Sequenciamento do genoma completo do vírus Chikungunya e identificação de Arbovírus no estado do Tocantins

Abstract

Objetivo: Avaliar a diversidade genética e distribuição do CHIKV, a presença de diferentes arbovírus e o impacto das modificações ambientais na circulação das arboviroses no Estado do Tocantins. Metodologia: O estudo foi dividido em duas partes: 1- análise transversal observacional, onde do total de 405 amostras de soro coletadas, 102 foram enviadas para o Laboratório de Retrovirologia da UNIFESP para realização de análises moleculares (RT-qPCR e NGS) e evolutivas (reconstrução filogenética e inferência Bayesiana); 2- estudo observacional ecológico e epidemiológico, onde foram utilizados dados ambientais e de infecções pelos vírus da Dengue, Chikungunya e Zika ocorridas em Tocantins entre os anos 2010-2019 para mostrar o impacto das modificações ambientais na circulação desses arbovírus. Resultados: Das 102 amostras totais, 52 foram positivas para CHIKV, 28 para DENV1 e 22 para DENV-2. Além disso, obtivemos achados importantes como cinco coinfecções entre CHIKV/DENV-2 e seis coinfecções MAYV/CHIKV. Das 52 amostras positivas para CHIKV foram sequenciados 21 genomas completos e 19 genomas parciais. A reconstrução filogenética revelou um clado monofilético das sequencias do CHIKV com as do genótipo ESCA. A inferência Bayesiana mostrou que a introdução do CHIKV no Tocantins veio do Estado da Bahia e a data do ancestral comum mais recente (tMCRA) do clado monofilético foi Dezembro de 2015. Com relação ao impacto das modificações ambientais as análises mostraram que a ocorrência de El Niño, desmatamento no Cerrado e temperatura máxima tiveram relação com a circulação do ZIKV entre 2014/2016. Além disso, o El Niño seguido de La Niña, o aumento gradual da precipitação e da temperatura máxima observada entre 2015/2017 contribuíram para o aumento das infecções pelo CHIKV. Para DENV, notamos que o La Niña e a precipitação impactaram na circulação do vírus entre 20102012 e que o El Niño contribuiu para o surto de 2019. Conclusão: A triagem molecular foi eficaz na identificação e confirmação de monoinfecções pelo vírus Chikungunya e coinfecções com os vírus da dengue e mayaro. As relações evolutivas evidenciaram que o vírus que circulou no estado em 2017 causando o surto já circulava anteriormente no Brasil. As modificações ambientais apresentaram impacto na circulação do DENV, CHIKV e ZIKV em Tocantins entre 2010-2019.