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    Acesso aberto (Open Access)
    Fungal diversity in deep-sea sediments associated with asphalt seeps at the Sao Paulo Plateau
    (Pergamon-Elsevier Science Ltd, 2017) Nagano, Yuriko; Miura, Toshiko; Nishi, Shinro; Lima, Andre O.; Nakayama, Cristina [UNIFESP]; Pellizari, Vivian H.; Fujikura, Katsunori
    We investigated the fungal diversity in a total of 20 deep-sea sediment samples (of which 14 samples were associated with natural asphalt seeps and 6 samples were not associated) collected from two different sites at the Sao Paulo Plateau off Brazil by Ion Torrent PGM targeting ITS region of ribosomal RNA. Our results suggest that diverse fungi (113 operational taxonomic units (OTUs) based on clustering at 97% sequence similarity assigned into 9 classes and 31 genus) are present in deep-sea sediment samples collected at the Sao Paulo Plateau, dominated by Ascomycota (74.3%), followed by Basidiomycota (11.5%), unidentified fungi (7.1%), and sequences with no affiliation to any organisms in the public database (7.1%). However, it was revealed that only three species, namely Penicillium sp., Cadophora malorum and Rhodosporidiwn diobovatum, were dominant, with the majority of OTUs remaining a minor community. Unexpectedly, there was no significant difference in major fungal community structure between the asphalt seep and non-asphalt seep sites, despite the presence of mass hydrocarbon deposits and the high amount of macro organisms surrounding the asphalt seeps. However, there were some differences in the minor fungal communities, with possible asphalt degrading fungi present specifically in the asphalt seep sites. In contrast, some differences were found between the two different sampling sites. Classification of OTUs revealed that only 47 (41.6%) fungal OTUs exhibited >97% sequence similarity, in comparison with pre-existing ITS sequences in public databases, indicating that a majority of deep-sea inhabiting fungal taxa still remain undescribed. Although our knowledge on fungi and their role in deep-sea environments is still limited and scarce, this study increases our understanding of fungal diversity and community structure in deep-sea environments.
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    Acesso aberto (Open Access)
    On the importance of functional traits and of phylogenetic relationships in marine nematodes: eco-evolutionary perspectives
    (Universidade Federal de São Paulo, 2022-09-23) Johnson da Silva, William [UNIFESP]; Fonseca, Gustavo [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/2643979959364811; http://lattes.cnpq.br/1055946306253948; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    As espécie possuem diversas características que as permitem explorar determinados nichos, exercendo e sofrendo influência nas inúmeras relações e processos ecológicos que ocorrem nos ecossistemas. Essas características podem ser, por exemplo, de natureza funcional, filogenética ou comportamental, e ao longo do tempo evolutivo estruturam a forma como as comunidades são hoje. Embora estudos ecológicos utilizando atributos funcionais e a posição filogenética das espécies de Nematoda marinhos sejam comuns, algumas estruturas morfológicas dos Nematoda recebem termos ambíguos. Além disso, a integração dos atributos funcionais e filogenéticos a medidas como amplitude (NB) e posição dos nichos (NP) das espécies ainda é incipiente, e entender este panorama é crucial para a compreensão da história evolutiva e da dinâmica das comunidades. Esse entendimento é ainda mais relevante em ambientes com alta diversidade como o mar profundo. Desta forma, este trabalho teve como objetivo entender se atributos funcionais e filogenéticos podem predizer a amplitude e posição dos nichos das espécies de Nematoda. Para isto, investigamos organismos coletados na Bacia de Santos, SP - Brasil e separamos os termos traços funcionais (aqueles com relação ao funcionamento do ecossistema) de morfologia funcional (aqueles com influência na performance individual do organismo. Comprimento/largura (L/W), forma do corpo, estratégia trófica, tipo de cauda e estratégia de vida são compreendidos como traços funcionais. Ao passo que anfídeo, cutícula e setas somáticas podem ser consideradas morfologias funcionais. Os caracteres funcionais, juntamente com a posição filogenética, e o ambiente de ocorrência (plataforma continental ou mar profundo) foram utilizados para prever os nichos da espécie a partir do método de Random Forest. Agrupamos as 50 espécies de Nematoda em 4 grupos de acordo com as similiaridades da amplitude (NB) e posição de nicho (NP). O modelo demonstrou que a taxa de acurácia para os grupos e para cada espécie depende do ambiente. As espécies de mar profundo são mais previsíveis do que as da plataforma continental. Os atributos funcionais mais importantes revelados pelo modelo foram o tipo de cauda móvel e hemi-sésseis, e as formas de corpo escavadoras e intermediárias. Estes traços ocorreram em espécies muitas vezes distantes filogeneticamente, mas que têm características que convergem para determinadas funções, evidenciando um processo de convergência evolutiva, sobretudo em regiões profundas. Nas regiões rasas, por outro lado, os traços funcionais não foram suficientes para predizer os o grupo das espécies, e muitas vezes nem em combinação com os filogenéticos. Dessa forma, nossos resultados mostram que distintos processos evolutivos ocorrem entre a plataforma e o mar profundo, e que a heterogeneidade do habitat atrelada às variações dos traços entre as espécies pode ser responsável por esta distinção entre os processos.