camila Ronqui [UNIFESP]; Briones, Marcelo Ribeiro Da Silva [UNIFESP]; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    The Study Of Fossil Evidence Expanded The Understanding Of Human Origin. The Advance Of Molecular Biology Allowed The Isolation And Sequencing Of Ancient Dna From Fossils. It Has Been Shown That There Was Interbreeding Between Neanderthals And Ancient Homo Sapiens Sapiens Lineages. Because Of This Interaction, 1 To 3% Of Modern Humans Genome Is Inherited From Neanderthals, Nevertheless The Influence Of This Interaction On Human Traits Is Unknown. We Analyzed 102 Sequences Of Mitochondrial Dna From Current And Archaic Homo Sapiens Sapiens And Neandertals. Neandertal Variants (66) Were Found Along The Mitogenome Of Present Humans That Are Not Present In Sequences Of Ancient Anatomically Modern Humans, Suggesting Gene Flow Between Neanderthals And Ancient Homo Sapiens Sapiens. Principal Component Analysis Showed That Some Positions Founded In Anatomically Modern Humans Mtdna Are More Related To Variants Founded In The Neanderthals Mtdna. Seven Neanderthal Variants Founded Throughout The Modern Humans Mitogenome
  • Imagem de Miniatura
    Item
    Acesso aberto (Open Access)
    Evidências de recombinação entre variantes SARS-CoV-2 através da análise de sequencias somente brasileiras
    (Universidade Federal de São Paulo, 2023-12-21) Bueno, Marcelo [UNIFESP]; Briones, Marcelo Ribeiro da Silva [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/0018992452321910
    A recombinação viral é um processo genético em que o material genético de duas linhagens diferentes é trocado, levando assim à formação de novas variantes genéticas. Tal ocorrência é mais comum nos vírus de RNA, como o SARS-CoV-2 causador da COVID-19. O processo de recombinação pode ocorrer quando o organismo hospedeiro é infectado por duas variantes diferentes. Durante a replicação, os segmentos de RNA podem ser trocados, resultando em uma combinação de material genético de ambas as cepas, podendo levar à formação de um novo vírus com características genéticas diferentes das cepas parentais originais. Desta forma o que se observa é o fato de que a recombinação viral é uma das causas da rápida evolução dos vírus levando a adquirir novas características, tais como: resistência a medicamentos antivirais; evasão do sistema imunológico; mudanças nas propriedades de transmissão. Vale destacar que, o vírus SARS-CoV-2 vem sofrendo mutações ao longo do tempo, o que levou à formação de novas variantes, sendo a recombinação genética, onde o material genético é trocado entre diferentes cepas do vírus, é um dos mecanismos pelos quais novas variantes podem surgir. Tal Mecanismo inclusive, pode tornar insuficiente a análise evolutiva do SARS-CoV-2 apenas por filogenia, de modo que outras técnicas, tal como PCA, explicam melhor a variação observada nas linhagens virais atuais. Embora a recombinação viral seja um acontecimento comum em vírus de RNA, nem todos os vírus passam por esse processo com a mesma frequência, além disso, nem toda recombinação resultara em variantes viáveis ou que venham a ter um impacto significativo na dinâmica de infecção e ou reinfecção do hospedeiro. Portanto, compreender os eventos de recombinação e rastrear eventos de alterações dos genes auxilia a compreender o comportamento de evolução e infecção deste vírus.
  • Imagem de Miniatura
    Item
    Acesso aberto (Open Access)
    Exercícios de recombinação, criação e inspiração: Uma ética da porosidade
    (Universidade Federal de São Paulo, 2024-08-30) Afonso, Guilherme Avelino [UNIFESP]; Henz, Alexandre de Oliveira [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/8635317893278680; http://lattes.cnpq.br/9675284265995061; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    Exercícios com os problemas da recombinação, criação e inspiração através do trabalho de Chico Buarque e alguns de seus enunciados acerca da compra de composições; uma passagem pelo cinema de Andrei Tarkovski a respeito da montagem, do trabalho com a equipe e atores; por entre notas de Clarice Lispector e seu arrastão de marcas no fazimento de escritos, o dito improviso no jazz com Miles davis e Herbie Hancock e o problema do ruído e o silêncio em uma obra de John Cage. Neste interjogo de exercícios, esse escrito analisa o que disseram tais artistas e o que se passa entre estes problemas em distintas artes. Alguns dos operadores conceituais são a noção de opacidade de Edouard Glissant, bem como de finito-ilimitado, devir e inspiração nos escritos de Gilles Deleuze. Distinto da lógica romântica e liberal da expressão espontânea que se faz ouvir desde 'dentro', essas questões implicam um trabalho intensivo, envolvido com uma multiplicidade de forças. Aposta que inflete diferentemente nos gêneros artísticos com os desdobramentos indicados pelos compositores, músicos, cineasta e escritora. Nestas análises, foi relevante uma ética da porosidade, estar no meio, um trabalho com corpos atravessados em acontecimentos, um jogo para além de oposições fáceis.