Navegando por Palavras-chave "Genetic variation"

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    Caracterização fenotípica e genotípica de amostra de Escherichia coli do sorogrupo 0113, isoladas de infecções humanas e do reservatório animal
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2006) Santos, Luis Fernando dos [UNIFESP]; Guth, Beatriz Ernestina Cabilio [UNIFESP]
    Neste trabalho 39 amostras de Escherichia coli do sorogrupo 0113, isoladas de infecções humanas (17 amostras), do reservatório animal (20 amostras) e de alimentos (02 amostras), em diferentes regiões brasileiras, foram analisadas quanto às suas características fenotípicas, presença de marcadores genéticos de virulência relacionados a toxinas e adesinas descritos em E. coli diarreiogênica, e a sua diversidade genética. A presença de stx, definindo a categoria STEC, somente foi observada entre as amostras de origem não-humana e todas pertenciam ao sorotipo 0113:H21. As amostras isoladas de pacientes com diarréia apresentaram além do antígeno flagelar H21, os antígenos H4, H7, H10 e H12. Dez amostras não-STEC apresentaram-se imóveis e a caracterização do gene mc destas amostras revelou dois perfis de restrição distintos, e diferentes dos perfis observados para os demais antígenos flagelares identificados. No geral, características bioquímicas semelhantes foram observadas, independentemente da origem das amostras, exceto pelo fato de que 13 por cento delas não descarboxilaram a lisina, sendo todas stx negativas. A ocorrência de três biotipos distintos foi verificada entre as amostras estudadas, sendo um deles exclusivo do grupo das STEC. Atividade citotóxica para células Vero e HeLa e a ocorrência de enterohemolisina foram fenótipos observados apenas no grupo das STEC. Resistência à pelo menos 2 antimicrobianos foi observada em 4,5 por cento das amostras STEC e em 35 por cento das amostras não-STEC. A capacidade de aderência a células HEp-2 esteve presente no geral em 82 por cento das E. coli 0113 analisadas, tendo sido o padrão agregativo (AA) encontrado em 74 por cento das amostras. Diversos genótipos stxforam identificados entre as STEC 0113:H21, sendo stx2 associado ou não a stX2c, o mais prevalente. Nove amostras não-STEC que apresentaram AA foram identificadas por ensaios de hibridação de colônias e PCR como sendo EAEC. Uma diversidade de genes para toxinas e adesinas foi encontrada entre as amostras de E. coli 0113 analisadas. Os genes ehxA, cdt-V, SUb0113 e saa estiveram presentes apenas no grupo das STEC, outras seqüências como aggR e pet foram identificadas apenas no grupo das EAEC e algumas seqüências como iha, Ipfo113 e astA estiveram presentes indistintivamente entre as STEC e não-¬STEC. Por outro lado, nenhuma das amostras carreava eae e toxB. A análise da diversidade genética pela técnica de PFGE permitiu identificar uma grande heterogeneidade genética entre as amostras 0113 de origem humana enquanto que uma maior homogeneidade foi observada entre as amostras do sorotipo 0113:H21, incluindo as três amostras stx negativas, que se apresentaram bastante relacionadas entre si, e com as demais amostras STEC deste sorotipo, de origem animal. Deste modo, a caracterização fenotípica e o perfil de marcadores de virulência apresentados pelas amostras estudadas permitiram identificar, em nosso meio, a presença de soropatotipos com potenciais e mecanismos de virulência distintos dentro do sorogrupo 0113.
