Navegando por Palavras-chave "Transcriptome"
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- ItemAcesso aberto (Open Access)Análise do transcriptoma da glândula produtora de veneno de Loxosceles intermedia (aranha marrom): perfil de expressão e identificação de novas toxinas(Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2010-07-28) Gremski, Luiza Helena [UNIFESP]; Veiga, Silvio Sanches [UNIFESP]; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)Loxosceles genus spiders are responsible for accidents all over the world and have clinical importance in the South of Brazil. The venom of these spiders is made up of several toxins, including proteins, which are responsible for the clinical pattern called loxoscelism. To describe the transcriptional profile of the L. intermedia venom gland, we generated a wide cDNA library, and its transcripts were functionally and structurally analyzed. After initial analyses, 1,843 ESTs produced readable sequences that were grouped into 538 clusters, 281 of which were singletons. Nine hundred eighty-five reads (53% of total ESTs) matched to known proteins. Similarity searches showed that toxinencoding transcripts totalize 43% of the total library and comprise a great number of ESTs. The most frequent toxins were from the LiTx family, which are known for their insecticidal activity. Both phospholipase-D and astacin-like metalloproteases toxins account for approximately 9% of total transcripts. Toxins components such as serine proteases, hyaluronidases and venom allergens were also found but with minor representation. Almost 10% of the ESTs encode for proteins involved in cellular processes. This work also describes the stages for cloning, heterologous expression and purification of a cDNA similar to a protease inhibitor identified in the cDNA library. It is known that proteins belonging to this family have an application potential as antithrombotic drugs, acting as therapeutic agents that influences the activity of coagulation factors. These data provide an important overview of the L. intermedia venom gland expression scenario, revealed significant differences from profiles of other spiders from the Loxosceles genus and describe the production of a novel recombinant toxin.
- ItemAcesso aberto (Open Access)Caracterização imunofenotípica, do perfil de expressão gênica e funcional de células-tronco mesenquimais derivadas de medula óssea de pacientes com mieloma múltiplo(Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2017-11-21) Fernando, Rodrigo Carlini [UNIFESP]; Colleoni, Gisele Wally Braga [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/2918635854077904; http://lattes.cnpq.br/0799332858520582; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)Introdução: Evidências crescentes sugerem que o microambiente tumoral possui papel chave na manutenção e progressão de vários tipos de câncer, incluindo tumores sólidos e neoplasias malignas hematológicas. No mieloma múltiplo (MM), um câncer de células plasmáticas, a interação entre as células de MM e o ambiente circundante da medula óssea (MO), composto por elementos celulares e não celulares, promove a sobrevivência, o crescimento e a resistência a drogas das células tumorais. Entre os elementos celulares, as células-tronco mesenquimais da MO (do inglês, mesenchymal stem cells, MSC) merecem maior atenção devido ao seu papel emblemático na progressão da doença. Vários estudos tem mostrado diferenças entre as MSC de pacientes com MM (MM-MSC) e suas correspondentes normais (do inglês, normal donors MSC, ND-MSC), compreendendo desde alterações no perfil de expressão gênica e proteica, até alterações genéticas e funcionais. Objetivos: Os objetivos desse estudo foram caracterizar as diferenças nos perfis imunofenotípico, de expressão gênica e funcional entre as MM-MSC e as ND-MSC, com intuito de agregar novas informações à patogênese da doença e identificar potenciais alvos terapêuticos. Casuística e Métodos: Foram incluídos no estudo 19 casos de MM recém-diagnosticados, sem tratamento prévio, e sete doadores saudáveis de MO para transplante alogênico (não pareados por idade ou gênero). Os aspirados de MO foram coletados e processados para isolar as MSC, por separação magnética manual (CD105+). As MSC de ambos os grupos foram expandidas in vitro até atingir a quantidade de células necessária para os demais experimentos. As MSC foram caracterizadas por citometria de fluxo e por avaliação do potencial de diferenciação em osteoblastos. A análise do perfil de expressão gênica foi realizada por microarray, utilizando a plataforma GeneChip Human Exon 1.0 ST Array (Affymetrix). Após o pré-processamento dos dados brutos de microarray e identificação de genes diferencialmente expressos (GDE), foram realizadas análises de rede de co-expressão gênica e de enriquecimento funcional, utilizando ferramentas de bioinformática, a fim de identificar funções e vias biológicas enriquecidas. Por fim, com intuito de validar funcionalmente os achados das análises de bioinformática dos GDE, foi realizada a avaliação do ciclo celular, por citometria de fluxo, e a quantificação do comprimento telomérico dessas células por PCR em tempo real. Resultados: Não foram observadas diferenças imunofenotípicas, nem na capacidade de diferenciação em osteoblastos entre as células tumorais e normais. A análise de expressão gênica, por sua vez, mostrou 485 GDE nas MM-MSC, sendo 280 com expressão aumentada e 205 com expressão diminuída. As análises de bioinformática revelaram que as principais funções e vias biológicas enriquecidas, entre os genes com expressão diminuída, estavam relacionadas à progressão do ciclo celular e à ativação da resposta imune. Entretanto, não foram observadas diferenças estatisticamente significantes entre as distribuições dessas células nas diferentes fases do ciclo celular, nem no tamanho do comprimento telomérico das mesmas. Conclusão: Nossos resultados sugerem que as MM-MSC possuem perfil de expressão gênica distinto das ND-MSC, confirmando estudos anteriores. Dentre as funções desreguladas nas MM-MSC em decorrência da doença, destacam-se as alterações encontradas em genes responsáveis pela progressão do ciclo celular e pela ativação do sistema imune, os quais sugerem, respectivamente, que as MM-MSC são permanentemente dependentes das células de MM e que elas colaboram para a evasão do sistema imune por parte das células tumorais. Novas abordagens visando o último aspecto podem ser interessantes no tratamento do MM.
