Epidemiologia molecular e resistência a antimicrobianos de cepas de Salmonella isoladas de amostras clínicas em hospitais de São Paulo
Data
2016-05-31
Autores
Oliveira, Vinicius Gomes de Sales 
Orientadores
Pignatari, Antonio Carlos Campos
Tipo
Tese de doutorado
Título da Revista
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Título de Volume
Resumo
The genus Salmonella is widely distributed in nature and may be easily found in a diverse range of foods. Currently more than 2,600 serotypes are cataloged, among which more than 1,500 belong to enterica species, subspecies enterica, and are considered potentially pathogenic for both man and animal. It is known that major of the Salmonella infections are associated with consumption of contaminated food. Worldwide, it is estimated to occur annually between 200 million and 1.3 billion of intestinal disease events. Regards to bacterial resistance, the rates in both strains isolated from clinical specimens and veterinary origin, has grown considerably. It is believed that there is a direct connection between the resistance profile and phylogeny of the strains involved in clinical and veterinary descriptions. We studied 85 strains of Salmonella spp. of human origin, isolated at three hospitals located in the cities of São Paulo, from 2008 to 2013 by disk diffusion, molecular typing (Ribotyping and Automated Multi Locus Sequence Typing) and survey of resistance genes by methods of Micro-Chip (Check Points®), Conventional Reaction Polymerase Chain (PCR) and sequencing gene. There were 23 different sorovars. The four most prevalent sorovars, in descending order, were Enteritidis (30), Typhimurium / 4, [5], 12: i: - (13), Typhimurium (8) and Muenchen (6) .The most prevalent ribogrups in the four more described sorovars, cited above, were: 259-S-3 in sorovar Enteritidis, 203-S-3 in sorovar Typhimurium 3/4, [5], 12: i: - 361-S-8 in sorovar Typhimurium and 208-S-5 in sorovar Muenchen. The four samples typed by MLST technique showed the following ST's: ST19, ST121, ST11 and ST1921. Resistance to ampicillin was found in 20.25% of the samples and 6.25% for ceftriaxone. The following resistance genes were identified in at least one of the strains: blaCMY-1, blaCMY-2 blaTEM, blaCTX-M-14, blaCTX-M-1 blaSHV, blaGES. The resistance to ciprofloxacin was observed in 6,25% of the samples. There was a similarity in the resistance profile from samples of clinical origin and veterinary source samples, which were previously studied from the Pathogen Reduction Program (PRP) of the Ministry of Agriculture, Livestock and Supply (MAPA). As for the sorovars identified, more was observed in veterinary samples (53) compared to sorovars described in samples of clinical origin (23) with a predominance of sorovar Enteritidis and Typhimuirum. Of the four ST?s identified in samples of clinical origin, ST19 was also described in veterinary samples.
O gênero Salmonella é amplamente distribuído na natureza e pode ser encontrado com facilidade em uma diversa gama de alimentos. Atualmente mais de 2.600 sorotipos estão catalogados, dentre os quais, mais de 1500 pertencem a espécie entérica, subespécie entérica, e são considerados potencialmente patogênicos tanto para o homem como para animais. Sabe-se que a maior parte das infecções por Salmonella está associada ao consumo de alimentos contaminados. A nível mundial, estima-se que ocorram anualmente entre 200 milhões e 1.3 bilhões de eventos de doenças intestinais. No que se refere a resistência bacteriana, as taxas de resistência bacteriana, tanto de cepas isoladas em amostras clínicas e de origem veterinária, tem crescido consideravelmente. Acredita-se que exista uma direta conexão entre o perfil de resistência e a filogenia das cepas envolvidas nas descrições clínicas e veterinárias. Material e Métodos: Foram estudadas 85 cepas de Salmonella spp. de origem humana, isoladas de três hospitais situados na cidades de São Paulo, no período de 2008 a 2013, através de disco-difusão, tipagem molecular (Ribotipagem Automatizada e Multi Locus Sequence Typing) e identificação de genes de resistência pelos métodos de Micro-Chip (Check Points®), Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) convencional e Sequenciamento gênico. Resultados: Foram identificados 23 sorotipos diferentes. Os quatro sorotipos mais prevalentes, em ordem decrescente, foram : Enteritidis (30), Typhimurium/4,[5], 12: i: - (13), Typhimurium (8) e Muenchen (6).Os ribogrupos mais prevalentes nos quatro sorotipos mais descritos, citados acima, foram: 259-S-3 no sorotipo Enteritidis, 203-S-3 no sorotipo Typhimurium/4,[5], 12: i: -, 361-S-8 no sorotipo Typhimurium e 208-S-5 no sorotipo Muenchen. As quatro amostras tipadas pela técnica de MLST apresentaram os seguintes ST?s: ST19, ST121, ST11 e ST1921 Resistência a ampicilina foi evidenciada em 20,25% das amostras e em 6,25% para ceftriaxone. Foram identificados os seguintes genes de resistência, em pelo menos uma das cepas testadas: blaCMY-1, blaCMY-2, blaTEM, blaCTX-M-14, blaCTX-M-1, blaSHV, blaGES A resistência a ciprofloxacina foi observada em 6,25% das amostras sendo 4 positivas para qnrB. Conclusão: Observou-se semelhança no perfil de resistência entre amostras de origem clínica e amostras de origem veterinárias, as quais foram estudadas previamente provenientes do Programa de Redução de Patógenos (PRP) do Ministério da Agricultura, Pecuário e Abastecimento (MAPA). Quanto aos sorotipos identificados, um número maior foi observado na amostras veterinárias (53), em comparação aos sorotipos descritos nas amostras de origem clínica (23) com predomínio dos sorotipos Enteritidis e Typhimuirum em ambas. Dos quatro MLSTs identificados nas amostras de origem clínica, o ST19 também foi descrito nas amostras veterinárias.
