Identificação e caracterização in silico de retrotransposons Ty3-Gypsy no genoma de Porphyra umbilicalis (Bangiales, Rhodophyta)

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Data
2019-11-21
Autores
Oliveira, Renan da Silva de [UNIFESP]
Orientadores
Milstein, Daniela [UNIFESP]
Tipo
Trabalho de conclusão de curso de graduação
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Resumo
Introdução: Desde que descobertos por Barbara McClintock, em milhos, os elementos de transposição têm sido amplamente estudados em animais, fungos e plantas. No entanto, poucos trabalhos com objetivo de identificar e classificar esses elementos em algas têm sido realizados. Deste modo, o objetivo deste estudo foi realizar uma análise in silico da diversidade de retrotransposons da superfamília Ty3-Gypsy na macroalga Porphyra umbilicalis. Resultados: Foram caracterizados pela primeira vez os LTR-RTs da superfamília Ty3-Gypsy no genoma de uma macroalga vermelha. Utilizando dados genômicos disponíveis publicamente, foi possível obter uma visão inicial da diversidade filogenética e estrutural desses elementos em Bangiales., Foram identificadas 10 novas famílias de cromovírus distribuídas em 6 novos clados. Conclusões: Este estudo estabelece duas importantes questões ou hipóteses conclusões gerais. Primeiro, a espécie P. umbilicalis possui 10 novas familias que foram descritas e compreendem diversos elementos diferentes de retrotransposons Ty3-Gypsy. Uma segunda hipótese importante deste estudo é que, assumindo que a transmissão horizontal de cromovírus tenha sido muito pouco frequente, a origem de pelo menos um clado de retrotransposons Ty3-Gypsy de P. umbilicalis pode ter sido anterior a divisão de Rhodophyta e plantas verdes.
Descrição
Citação
OLIVEIRA, Renan da Silva de. Identificação e caracterização in silico de retrotransposons Ty3-Gypsy no genoma de Porphyra umbilicalis (Bangiales, Rhodophyta). 2019. 17f. Trabalho de conclusão de curso de graduação (Bacharelado Interdisciplinar em Ciência e Tecnologia do Mar) - Instituto do Mar, Universidade Federal de São Paulo, Santos, 2019.