Análises genômicas de isolados clínicos de neisseria gonorrhoeae resistentes a ciprofloxacino

Abstract

Objetivos: Este estudo teve como objetivo caracterizar geneticamente os isolados clínicos de Neisseria gonorrhoeae resistentes a ciprofloxacino coletados entre os anos de 2003 e 2015. Metodologia: Os isolados de N. gonorrhoeae foram recuperados do Centro de Referência de Tratamento de Doenças Sexualmente Transmissíveis - AIDS (CRT- AIDS) localizado na região metropolitana da cidade de São Paulo. Ao todo foram sequenciados 13 genomas de N. gonorrhoeae. O sequenciamento completo do genoma (WGS) foi realizado na plataforma Illumina MiSeq 2500 2 x 300 bp pairedend. As análises de bioinformática foram realizadas utilizando as plataformas CGE, PATRIC e BLAST. Os plasmídeos foram montados utilizando os programas Newbler versão 3.0 e Spades 3.13.0. Resultados: A análise de Multilocus Sequence Typing (MLST) identificou sete STs, ST1580, ST1590, ST1901, ST1902, ST8161, ST9363 e ST15640. O NG-STAR ST90 foi observado em dois isolados resistentes a ciprofloxacino. Além disso, uma diversidade de mutações foi observada em MtrR/G45D-A39T, PIB/G120K-A121S e PBP1/L421P. Mutações em genes que codificam a resistência às sulfonamidas (DHPS/R228S) também foram detectadas, bem como determinantes de resistência à tetraciclina, RpsJ/V57M e TetM. Adicionalmente, foi possível observar a presença de três plasmídeos distintos entre os isolados, os plasmídeos crípticos, plasmídeos conjugativos e plasmídeos BlaTEM. Conclusão: Os resultados aqui apresentados contribuem para o entendimento da resistência aos antimicrobianos em N. gonorrhoeae e corroboram a importância dos estudos de vigilância para monitorar a evolução e o surgimento de isolados multirresistentes.

Objectives: This study aims to genetically characterize ciprofloxacin resistant Neisseria gonorrhoeae isolated during a 12-year period (2003-2015). Metodology: Gonococci isolates were recovered from the Centro de Referência e Tramento de Doenças Sexualmente Transmissíveis (CRT-IDAS), located in the metropolitam region of the city of São Paulo. Thirteen N. gonorrhoeae genomes were sequenced in the study. The WGS was performed using Illumina MiSeq 2500 2x300 pb paired-end - platform. Bioinformatics analyzes were performed using CGE, PATRIC and BLAST plataforms. Plasmids were assembled using the programs Newbler version 3.0 and Spades version 3.13.0. Results: Multilocus Sequencng Typing (MLST) analysis identified seven STs, ST1580, ST1590, ST1901, ST1902, ST8161, ST9363, and ST15640. NG-STAR ST90 was observed in two ciprofloxacin-resistant isolates. In addition, distinct mutations were observed MtrR / G45D-A39T, PIB/G120K-A121S and PBP1/ L421P. Sulfonamide resitance-associated mutation (DHPS/R228S) were also detected, as well as tetracycline resistance determinants, RpsJ/V57M and TetM. Additionally, the presence of three different plasmids were detected in the isolates: the cryptic, conjugative and BlaTEM plasmids. Conclusion: Our results contributed to the understanding of the N. gonorrhoeae epidemiology in São Paulo city and emphasize the the importance of continuous surveillance to monitor the evolution, emergence and spread of resistant Neisseria gonorrohoeae isolates.