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    Acesso aberto (Open Access)
    Detecção das variações genéticas R702W e L1007finsC no gene NOD2/CARD15 e sua relação com a microbiota intestinal de pacientes com doença de Crohn
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2017-10-11) Alencar Junior, Hagamenon de [UNIFESP]; Paiotti, Ana Paula Ribeiro [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/9404512862732685; http://lattes.cnpq.br/2676080948024857; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    Objetivo: Avaliar a incidência das variações R702W e L1007finsC no gene NOD2/CARD15 e sua relação com a diversidade da microbiota intestinal de pacientes com Doença de Crohn. Métodos: Foram estudados 105 indivíduos, sendo 54 com Doença de Crohn e 51 como grupo controle. A análise do polimorfismo do gene NOD2/CARD15 foi utilizada a técnica de PCR-RFLP para avaliar as duas variações genéticas R702W e L1007finsC. A análise da microbiota intestinal foi realizada por PCR em Tempo Real. Foram avaliadas a expressão gênica do filo Bacteroidetes, classe Bacilli (filo Firmicutes), família Bifidobacteriaceae (filo Actinobacteria) e família Enterobacteriaceae (filo Proteobacteria). Os dados foram representados como média ± desvio-padrão, mínimo e máximo e frequência em porcentagem; teste qui-quadrado para as análises dos polimorfismos e teste “t” e Mann-Whitney para as análises de expressão gênica. Na comparação entre a expressão gênica e atividade clínica bem como localização da doença utilizamos ANOVA (Kruskal-Wallis); modelos de regressão lineares (modelo não condicional e modelo de condicionamento parcial) para avaliar a interação entre os genótipos e quantidade de expressão dos grupos bacterianos. Valores de p<0,05 foram considerados estatisticamente significativos. Resultados: Para ambas as variações genéticas, o genótipo selvagem foi o mais comum. No polimorfismo R702W, 13 indivíduos do grupo caso e 4 participantes do grupo controle apresentaram o genótipo heterozigoto e nenhum paciente homozigoto. Para o polimorfismo L1007finsC, a maioria dos participantes apresentaram o genótipo selvagem, 9 participantes do grupo caso e 4 do grupo controle apresentaram o genótipo heterozigoto e 2 indivíduos com Doença de Crohn e 1 individuo do grupo controle apresentaram o genótipo homozigoto. Na análise da expressão gênica dos grupos bacterianos, verificamos um aumento significativo do filo Bacteroidetes nas fezes dos participantes com Doença de Crohn em relação ao grupo controle. Por outro lado, observamos uma redução significativa na expressão da classe Bacilli e da família Bifidobacteriaceae. Em relação a família Enterobacteriaceae, não observamos diferenças. Analisando a interação dos polimorfismos com a expressão gênica dos grupos bacterianos, não observamos resultados significativos. Conclusão: Para ambas as variações genéticas (R702W e L1007finsC), o genótipo selvagem foi o mais frequente tanto nos participantes com Doença de Crohn como no grupo controle. A expressão gênica de bactérias comensais está diminuída nas fezes dos participantes com DC em relação ao grupo controle. Não houve relação entre as variações genéticas estudadas e a expressão da microbiota.
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    eNOS gene haplotype is indirectly associated with the recovery of cardiovascular autonomic modulation from exercise
    (Elsevier B.V., 2014-12-01) Silva, Bruno M. [UNIFESP]; Barbosa, Thales C.; Neves, Fabricia J.; Sales, Allan K.; Rocha, Natalia G.; Medeiros, Renata F.; Pereira, Felipe S.; Garcia, Vinicius P.; Cardoso, Fabiane T.; Nobrega, Antonio C. L.; Universidade Federal Fluminense (UFF); Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    Polymorphisms in the endothelial nitric oxide synthase (eNOS) gene decrease expression and activation of eNOS in vitro, which is associated with lower post-exercise increase in vasodilator reactivity in vivo. However, it is unknown whether such polymorphisms are associated with other eNOS-related phenotypes during recovery from exercise. Therefore, we investigated the impact of an eNOS haplotype containing polymorphic alleles at loci 786 and 894 on the recovery of cardiovascular autonomic function from exercise. Sedentary, non-obese, healthy subjects were enrolled [n = 107, age 32 +/- 1 years (mean +/- SEM)]. Resting autonomic modulation (heart rate variability, systolic blood pressure variability, and spontaneous baroreflex sensitivity) and vascular reactivity (forearm hyperemic response post-ischemia) were assessed at baseline, 10, 60, and 120 min after a maximal cardiopulmonary exercise test. Besides, autonomic function was assessed by heart rate recovery (HRR) immediately after peak exercise. Haplotype analysis showed that vagal modulation (i.e., HF n.u.) was significantly higher, combined sympathetic and vagal modulation (i.e., LF/HF) was significantly lower and total blood pressure variability was significantly lower post-exercise in a haplotype containing polymorphic alleles (H2) compared to a haplotype with wild type alleles (H1). HRR was similar between groups. Corroborating previous evidence, H2 had significantly lower post-exercise increase in vasodilator reactivity than HI. in conclusion, a haplotype containing polymorphic alleles at loci -786 and 894 had enhanced recovery of autonomic modulation from exercise, along with unchanged HRR, and attenuated vasodilator reactivity. Then, these results suggest an autonomic compensatory response of a direct deleterious effect of eNOS polymorphisms on the vascular function. (C) 2014 Elsevier B.V. All rights reserved.
