Navegando por Palavras-chave "Sequência de Bases"
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- ItemSomente MetadadadosAnalise molecuar de cepas de citomegalovirus provenientes de pacientes transplantados(Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2002) Nogueira, Eliana [UNIFESP]A infeccao pelo citomegalovirus e uma importante complicacao em pacientes transplantados em geral, e uma causa comum de morbidade e mortalidade em outros pacientes imunocomprometidos. Com o aumento do uso de antiviral para o tratamento de infeccoes por HCMV tem sido relatado a emergencia de virus resistentes, dificultando a terapeutica. A resistencia a drogas pode ser resultado de delecao ou insercao de nucleotideos num gene viral, na quinase que monofosforila a droga ou uma mutacao pontual no gene UL54 que codifica para a DNA polimerase viral. Mutacoes na DNA polimerase viral podem coexistir com mutacoes na UL97, resultando em dupla infeccao a drogas. A glicoproteina B e abundantemente expressa na superficie dos virions e celulas infectadas. Diferentes cepas, poderiam variar em virulencia. Como pouco se sabe sobre as diferencas funcionais que podem existir entre as diversas cepas de HCMV, os objetivos deste trabalho foram; 1) identificar cepas de HCMV em pacientes transplantados; 2) analisar resistencia em alguns pacientes. Foram estudados pacientes submetidos a transplante no periodo de Janeiro de 1999 a Maio de 2001. A identificacao da infeccao pelo HCMV foi realizada atraves do ensaio de antigenemia. Foram estudados 86 pacientes que geraram 109 amostras, sendo que 04 amostras eram negativas. As amostras separadas para o estudo foram amplificadas por Nested-PCR para as tres regioes estudadas: gB, UL54 e UL97 e depois sequenciadas. A regiao do gene da gB foi estudada com o objetivo de analisar genotipicamente as amostras. Para a analise de resistencia foram estudadas as regioes da DNA polimerase (UL54 - que foi dividida em duas partes), e UL97. Apos as amostras serem sequenciadas, foram alinhadas e analisadas por programas de analise filogeneticas. Das 109 amostras estudadas para a regiao da gB, 0,9 por cento pertencia ao genotipo gB1, 47,7 por cento ao genotipo gBlV, 36,8 por cento ao genotipo gB2, 1,9 por cento ao gB2V, 0,9 por cento ao genotipo gB3, 4,8 por cento ao genotipo gB4 e 7,3 por cento ao genotipo gB4V. 17 pacientes tiveram mais de uma amostra analisada. 29,4 por cento apresentaram diferentes cepas em amostras diferentes, e 17,6 por cento apresentaram mais de uma cepa ao mesmo tempo. Foram estudadas entre 14, 17 e 15 amostras...(au)
- ItemSomente MetadadadosDeteccao de alteracoes no gene GLA em pacientes Fabry, utilizando sequenciamento e quantificacao de RNA mensageiro(Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2011) Turaca, Lauro Thiago [UNIFESP]Doenca de Fabry (DF) e um erro inato do catabolismo de glicoesfingolipideos ligado ao X que resulta de mutacoes no gene da alfa-galactosidase A (GLA). O diagnostico da doenca e geralmente realizado atraves da avaliacao da atividade enzimatica em individuos do sexo masculino, mas em mulheres o diagnostico com base apenas em ensaios enzimaticos e muitas vezes inconclusivo. Assim, propomos um diagnostico simples capaz de identificar alteracoes alem da regiao codificante do DNA genomico, ou seja, no processo de splicing e no padrao de expressao genica de GLA. O processo e baseado no sequenciamento do RNA mensageiro juntamente com analise de sua expressao genica, utilizando a mesma amostra. Neste trabalho analisamos o DNA genomico de 622 individuos de 144 familias com suspeita de FD. Dentre 75 familias encontrou-se 43 tipos alteracoes no gene entre os quais 20 nao foram previamente relatadas na literatura. As alteracoes incluiram 17 mutacoes missense, 7 mutacoes nonsense, 8 delecoes, 6 insercoes, 4 polimorfismos e uma alteracao no sitio de splicing. Seis mutacoes missense (R112C, R118C, R220X, R227X, R342Q e R356W) ocorreram em dinucleotideos CpG. Cinco mutacoes ainda nao descritas na literatura (A156D, K237X, A292V, I317S, c.1177_1178insG) foram correlacionados com baixa atividade da enzima e com previsoes de danos moleculares. Das 13 delecoes e insercoes da regiao codificante, 7 ocorreram nos exons 6 ou 7 (54%) e 11 levaram a formacao de codon de terminacao. Alem disso, 19 mulheres com fortes indicios de serem portadoras de alteracoes no gene GLA, mas que nao apresentaram alteracoes no sequenciamento de DNA, foram submetidas ao sequenciamento e expressao de RNAm. Dentre elas, uma paciente apresentou delecao de 61pb na sequencia do RNAm. Alem disso, outras 15 pacientes apresentaram diminuicao na expressao do gene GLA. O presente estudo destaca a importancia da deteccao de novas alteracoes genomicas, facilita a selecao de pacientes para a terapia de reposicao enzimatica recombinante e oferece a possibilidade de realizar o diagnostico pre-natal. Alem disso, usando o protocolo de RNAm extraido de celulas brancas do sangue e possivel evitar o uso de biopsias e diminuir a quantidade de fragmentos a serem sequenciados
- ItemSomente MetadadadosSequencias repetitivas do espacador rebossomal intergenico de Trypanosoma cruzi(Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 1992) Novak, Estela Maria [UNIFESP]