Navegando por Palavras-chave "Arbovirose"

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    Acesso aberto (Open Access)
    Investigação do surto de infecções por arbovirus em Tuparetama, Pernambuco
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2018-05-24) Farias, Rodrigo Pessoa de [UNIFESP]; Sanabani, Sabri Saeed Mohammed Ahmed Al [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/8965738600138840; http://lattes.cnpq.br/1596855426917437; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    Em abril de 2015, ocorreu um surto de uma doença semelhante a dengue em Tuparetama, pequena cidade na região nordeste do Brasil; este surto foi caracterizado por sua rápida expansão. Iniciou-se uma investigação para identificar as etiologias virais e aconselhar as autoridades sanitárias na implementação de medidas de controle para conter o foco. Este é o primeiro relatório deste surto no Nordeste, embora alguns casos tenham sido documentados anteriormente em uma cidade vizinha. Foram obtidas amostras de 77 pacientes com suspeita de dengue que foram atendidos no principal hospital da cidade. Os ensaios de laboratório, como a reação em cadeia da polimerase de transcrição reversa em tempo real, o sequenciamento do cDNA do vírus e o ensaio de imunoabsorção enzimática, foram utilizados para identificação viral. A análise filogenética molecular foi realizada para definir os genótipos virais circulantes. O RNA do vírus Zika (ZIKV) e Dengue (DENV) ou anticorpos IgM (Abs) para DENV ou chikungunya (CHIKV) foram detectados em 40 das 77 amostras de plasma (51,9%). DENV foi encontrado em 9 pacientes (11,7%), ZIKV foi encontrado em 31 pacientes (40,2%), CHIKV em 1 paciente (1,3%) coinfecção de DENV e ZIKV foi detectado em 2 pacientes (2,6%). Foram relatadas ainda as vantagens de testes para o vírus Zika (ZIKV) na urina, devido a excreção viral que pode durar até 20 dias após o início da doença. Nós investigamos 61 pacientes nos primeiros 5 dias após o início dos sintomas e encontramos mais pacientes positivos para ZIKV em amostras de plasma (n = 46), do que em amostras de urina (n = 37). Para os pacientes, que apresentaram positividade para ZIKV tanto no plasma quanto em urina (n = 28), as cargas virais foram similares em ambos materiais biológicos. Nas análises filogenéticas observamos que as 2 sequências de DENV pertenciam ao genótipo 1 e as 14 ZIKV sequencias parciais analisadas demonstraram similaridade com a linhagem asiática. Nossos resultados mostraram que o surto em curso foi causado por ZIKV, DENV e CHIKV. Isso enfatiza a necessidade de um diagnóstico rotineiro e diferencial de arbovírus em pacientes com sintomas semelhantes a dengue.
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    Acesso aberto (Open Access)
    Pipeline de busca baseada em agrupamento para regiões conservadas em arbovírus
    (Universidade Federal de São Paulo, 2024-09-23) Ferreira, João Paulo da Cruz [UNIFESP]; Janini, Luiz Mário Ramos [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/5713863164263481; http://lattes.cnpq.br/5636668555299108
    Objetivo: A proposta deste trabalho é desenvolver um pipeline de bioinformática para identificação e clusterização de regiões conservadas em genomas de arbovírus, utilizando os arbovírus Dengue, Zika e Febre Amarela como modelos biológicos. A análise combinada da clusterização com a descoberta de motifs pode ajudar a avaliar regiões conservadas compartilhadas entre um ou mais vírus e regiões específicas de cada vírus, visando aplicar o pipeline em arboviroses co-circulantes como é o caso do DENV, ZIKV e YFV. Métodos: Foi utilizada a linguagem Python para desenvolvimento do pipeline, que inclui a ferramenta MEME para identificação das regiões conservadas em genomas virais e a matriz BLOSUM para a clusterização das sequências genômicas, empregando 3.000 sequências de genoma completo abrangendo as arboviroses DENV-1, -2, -3, -4, YFV e ZIKV. Essas sequências foram coletadas de dois repositórios, o Genbank e o Bioinformatics and Virus Discovery Resource Center. Resultados: O pipeline identificou regiões conservadas em grandes conjuntos de dados genômicos, com destaque para a eficácia do MEME e da matriz BLOSUM na análise de sequências virais. Para validar os achados, utilizou-se o Immune Epitope Database (IEDB), enriquecendo a compreensão da importância funcional dessas sequências. Os estudos abordaram 2.000 sequências genômicas do DENV no Estudo 1, sendo devidamente agrupadas pelo pipeline em 416 sequências de DENV-1, 431 de DENV-2, 489 de DENV-3 e 370 de DENV-4. No Estudo 2, foram 1.500 sequências genômicas de DENV (396), YFV (171) e ZIKV (310), agrupadas corretamente pela ferramenta. A metodologia, combinada com a programação em Python, permitiu uma análise detalhada das sequências, identificando, inclusive, regiões conservadas nas proteínas NS1, NS3, NS5, PrM e E. Conclusão: A ferramenta desenvolvida apresenta uma alternativa na análise bioinformática de genoma de arbovírus, oferecendo uma metodologia eficiente e simplificada para a identificação de regiões conservadas em genomas virais, o que contribui para o desenvolvimento de estratégias terapêuticas e preventivas.