Navegando por Palavras-chave "CNV"

Agora exibindo 1 - 5 de 5
  • Nenhuma Miniatura disponível
    Item
    Somente Metadadados
    Genetic variants in gastric cancer: Risks and clinical implications
    (Academic Press Inc Elsevier Science, 2017) Gigek, Carolina Oliveira [UNIFESP]; Calcagno, Danielle Queiroz; Rasmussen, Lucas Trevizani; Santos, Leonardo Caires [UNIFESP]; Leal, Mariana Ferreira [UNIFESP]; Wisnieski, Fernanda [UNIFESP]; Burbano, Rommel Rodriguez; Lourenco, Laercio Gomes [UNIFESP]; Lopes-Filho, Gaspar Jesus [UNIFESP]; Cardoso Smith, Marilia Arruda [UNIFESP]
    Cancer is a multifactorial disease that involves many molecular alterations. Gastric cancer (GC) is the third leading cause of cancer death worldwide. GC is a highly heterogeneous disease with different molecular and genetics features. Therefore, this review focuses on an overview of the genetic aspects of gastric cancer by highlighting the important impact and role of deletions and/or duplications of chromosomal segments, genomic variants, H. pylori infection and interleukin variants, as found in gene expression and newly proposed molecular classification studies. The challenge is to better understand the mechanisms and different pathways that lead to the development and progression of GC.
  • Imagem de Miniatura
    Item
    Acesso aberto (Open Access)
    Impacto das variações de número de cópias (CNVs) da região 22q11.2 na população geral e atuação de CNVs modificadoras na síndrome da deleção 22q11.2
    (Universidade Federal de São Paulo, 2023-01-24) Souza, Malú Zamariolli de [UNIFESP]; Melaragno, Maria Isabel de Souza Aranha [UNIFESP]; Dantas, Anelisa Gollo [UNIFESP]; Oliveira, Mariana Moysés [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/5819743679780211; http://lattes.cnpq.br/0810194594683790; http://lattes.cnpq.br/0678071850781758; http://lattes.cnpq.br/4425738050291354
    A região 22q11.2 é altamente complexa e predisposta à ocorrência de rearranjos genômicos como deleções e duplicações. Essas variantes genéticas, as chamadas variações de número de cópias (CNVs), têm o potencial de acarretar traços leves e moderados na população geral como também culminar em fenótipos mais graves, característicos de síndromes clínicas. Na presente tese, múltiplas abordagens foram aplicadas na tentativa de ampliar a compreensão acerca de diversos aspectos relacionados à região 22q11.2. No primeiro estudo, objetivou-se identificar CNVs modificadoras, fora da região 22q11.2, para os defeitos cardíacos congênitos (DCC) em uma coorte de 117 pacientes com a síndrome da deleção 22q11.2 (SD22q11.2). Após a detecção de CNVs a partir da metodologia de SNP- array e controle de qualidade, foram identificadas 50 CNVs em 38 pacientes. O conteúdo gênico dessas CNVs e as vias biológias relacionadas foram examinados sendo esses comparados entre os pacientes com e sem DCC. Verificamos que genes afetados por CNVs em pacientes com DCC estavam enriquecidos para vários termos funcionais relacionados à ubiquitinação, sítios de ligação de fator de transcrição e alvos de miRNA, destacando a complexidade do fenótipo. Genes relacionados ao desenvolvimento e à patogênese cardíaca foram identificados em ambos os grupos de pacientes. Esses genes e vias enriquecidas podem indicar novos modificadores do fenótipo cardíaco em pacientes com SD22q11.2. No segundo estudo aqui apresentado, o impacto de CNVs na região 22q11.2 em diferentes fenótipos foi avaliado na coorte populacional do UK Biobank (N = 405.324 indivíduos). Para isso, termos do banco Human Phenotype Ontology (HPO) associados a algum dos 90 genes abrangidos pela região 22q11.2 foram mapeados, chegando-se a 170 fenótipos disponíveis no UK Biobank. Em seguida, foi avaliada a associação entre esses traços fenotípicos e o estado de número de cópias das sondas de SNP-array presentes na região 22q11.2. Foram encontradas associações significantes para 17 fenótipos em diferentes modelos, mostrando que duplicações e deleções agem sobre essas características por meio de mecanismos distintos. O efeito causal do nível de expressão dos genes presentes em 22q11.2 nas características associadas foi avaliado por meio da metodologia de transcriptome-wide mendelian randomization (TWMR), que revelou efeito do gene ARVCF no índice de massa corpórea e do gene DGCR6 no volume médio de plaquetas. Além disso, a abordagem de multivariable mendelian randomization (MVMR) sugeriu um papel predominante da pleiotropia horizontal para as CNVs da região. Juntos esses trabalhos fornecem novas evidências para aumentar a compreensão acerca da complexa região 22q11.2 e dos mecanismos envolvidos na variabilidade clínica da SD22q11.2.