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    Embargo
    Estudos sobre o potencial de virulência e filogenia de amostras de Escherichia coli do sorotipo O113:H21
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2011-02-22) Santos, Luis Fernando dos [UNIFESP]; Guth, Beatriz Ernestina Cabilio [UNIFESP]; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    In this study 37 O113:H21 Escherichia coli strains isolated from human infections (03 samples), the animal reservoir (33 samples) and food (1 sample) in different regions of Brazil, were analyzed for their genotypic and phenotypic virulence traits and genetic and phylogenetic backgrounds. The presence of the stx gene, defining the STEC pathotype was observed in all samples of non-human origin. Human samples, lacking this gene, were classified as non-STEC. The search for genes related to the production of toxins, adhesins and autotransporter proteins revealed the occurrence of distinct virulence profiles among samples of different origins. Among the STEC strains the profile composed of ehxA, subAB, epeA, espP, lpfO113, iha and saa, associated or not to cdt-V was the most prevalent. Non-STEC isolates harbored only astA, lpfO113 and iha. The genotype stx2dactivatablewas found in most of the STEC samples. High mass plasmids occurred in 25 of the 37 studied strains, but only in STEC group these plasmids could be confirmed as being the STEC O113 megaplasmid pO113. STEC isolates were also investigated for the occurrence of subtypes of genes and ehxA and regarding the enterohemolysin gene only the subtype A was found; in relation to saa, four distinct subtypes of this gene were present among the studied strains. These subtypes corresponded to variants of 500 to 800 base pairs. Cytotoxicity assays revealed the ability for the expression of subAB and cdt-V genes in 13 and 07 STEC strains respectively. Interaction assays using Caco-2 and T84 cell lines demonstrated that 13 strains had the capacity of invading the cells. Ability to form biofilm in different temperatures was observed in the majority of the studied strains. The search for the presence and expression of curli and type I fimbriae related genes were found to give positive results for the majority of the strains; however this fact had no correlation with biofilm production. Transcription of adhesin genes saa, iha and lpfO113 were investigated by RT-PCR, being the majority of the strains positive in such assays. Once more, there was no correlation between the RT-PCR results and the phenotypic virulence properties investigated. Distinct clusters were identified by PFGE analysis among the studied strains. Genetic similarity indices ranged from 65 to 100% among these clusters. MLST demonstrated the existence of phylogenetic relationship among O113:H21 STEC strains of different origins. These results indicate the presence in our settings of O113:H21 STEC isolates carrying virulence properties commonly found only in O113:H21 clones associated with SHU cases in other countries.
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    Acesso aberto (Open Access)
    Prognostic significance of vascular endothelial growth factor polymorphisms in colorectal cancer patients
    (Baishideng Publishing Group Inc, 2017) do Espirito Santo, Gilmar Ferreira [UNIFESP]; Galera, Bianca Borsatto; Duarte, Elisabeth Carmen; Chen, Elisabeth Suchi [UNIFESP]; Azis, Lenuce; Damazo, Amilcar Sabino; Saba, Gabriela Tognini [UNIFESP]; Gehrke, Flavia de Sousa; Cotrim Guerreiro da Silva, Ismael Dale [UNIFESP]; Waisberg, Jaques [UNIFESP]
    AIM To investigate the associations of the genetic polymorphisms of vascular endothelial growth factor A (VEGF-A) -1498C> T and -634G> C, with the survival of patients with colorectal cancer (CRC). METHODS A prospective cohort consisting of 131 Brazilians patients consecutively operated on with a curative intention as a result of sporadic colorectal carcinoma was studied. DNA was extracted from peripheral blood and its amplification and allelic discrimination for each genetic polymorphism was performed using the technique of polymerase chain reaction (PCR) in real-time. The real-time PCR technique was used to identify the VEGF-A -1498C> T (rs833031) and -634G> C (rs2010963) polymorphisms. Genotyping was validated for VEGF-A -1498C> T polymorphism in 129 patients and for VEGF-A -634G> C polymorphism in 118 patients. The analysis of association between categorical variables was performed using logistic regression, survival by Kaplan-Meier method and multivariate analysis by the Cox regression method. RESULTS In the univariate analysis there was a significant association (OR = 0.32