Reativacao de progenies ancestrais no envelope do HIV-1 em pacientes sob STI

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dc.contributor.authorTeixeira, Carla Cristina [UNIFESP]
dc.date.accessioned2015-12-06T23:45:11Z
dc.date.available2015-12-06T23:45:11Z
dc.date.issued2011
dc.description.abstractFoi avaliada a repercussao da Interrupcao Estruturada do Tratamento (STI) na regiao V3 da gp120 do HIV-1 de amostras de RNA provenientes do plasma de 23 pacientes infectados pelo HIV-1 e em falha virologica. Esses pacientes foram submetidos a STI por um periodo de 12 semanas, cujas amostras foram analisadas nos momentos pre-STI e pos-STI. Foi determinado por meio de sequenciamento genico o genotropismo utilizando a metodologia combinada incluindo a analise contida no geno2pheno[http://coreceptor.bioinf.mpi-inf.mpg.de/] correlatos (env) podendo ocasionar mudanca doassociados a presenca de aminoacidos com carga positiva nas posicoes 11 e/ou 25 e a carga media dos aminoacidos da regiao V3. Foi avaliada a pressao seletiva, a diversidade e o perfil filogenetico das sequencias, alem da composicao de nucleotideos e aminoacidos do V3 e os subtipos das sequencias. Tambem foi comparado o perfil de resistencia do gene pol com o tropismo da regiao V3. Foi encontrado um unico par de sequencias pertencente ao subtipo F, todas as demais sao do subtipo B na regiao V3. A analise de tropismo demonstra que houve algumas mudancas no periodo pos-STI e que ha uma tendencia para queda da carga media da alca V3 nesse momento, mesmo naquelas sequencias em que o tropismo nao muda. A adenina e altamente prevalente na composicao dos nucleotideos, indicando processo de hipermutacao. Foram observadas ambiguidades e algumas mudancas nas sequencias de aminoacidos nos dois periodos. Na coroa do V3 foram detectadas as sequencias GPGR ou GWGR na maioria das sequencias nao havendo associacao estatistica entre composicao da coroa e tropismo. Tambem nao foi encontrada associacao estatistica entre resistencia no gene pol e determinacao do tropismo, embora tenha sido observado que sequencias que mantiveram o perfil R5 no pre e no pos-STI apresentaram mais reversao das mutacoes de resistencia no pol e as sequencias que sofreram mudanca de tropismo apresentaram reversao dessas mutacoes. A diversidade encontrada e maior nas sequencias com tropismo X4. Muitos sitios apresentaram pressao seletiva negativa e os sitios 16 e 25 da alca V3 apresentaram pressao seletiva positiva, tanto no pre-STI quanto no pos-STI. Dentre os 23 pacientes analisados, tres apresentaram reversao de tropismo de X4 para R5 em diferentes momentos de amostragem. Nestes tres pacientes foi observada variabilidade das sequencias, demonstrado por mudanca brusca na composicao de aminoacidos, pela entropia, pela taxa mutacional e pela analise bayesiana. Foi visto que a STI por curtos periodos de tempo pode levar a mudancas significativas em genes nao correlatos (env) podendo ocasionar mudanca do perfil de tropismo viralpt
dc.description.sourceBV UNIFESP: Teses e dissertações
dc.format.extent78 p.
dc.identifier.citationSão Paulo: [s.n.], 2011. 78 p.
dc.identifier.fileepm-2070312092264.pdf
dc.identifier.urihttp://repositorio.unifesp.br/handle/11600/21905
dc.language.isopor
dc.publisherUniversidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
dc.rightsAcesso restrito
dc.subjectHumanospt
dc.subjectHIV-1pt
dc.subjectTropismo Viralpt
dc.subjectNucleotídeospt
dc.subjectAminoácidospt
dc.subjectSuspensão de Tratamentopt
dc.subjectTerapia Antirretroviral de Alta Atividadept
dc.subject.decsHumanospt
dc.titleReativacao de progenies ancestrais no envelope do HIV-1 em pacientes sob STIpt
dc.title.alternativeReactivation of ancestral progeny in the envelope of HIV-1 in patients on STI: impact on viral tropismen
dc.typeTese de doutorado
unifesp.campusUniversidade Federal de São Paulo, Escola Paulista de Medicina, Programa de Pós-graduação em Infectologiapt
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