- ItemSomente MetadadadosProteomic and glycoproteomic profilings reveal that posttranslational modifications of toxins contribute to venom phenotype in snakes(Amer Chemical Soc, 2016) Andrade-Silva, Debora; Zelanis, Andre [UNIFESP]; Kitano, Eduardo Shigueo; Junqueira-de-Azevedo, Inácio de Loiola Meirelles; Reis, Marcelo da Silva; Lopes, Aline Soriano [UNIFESP]; Serrano, Solange Maria de ToledoSnake venoms are biological weapon systems composed of secreted proteins and peptides that are used for immobilizing or killing prey. Although post-translational modifications are widely investigated because of their importance in many biological phenomena, we currently still have little understanding of how protein glycosylation impacts the variation and stability of venom proteomes. To address these issues, here we characterized the venom proteomes of seven Bothrops snakes using a shotgun proteomics strategy. Moreover, we compared the electrophoretic profiles of native and deglycosylated venoms and, in order to assess their subproteomes of glycoproteins, we identified the proteins with affinity for three lectins with different saccharide specificities and their putative glycosylation sites. As proteinases are abundant glycosylated toxins, we examined the effect of N-deglycosylation on their catalytic activities and show that the proteinases of the seven venoms were similarly affected by removal of N-glycans. Moreover, we prospected putative glycosylation sites of transcripts of a B. jararaca venom gland data set and detected toxin family related patterns of glycosylation. Based on our global analysis, we report that Bothrops venom proteomes and glycoproteomes contain a core of components that markedly define their composition, which is conserved upon evolution in parallel to other molecular markers that determine their phylogenetic classification.
- ItemSomente MetadadadosTrends in the Evolution of Snake Toxins Underscored by an Integrative Omics Approach to Profile the Venom of the Colubrid Phalotris mertensi(Oxford Univ Press, 2016) Campos, Pollyanna Fernandes; Andrade-Silva, Debora; Zelanis, Andre [UNIFESP]; Paes Leme, Adriana Franco; Rocha, Marisa Maria Teixeira; Menezes, Milene Cristina; Serrano, Solange Maria de Toledo; Junqueira-de-Azevedo, Inácio de Loiola MeirellesOnly few studies on snake venoms were dedicated to deeply characterize the toxin secretion of animals from the Colubridae family, despite the fact that they represent the majority of snake diversity. As a consequence, some evolutionary trends observed in venom proteins that underpinned the evolutionary histories of snake toxins were based on data from a minor parcel of the clade. Here, we investigated the proteins of the totally unknown venom from Phalotris mertensi (Dipsadinae subfamily), in order to obtain a detailed profile of its toxins and to appreciate evolutionary tendencies occurring in colubrid venoms. By means of integrated omics and functional approaches, including RNAseq, Sanger sequencing, high-resolution proteomics, recombinant protein production, and enzymatic tests, we verified an active toxic secretion containing up to 21 types of proteins. A high content of Kunitz-type proteins and C-type lectins were observed, although several enzymatic components such as metalloproteinases and an L-amino acid oxidase were also present in the venom. Interestingly, an arguable venom component of other species was demonstrated as a true venom protein and named svLIPA (snake venom acid lipase). This finding indicates the importance of checking the actual protein occurrence across species before rejecting genes suggested to code for toxins, which are relevant for the discussion about the early evolution of reptile venoms. Moreover, trends in the evolution of some toxin classes, such as simplification of metalloproteinases and rearrangements of Kunitz and Wap domains, parallel similar phenomena observed in other venomous snake families and provide a broader picture of toxin evolution.