O gênero Salmonella é amplamente distribuído na natureza e pode ser encontrado com facilidade em uma diversa gama de alimentos. Atualmente mais de 2.600 sorotipos estão catalogados, dentre os quais, mais de 1500 pertencem a espécie entérica, subespécie entérica, e são considerados potencialmente patogênicos tanto para o homem como para animais. Sabe-se que a maior parte das infecções por Salmonella está associada ao consumo de alimentos contaminados. A nível mundial, estima-se que ocorram anualmente entre 200 milhões e 1.3 bilhões de eventos de doenças intestinais. No que se refere a resistência bacteriana, as taxas de resistência bacteriana, tanto de cepas isoladas em amostras clínicas e de origem veterinária, tem crescido consideravelmente. Acredita-se que exista uma direta conexão entre o perfil de resistência e a filogenia das cepas envolvidas nas descrições clínicas e veterinárias. Material e Métodos: Foram estudadas 85 cepas de Salmonella spp. de origem humana, isoladas de três hospitais situados na cidades de São Paulo, no período de 2008 a 2013, através de disco-difusão, tipagem molecular (Ribotipagem Automatizada e Multi Locus Sequence Typing) e identificação de genes de resistência pelos métodos de Micro-Chip (Check Points®), Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) convencional e Sequenciamento gênico. Resultados: Foram identificados 23 sorotipos diferentes. Os quatro sorotipos mais prevalentes, em ordem decrescente, foram : Enteritidis (30), Typhimurium/4,[5], 12: i: - (13), Typhimurium (8) e Muenchen (6).Os ribogrupos mais prevalentes nos quatro sorotipos mais descritos, citados acima, foram: 259-S-3 no sorotipo Enteritidis, 203-S-3 no sorotipo Typhimurium/4,[5], 12: i: -, 361-S-8 no sorotipo Typhimurium e 208-S-5 no sorotipo Muenchen. As quatro amostras tipadas pela técnica de MLST apresentaram os seguintes ST?s: ST19, ST121, ST11 e ST1921 Resistência a ampicilina foi evidenciada em 20,25% das amostras e em 6,25% para ceftriaxone. Foram identificados os seguintes genes de resistência, em pelo menos uma das cepas testadas: blaCMY-1, blaCMY-2, blaTEM, blaCTX-M-14, blaCTX-M-1, blaSHV, blaGES A resistência a ciprofloxacina foi observada em 6,25% das amostras sendo 4 positivas para qnrB. Conclusão: Observou-se semelhança no perfil de resistência entre amostras de origem clínica e amostras de origem veterinárias, as quais foram estudadas previamente provenientes do Programa de Redução de Patógenos (PRP) do Ministério da Agricultura, Pecuário e Abastecimento (MAPA). Quanto aos sorotipos identificados, um número maior foi observado na amostras veterinárias (53), em comparação aos sorotipos descritos nas amostras de origem clínica (23) com predomínio dos sorotipos Enteritidis e Typhimuirum em ambas. Dos quatro MLSTs identificados nas amostras de origem clínica, o ST19 também foi descrito nas amostras veterinárias.
Descrição
Citação
OLIVEIRA, Vinicius Gomes de Sales. Epidemiologia molecular e resistência a antimicrobianos de cepas de Salmonella isoladas de amostras clínicas em hospitais de São Paulo. 2016. 118 f. Tese (Doutorado em Medicina Translacional) - Escola Paulista de Medicina, Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), São Paulo, 2016.