Análise por sequenciamento paralelo maciço da resistência aos antirretrovirais em pacientes infectados pelo HIV-1 em terapia de resgate
| dc.contributor.advisor | Komninakis, Shirley Vasconcelos [UNIFESP] | |
| dc.contributor.advisorLattes | Lattes http://lattes.cnpq.br/6529080329230878 | |
| dc.contributor.author | Castro, Daniela Funayama de [UNIFESP] | |
| dc.contributor.authorLattes | http://lattes.cnpq.br/8695544517472892 | |
| dc.contributor.institution | Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP) | pt_BR |
| dc.coverage.spatial | São Paulo | |
| dc.date.accessioned | 2019-06-19T14:58:18Z | |
| dc.date.available | 2019-06-19T14:58:18Z | |
| dc.date.issued | 2017-06-21 | |
| dc.description.abstract | Antiretroviral Therapy (ART) has improved the quality and life expectancy of HIV-1 infected individuals, reducing both mortality and morbidity. However, along with ART there was the emergence of resistant viral populations selected by the selective pressure of the drugs. These viral populations may lead the patient to virological failure. Although the success rates of ART are high, patients with virologic failure usually require changes in their antiretroviral regimens, which is called a "rescue therapy". Objectives: 1 - Analyze resistance mutations in samples of patients who failed ART and using rescue antiretrovirals: Darunavir, Etravirine and / or Raltegravir; 2 - Compare the mutational profile obtained by the Massive Parallel Sequencing with the one identified by conventional sequencing - Sanger's method. METHODS: Twenty-eight samples with HIV genotyping results with virological failure of antiretroviral drugs were selected between March 2014 and May 2015. The selected samples were from patients with failed ART and one or more antiretroviral drugs from this study. For the analysis of the samples the Massive Parallel Sequencing was done. Results: The most prevalent mutation among all analyzed was I84V in the protease (39.1%). Among the mutations that reduced susceptibility to Darunavir, after I84V, the most common was L33F, accounting for 26%. In mutations that confer reduced susceptibility to Etravirine, mutations K101P, Y181I and Y181V were identified, representing a frequency of 4.3% each. With regard to Raltegravir, a frequency above 21% of the N155H mutation was observed, which gives a significant reduction in the susceptibility to this drug. Mutations with minority prevalence and TAMs M41L, D67N, K70R, L210W, T215F, T215Y and K219Q were also identified. Conclusion: Minority resistance mutations are not currently identified by the method used in clinical practice, such as population sequencing (Sanger's method), whose detection limit is higher than 20-30%. Massive Parallel Sequencing makes it possible to identify mutations with frequency up to 1%. The analysis of minority mutations could, in some situations, help in the choice of a more adequate antiretroviral.The analysis of minority mutations could, in some situations, help in the choice of a more adequate antiretroviral. | en |
| dc.description.abstract | A Terapia Antirretroviral (TARV) melhorou a qualidade e a expectativa de vida dos indivíduos infectados pelo HIV-1, reduzindo tanto a mortalidade quanto a morbidade. Porém, junto com a TARV houve a emergência de populações virais resistentes selecionadas pela pressão seletiva dos medicamentos. Essas populações virais podem levar o paciente à falha virológica. Embora as taxas de sucesso da TARV sejam elevadas, pacientes em falha virológica normalmente necessitam de alterações em seus esquemas antirretrovirais, sendo este tratamento denominado “terapia de resgate”. Objetivos: 1- Analisar mutações de resistência em amostras de pacientes em falha à TARV e em uso dos antirretrovirais de resgate: Darunavir, Etravirina e/ou Raltegravir; 2- Comparar o perfil mutacional obtido pelo Sequenciamento Paralelo Maciço com o identificado pelo sequenciamento convencional - método de Sanger. Metodologia: Foram selecionadas 28 amostras com resultados de genotipagem do HIV com falha virológica aos medicamentos antirretrovirais entre março de 2014 e maio de 2015. As amostras selecionadas foram de pacientes com falha à TARV e em uso de um ou mais antirretroviral de resgate deste estudo. Para a análise das amostras foi feito o Sequenciamento Paralelo Maciço. Resultados: A mutação mais prevalente entre todas as analisadas foi a I84V na protease (39,1%). Entre as mutações que reduzem a suscetibilidade ao Darunavir, depois da I84V, a mais frequente foi a L33F, representando 26%. Nas mutações que conferem redução de suscetibilidade à Etravirina, foram identificadas as mutações K101P, Y181I e Y181V, representando uma frequência de 4,3% cada uma delas. Com relação ao Raltegravir foi observada uma frequência acima de 21% da mutação N155H, a qual confere uma importante redução na suscetibilidade a este medicamento. Também foram identificadas mutações com prevalências minoritárias e as TAMs M41L, D67N, K70R, L210W, T215F, T215Y e K219Q. Conclusão: Atualmente as mutações de resistência minoritárias não são identificadas pelo método empregado na prática clínica, como o sequenciamento populacional (método de Sanger), cujo limite de detecção é superior a 20-30%. O Sequenciamento Paralelo Maciço possibilita identificar mutações com frequência de até 1%. A análise de mutações minoritárias poderia, em algumas situações, auxiliar na escolha de um antirretroviral mais adequado. | pt_BR |
| dc.description.source | Dados abertos - Sucupira - Teses e dissertações (2017) | |
| dc.description.sponsorship | Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) | |
| dc.description.sponsorship | Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) | |
| dc.description.sponsorshipID | FAPESP: 2012/21577-1 | |
| dc.description.sponsorshipID | CNPq: 142476/2013-7 | |
| dc.format.extent | 82 f. | |
| dc.identifier | https://sucupira.capes.gov.br/sucupira/public/consultas/coleta/trabalhoConclusao/viewTrabalhoConclusao.jsf?popup=true&id_trabalho=5018763 | pt_BR |
| dc.identifier.uri | http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/50711 | |
| dc.language.iso | por | |
| dc.publisher | Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP) | |
| dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess | |
| dc.subject | HIV | en |
| dc.subject | Sequencing | en |
| dc.subject | Mutations | en |
| dc.subject | Anti-retroviral agents | en |
| dc.subject | HIV | pt_BR |
| dc.subject | Sequenciamento | pt_BR |
| dc.subject | Mutações | pt_BR |
| dc.subject | Antirretrovirais | pt_BR |
| dc.title | Análise por sequenciamento paralelo maciço da resistência aos antirretrovirais em pacientes infectados pelo HIV-1 em terapia de resgate | pt_BR |
| dc.type | info:eu-repo/semantics/doctoralThesis | |
| unifesp.campus | Escola Paulista de Medicina (EPM) | pt_BR |
| unifesp.graduateProgram | Infectologia | pt_BR |
| unifesp.knowledgeArea | Estratégias Terapêuticas e Profiláticas em Doenças Infecciosas | pt_BR |
| unifesp.researchArea | Avaliação de Estratégias Profiláticas e Terapêuticas em Doenças Infecciosas | pt_BR |
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