Isolamento e identificação de micobactérias provenientes de água bruta e sistema de tratamento da Fundação Parque Zoológico de São Paulo

Abstract

A partir do ano 2000 foram descritas 80 novas espécies de micobactérias ambientais representando 48% das espécies do gênero Mycobacterium. Apesar do crescimento exponencial de descrição de novas espécies, estudos revelaram a existência de diversidade neste grupo de bactérias sugerindo a existência de espécies ainda não descritas. Este trabalho teve o objetivo de comparar métodos de descontaminação e cultivo de micobactérias provenientes de amostras de água bruta, água tratada e de efluente, identificar as micobactérias por características fenotípicas (pigmentação e velocidade de crescimento) e moleculares (PRA-hsp65 e sequenciamento de genes essenciais), e assim construir um banco de isolados e de DNA para preservação e estudos futuros. Pode-se demonstrar a importância de testar diferentes métodos de descontaminação para tipos distintos de amostras ambientais. A maior recuperação de micobactérias foi obtida após a descontaminação pelos métodos CPC 0,05% e SDS3%/NaOH1% de acordo com a menor e maior carga microbiana associada a amostra respectivamente. Foi possível isolar 371 micobactérias em 81% das amostras analisadas sendo que a maioria cresceu em 7H10-OADC-PANTA a 30°C e como características fenotípicas apresentaram-se como crescimento rápido e acromógenas. A identificação por PRA-hsp65 foi realizada em 292 isolados (78,7%) e todos geraram perfis de restrição com as enzimas BstEII e HaeIII mas apenas 55 isolados, 18,8%, foram identificados no nível de espécie. Duzentos e trinta e sete isolados (81,2%) apresentaram 159 perfis não descritos quando comparados ao banco de dados PRASITE demonstrando a necessidade de enriquecimento deste banco com perfis obtidos de amostras ambientais para que esta técnica possa ser útil também para identificação de micobactérias provenientes do meio ambiente. Vinte e quatro isolados foram analisados por sequenciamento de três genes essenciais (hsp65, rpoB e 16S rRNA) e os resultados apontaram para a possibilidade de descrição de novas espécies em quatro isolados (MCVA0078, MCVA0079, MCVA0101 e MCVA0102) que apresentaram porcentagem de identidade abaixo do ponto de corte quando comparado às sequências depositadas no banco de dados GenBank para todos os genes analisados.