Navegando por Palavras-chave "Análise filogenética"

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    Acesso aberto (Open Access)
    Estudo da diversidade e dinâmica evolutiva populacional de vírus de RNA emergentes e reemergentes
    (Universidade Federal de São Paulo, 2024-11-29) Nunes, Danilo Rosa [UNIFESP]; Janini, Luiz Mário Ramos [UNIFESP]; Braconi, Carla Torres [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/6342740138292278; http://lattes.cnpq.br/5713863164263481; http://lattes.cnpq.br/6317613339444750
    No século XXI, a emergência e reemergência de doenças infecciosas tem constituído um desafio significativo e crescente para a saúde pública global. A pandemia de COVID-19 e epidemias virais recentes destacaram que a maioria dos agentes patogênicos humanos tem origem zoonótica, em sua maior parte vírus de RNA. Diversas doenças virais emergiram no século XXI, incluindo a Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2). Além deste coronavírus, os arbovírus, vírus vetorados por artrópodes, desempenham um papel crucial nas emergências de saúde pública global, embora negligenciados. Neste contexto, este estudo, teve como objetivo principal caracterizar os padrões evolutivos e mapear mutações sobre pressão de seleção em três modelos virais emergentes que apresentam genoma de RNA fita simples de senso positivo: o Coronavírus SARS-CoV-2, e dois Alphavirus: (ii) o vírus Chikungunya e (iii) o vírus Mayaro. Primeiramente, para o SARS-CoV-2 foram utilizadas aproximadamente 200.000 sequências de Coronavírus humanos e SARS-CoV-2 obtidas de bancos de dados públicos, as quais foram curadas filtradas e agrupadas por região, países e variantes. Nossos resultados demonstraram mutações além de sinais de recombinação, nas variantes de preocupação (VOC) e nas variantes de interesse (VOI) do Brasil, Índia, China, EUA e países da América do Sul. Além disso, foi possível detectar mutações compartilhadas na proteína Spike do SARS-CoV-2 nas diferentes variantes, correlacionando essas mutações com a propagação viral em diferentes países. Os resultados evidenciaram que o SARS-CoV-2 estava sob forte pressão de seleção direcional em um processo de evolução convergente. Por outro lado, as adaptações evolutivas dos Alphavirus CHIKV e MAYV foram caracterizadas através da análise de aproximadamente 637 sequências de genoma completo desses Alphavirus, CHIKV e MAYV, utilizando o software Hyphy para análise de pressão de seleção e BEAST v1.10.4 a fim de caracterizar a dinâmica populacional. Os resultados evidenciaram que os Alphavirus, CHIKV e MAYV, estavam sujeitos a diferentes pressões evolutivas, majoritariamente pressão de seleção purificadora. No entanto, estes resultados permitem sugerir que as diferenças biogeográficas podem ser atribuídas parcialmente às mutações sob pressão de seleção diversificadora, bem como as características de organização genômicas, distintas em ambos os vírus. Enfim, a dinâmica evolutiva do coronavírus SARS-CoV-2 e dos Alphavirus, vírus Chikungunya e vírus Mayaro foi demonstrada e sugere que diferentes padrões de seleção estão agindo sobre os genomas destes vírus. Ademais, nossos resultados contribuíram para elucidar os processos evolutivos, com as possíveis implicações para o desenvolvimento de políticas públicas destes vírus de genoma de RNA polaridade positiva.