Desenvolvimento de um ambiente virtual de bioinformática capaz de analisar sequências do vírus da hepatite C, identificar genótipo, subtipo e mutações associadas à resistência de inibidores de protease.
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Data
2013
Autores
Pereira, Anderson Alvarenga [UNIFESP]
Orientadores
Mello, Isabel Maria Vicente Guedes de Carvalho [UNIFESP]
Tipo
Tese de doutorado
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Resumo
O uso de antivirais de acao direta para o virus da Hepatite C tem mostrado que os Inibidores de Protease sao uma estrategia eficaz para o tratamento de pacientes portadores de virus do genotipo 1. Uma ferramenta de bioInformática capaz de identificar o genotipo, subtipo e mutacoes associadas a resistencia a esta classe de antivirais e de extrema importancia para a melhor administracao destes antivirais e monitoramento dos pacientes que possuem indicacao deste tipo tratamento. Este trabalho tem como objetivo o desenvolvimento de um ambiente virtual de bioInformática, propondo inferir, em larga escala, o genotipo e subtipo viral e se este virus e portador de mutacoes associadas a resistencia de Inibidores de Protease. A identificacao dos genotipos e subtipos e feita atraves de similaridade com um banco de referencia, utilizando a ferramenta BLAST. A busca da presenca de mutacoes associadas com resistencia no genoma viral e feita atraves do alinhamento entre a sequencia a ser analisada com a sequencia de referencia H77 do Virus da Hepatite C. Apresenta-se, ainda um pipeline de submissao de dados com interface amigavel onde e possivel submeter dados binarios (cromatogramas) e textos (fasta). O resultado final e um laudo de resistencia genotipica para os Inibidores de Protease contendo o genotipo e subtipo viral e a presenca ou ausencia de mutacoes associadas com a resistencia aos inibidores de protease e com seus niveis de resistencia determinados
Descrição
Citação
São Paulo: [s.n.], 2013. 78 p.