  • Imagem de Miniatura
    Item
    Acesso aberto (Open Access)
    Interpretação da patogenicidade e estabelecimento de um banco de dados de variações de número de cópias (cnvs) em uma amostra da população brasileira
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2019-04-25) Godoy, Victoria Cabral Silveira Monteiro De [UNIFESP]; Melaragno, Maria Isabel De Souza Aranha [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/0678071850781758; http://lattes.cnpq.br/3786115796273447; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    To survey and classify CNVs, previously identified from arrays performed in our laboratory, in order to build a CNV database of a Brazilian cohort. Methods: A Brazilian cohort of 284 individuals was analyzed, including patients with phenotypic alterations and their unaffected parents. The following array platforms were used: Genome-Wide Human Array 6.0 SNP array (n= 66 individuals), CytoScan High-Density SNP array (n= 163 individuals) and CytoScan 750K (n= 55 individuals), from Affymetrix. Array analyses were performed using the Chromosome Analysis Suite software (ChAS), (Affymetrix, Santa Clara, CA, USA). All arrays that met the QC parameters were included in the analysis and, by using a flowchart, the CNVs were classified according to their pathogenicity. Results: A total of 1,792 CNVs (1,380 gains and 412 losses) were classified as benign (82%), likely benign (3.1%), VUS (5.5%), likely pathogenic (0.2%) and pathogenic (9.2%). Some of the CNVs classified as likely benign or VUS were recurrent and presented an increased frequency. These CNVs could be considered benign in our Brazilian sample, changing the interpretation of their clinical impact. Conclusions: We constructed an internal CNV database of a Brazilian cohort that will be useful for future genomic analyzes in our laboratory. Our study described a high frequency of specific CNVs classified as possibly benign and VUS, and therefore those events were reclassified as benign. In addition, our study established a novel analysis flowchart that was highly effective in classifying the CNVs, even without a phenotype-based classification method.
  • Nenhuma Miniatura disponível
    Item
    Somente Metadadados
    INTRAVITREAL BEVACIZUMAB for INFLAMMATORY CHOROIDAL NEOVASCULARIZATION Results from the Pan-American Collaborative Retina Study Group at 24 Months
    (Lippincott Williams & Wilkins, 2011-02-01) Arevalo, J. Fernando; Adan, Alfredo; Berrocal, Maria H.; Espinoza, Juan V.; Maia, Mauricio [UNIFESP]; Wu, Lihteh; Roca, Jose A.; Quiroz-Mercado, Hugo; Ruiz-Moreno, Jose M.; Serrano, Martin A.; Pan-Amer Collaborat Retina Study; Edif Ctr Caracas PH 1; Hosp Clin Barcelona; Univ Puerto Rico; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP); Inst Cirugia Ocular; Clin Ricardo Palma; Hosp Dr Luis Sanchez Bulnes; Inst Oftalmol Alicante; Miguel Hernandez Univ
    Background: To evaluate the anatomical and functional outcomes of intravitreal bevacizumab (1.25 or 2.5 mg) in the treatment of inflammatory choroidal neovascularization at 24 months.Methods: We reviewed the clinical records of 22 consecutive patients (23 eyes) with choroidal neovascularization secondary to chorioretinal inflammatory disease in this interventional retrospective multicenter case series. Sixteen eyes (63.6%) received a dose of 1.25 mg of intravitreal bevacizumab, and 7 eyes (36.4%) received a dose of 2.5 mg of intravitreal bevacizumab.Results: At baseline, the mean best-corrected visual acuity was 0.68 logarithm of minimum angle of resolution (Early Treatment Diabetic Retinopathy Study chart = 20/100). After intravitreal bevacizumab, best-corrected visual acuity improved significantly to 0.41 logarithm of minimum angle of resolution (20/51), 0.42 logarithm of minimum angle of resolution (20/53), and 0.40 logarithm of minimum angle of resolution (20/50) at 6, 12, and 24 months, respectively (P < 0.05). Fourteen eyes (60.8%) received 1 injection. Central macular thickness by optical coherence tomography decreased from 375.3 mu m (range: 240-634 mu m) at baseline to 241.6 mu m (range: 189-306 mu m) at 24 months of follow-up (P < 0.0001).Conclusion: Intravitreal bevacizumab at doses of 1.25 mg and 2.5 mg seems to provide stability or improvement in best- corrected visual acuity, optical coherence tomography, and fluorescein angiogram in inflammatory choroidal neovascularization at 24 months. All patients were treated after the underlying uveitic condition was controlled.RETINA 31: 353-363, 2011
  • Nenhuma Miniatura disponível
    Item
    Somente Metadadados
    Subtelomeric rearrangements and copy number variations in people with intellectual disabilities
    (Wiley-Blackwell, 2010-10-01) Christofolini, D. M. [UNIFESP]; Paula Ramos, M. A. de [UNIFESP]; Kulikowski, L. D. [UNIFESP]; Silva Bellucco, F. T. da [UNIFESP]; Belangero, S. I. N. [UNIFESP]; Brunoni, D. [UNIFESP]; Melaragno, M. I. [UNIFESP]; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP); Dept Gynecol & Obstet
    BackgroundThe most prevalent type of structural variation in the human genome is represented by copy number variations that can affect transcription levels, sequence, structure and function of genes.MethodIn the present study, we used the multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) technique and quantitative PCR for the detection of copy number variation in 132 intellectually disabled male patients with normal karyotypes and negative fragile-X-testing.ResultsTen of these patients (7.6%) showed copy number variation in the subtelomeric regions, including deletions and duplications.DiscussionDuplications of the SECTM1 gene, located at 17q25.3, and of the FLJ22115 gene, located at 20p13, could be associated with phenotype alterations. This study highlights the relevance in the aetiology of intellectual disability of subtelomeric rearrangements that can be screened by MLPA and other molecular techniques.