Navegando por Palavras-chave "Shotgun"

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    Acesso aberto (Open Access)
    Análise do picoplâncton antes e após introdução acidental de dicloroisocianurato de sódio dihidratado no estuário de Santos, São Paulo
    (Universidade Federal de São Paulo, 2018-07-09) Gonçalves, Kelly Rodrigues [UNIFESP]; Gregoracci, Gustavo Bueno [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/2981096200649699; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    A Terra desde a origem da vida é habitada por micro-organismos. Estes apresentam formas variadas e estão adaptados a diversos ambientes, compreendendo a maior parte da biomassa oceânica. Em uma escala que varia de 0,22 μm até 2 μm encontramos bactérias, arquéias, vírus e alguns eucariotos, responsáveis pela produção primária, participação em ciclos biogeoquímicos, ciclagem de matéria e transferência de energia e outros, contribuindo ativamente na manutenção da vida no planeta. Com a queda nos preços de equipamentos para sequenciamento em larga escala, análises ambientais completas e complexas podem ser realizadas a partir da metagenômica. Em metodologia denominada shotgun são gerados diversos fragmentos de DNA a partir de amostras ambientais, estes são analisados através de bioinformática permitindo inferências taxonômicas e funcionais. Com este estudo pretende-se avaliar a região do estuário de Santos antes e após a introdução acidental de dicloroisocianurato de sódio dihidratado reconhecendo e estabelecendo dados que permitam futuramente o controle ecológico/ambiental e da região que está em constante mudança e exposta a impactos ambientais.
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    Somente Metadadados
    Metagenômica da microbiota envolvida na redução de sulfato e produção de metano em reatores termofílicos de duas fases alimentados com vinhaça
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2019-11-11) Silveira, Jessica Teixeira [UNIFESP]; Gregoracci, Gustavo Bueno [UNIFESP]; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    The present work analysed the specific and functional composition of the microbes involved in vinasse treatment, sulfate removal and methane production, in a thermophilic anaerobic two-phase bioreactor. Biofilm samples were recovered at the end of reactor operation and DNA was extracted with CTAB-chloroform and phenol-chloroform protocols. Sequenced was performed using the shotgun protocol of the Illumina plataform. Data recovery including singlets improved 23,107 hits (7.5%) in R1 and 99,826 hits (6.5%) in R2, with statisticallly significant difference only for the abundance of Thermodesulfovibrio yellowstonii. In R1, a third of the microbiota was composed by T. yellowstonii, which was the main sulfate reducing bacterium (SRB). Still, other SRB were detected in lower abundances. Most SRB use hydrogen, formiate and glucose as substract for sulfate reduction. Ferrodoxins and adenil redutases were detected as sulfate reducing enzymes. Iron reducing species such as Geobacter sulfurreduens and Thermincola potens were also abundant in R1. Fermenting bacteria from Clostridia e Bacilli (Firmicutes) classes were the most abundant in both reactors, and their main fermentation pathway in both reactor was mixed acids fermentation. In R2, butanol biosynthesis and lactate fermentation were also representative pathways. Carbohydrate transformation occurred preferentially through the pentose-phosphate pathway, and through the serine-glyoxate cycle in both reactors. Hydrogenases were the most important funtions connected to respiration in theses reactors as well. Planctomycetaceae family species composed nearly a fifth of R2, suggesting anaerobic ammonium oxidation. Methanogenesis in R2 was performed by Methanobacteriaceae mainly, particularly Methanothermobacter thermautotrophicus. The main methanogenic pathway was performed by hydrogenotrophic archaea, likely due to high concentration of CO2, H2 e formiate. Heterodisulfide reductases were related to methanogenesis. Functional results overall corroborated operational data measured in the reactors.