Genotipagem de pacientes com retinose pigmentar utilizando sequenciamento de nova geração
Data
2016-07-26
Autores
Costa, Karita Antunes 
Orientadores
Sallum, Juliana Maria Ferraz Sallum
Tipo
Tese de doutorado
Título da Revista
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Resumo
Retinitis pigmentosa is a group of diseases characterized clinically by loss of peripheral visual field, and night blindness can be caused by mutations in several genes. Purpose: Determine, for each of the 16 patients, the molecular basis of RP by the analysis of 132 genes related dystrophies Retina. Methods: 16 patients with the clinical diagnosis of retinitis pigmentosa, which could have an autosomal dominant cause, were included. DNA was extracted from peripheral blood. Specific primers were designed to be used in NGS Illumina platform. Sequencing was performed according to the Illumina protocol. The NGS strategy was to identify mutations. genomic variations were analyzed by predictions programs and databases such as the National Center for Biotechnology Information (NCBI) Gene Cards, Human Gene Mutation Data (HGMD) Mutation Taster and Polyphen 2. Results: Nine patients had positive or probably positive. The term "probably positive" have been used when the change is predicted as pathogenic, but there are no reports in the literature consulted. Six patients had inconclusive results and a negative result. Information on the variations were analyzed in different databases. Conclusion: NGS was an effective tool for molecular genotyping of individuals with diseases of high genetic heterogeneity as Retinitis Pigmentosa.
Retinose pigmentar é um grupo de doenças caracterizadas clinicamente por perda de campo visual periférico, cegueira noturna e pode ser causada por mutações em vários genes. Objetivo: Determinar, para cada um dos 16 pacientes, a base molecular da RP pela análise de 132 genes relacionados à Distrofias de Retina. Métodos: 16 pacientes com o diagnóstico clínico de Retinose Pigmentar, que poderia ter causa autossômica dominante, foram incluídos. O DNA foi extraído do sangue periférico. Primers específicos foram desenhados para serem usados no NGS da plataforma Illumina. O sequenciamento foi realizado de acordo com o protocolo da Illumina. A estratégia NGS foi aplicada para identificar as mutações. Variações genômicas foram analisada por programas de predições e bancos de dados como o National Center for Biotechnology Information (NCBI), Gene Cards, Human Gene Mutation Data (HGMD), Mutation Taster e Polyphen 2. Resultados: Nove pacientes tiveram resultados positivos ou provavelmente positivos. O termo "provavelmente positivo" foi utilizado quando a variação é predita como patogênica, mas não há relatos nas literaturas consultadas. Seis pacientes obtiveram resultados inconclusivos e um resultado negativo. As informações sobre as variações foram analisadas em diferentes bancos de dados. Conclusão: NGS foi uma ferramenta molecular eficiente para genotipagem de indivíduos com doenças de heterogeneidade genética elevada como a Retinose Pigmentar.
Retinose pigmentar é um grupo de doenças caracterizadas clinicamente por perda de campo visual periférico, cegueira noturna e pode ser causada por mutações em vários genes. Objetivo: Determinar, para cada um dos 16 pacientes, a base molecular da RP pela análise de 132 genes relacionados à Distrofias de Retina. Métodos: 16 pacientes com o diagnóstico clínico de Retinose Pigmentar, que poderia ter causa autossômica dominante, foram incluídos. O DNA foi extraído do sangue periférico. Primers específicos foram desenhados para serem usados no NGS da plataforma Illumina. O sequenciamento foi realizado de acordo com o protocolo da Illumina. A estratégia NGS foi aplicada para identificar as mutações. Variações genômicas foram analisada por programas de predições e bancos de dados como o National Center for Biotechnology Information (NCBI), Gene Cards, Human Gene Mutation Data (HGMD), Mutation Taster e Polyphen 2. Resultados: Nove pacientes tiveram resultados positivos ou provavelmente positivos. O termo "provavelmente positivo" foi utilizado quando a variação é predita como patogênica, mas não há relatos nas literaturas consultadas. Seis pacientes obtiveram resultados inconclusivos e um resultado negativo. As informações sobre as variações foram analisadas em diferentes bancos de dados. Conclusão: NGS foi uma ferramenta molecular eficiente para genotipagem de indivíduos com doenças de heterogeneidade genética elevada como a Retinose Pigmentar.
Descrição
Citação
COSTA, Karita Antunes. Genotipagem de pacientes com retinose pigmentar utilizando sequenciamento de nova geração. 2016. 128 f. Tese (Doutorado em Oftalmologia e Ciências Visuais) - Escola Paulista de Medicina, Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), São Paulo, 2016.