Diversidade de micobactérias de ambientes aquáticos e seu potencial biotecnológico
Data
2017-07-05
Autores
Romagnoli, Camila Lopes 
Orientadores
Niero, Cristina Viana
Tipo
Dissertação de mestrado
Título da Revista
ISSN da Revista
Título de Volume
Resumo
Non-tuberculous mycobacteria (NTM) are found in many natural and human-influenced environments. Most species are saprophytic, but some are considered opportunistic pathogens because they can cause infections in humans and animals. Some years ago, NTMs were noticeable in studies in the biotechnology area due to the description of isolates that metabolize toxic pollutants. Currently, the genus has 185 species, of which 94 (56.2%) have been described since 2000. Isolation and identification works report difficulties in the identification of environmental mycobacterial isolates, demonstrating the diversity of the genus and suggesting the existence of species not described yet. Within this context, this project aimed to identify 382 mycobacterial isolates from aquatic environments located at the Zoological Park Foundation of São Paulo. All isolates had a 401bp fragment of the hsp65 gene sequenced for identification and / or initial grouping. Isolates not identified by this target had the V region of the rpoB gene and the complete 16S rRNA gene sequenced. As a result, 177 (46%) isolates were identified and distributed in 18 species, being M. insubricum, M. gordonae and M. chelonae were the most prevalent species. Among the 205 unidentified isolates, 114 (30%) were grouped into complexes, being 73 belonging to the M. terrae complex, 37 to the M. fortuitum complex, two to the M. avium complex and two to the M. simiae complex. Still, 91 isolates (24%) were not identified. These results confirm the diversity of MNT isolates from environmental samples and reinforce the suggestion about the existence of new species belonging to the genus Mycobacterium. Among the isolates, we identified groups with biotechnological potential for degradation of pectin and starch, in addition to species not yet reported in the aquatic environment. The analysis of the collection sites revealed the tendency to find greater abundance and diversity of species in eutrophic environments, in comparison to the non-eutrophic ones. Thus our results contribute to the knowledge about the abundance and biodiversity of mycobacteria in the aquatic environments analyzed and point to the existence of isolates with biotechnological potential, areas of research where there is still little knowledge regarding the performance of environmental mycobacteria
Micobactérias não tuberculosas (MNT) são encontradas em diversos ambientes naturais e influenciados por humanos. A maioria das espécies é saprofítica, mas algumas são consideradas patógenos oportunistas, pois podem causar infecções em humanos e animais. Há alguns anos, as MNT destacaram-se em estudos na área biotecnológica devido à descrição de isolados que metabolizam poluentes tóxicos. Atualmente o gênero possui 185 espécies, sendo que 104 (56,2%) foram descritas a partir do ano 2000. A maioria dos trabalhos de isolamento e identificação relata dificuldades na identificação dos isolados, demonstrando a diversidade do gênero e sugerindo a existência de espécies ainda não descritas. Dentro deste contexto, este projeto visou identificar 382 isolados micobacterianos provenientes de ambientes aquáticos, localizados na Fundação Parque Zoológico de São Paulo. Todos os isolados tiveram um fragmento de 401pb do gene hsp65 sequenciado para identificação e/ ou agrupamento inicial. Os isolados não identificados por este alvo tiveram a região V do gene rpoB e o gene 16S rRNA completo sequenciados. Como resultado, 177 (46%) isolados foram identificados e distribuídos em 18 espécies, sendo M. insubricum, M. gordonae e M. chelonae as mais prevalentes. Entre os 205 isolados não identificados, 114 (30%) foram agrupados em complexos, sendo 73 pertencentes ao complexo M. terrae, 37 ao complexo M. fortuitum, dois ao complexo M. avium e dois ao complexo M. simiae. Ainda, 91 isolados (24%) não foram identificados. Estes resultados confirmam a diversidade de isolados de MNT provenientes de amostras ambientais e reforçam a sugestão acerca da existência de novas espécies pertencentes ao gênero Mycobacterium. Entre os isolados, identificamos grupos com potencial biotecnológico para degradação de pectina e amido, além de espécies ainda não relatadas em ambiente aquático. A análise dos locais de coleta revelou a tendência de se encontrar maior abundância e diversidade de espécies em ambientes eutrofizados, em comparação aos não eutrofizados. Assim nossos resultados contribuem para o conhecimento sobre da abundância e biodiversidade de micobactérias nos ambientes aquáticos analisados e apontam para a existência de isolados com potencial biotecnológico, áreas de pesquisa onde ainda se tem pouco conhecimento em relação à atuação de micobactérias ambientais.
Micobactérias não tuberculosas (MNT) são encontradas em diversos ambientes naturais e influenciados por humanos. A maioria das espécies é saprofítica, mas algumas são consideradas patógenos oportunistas, pois podem causar infecções em humanos e animais. Há alguns anos, as MNT destacaram-se em estudos na área biotecnológica devido à descrição de isolados que metabolizam poluentes tóxicos. Atualmente o gênero possui 185 espécies, sendo que 104 (56,2%) foram descritas a partir do ano 2000. A maioria dos trabalhos de isolamento e identificação relata dificuldades na identificação dos isolados, demonstrando a diversidade do gênero e sugerindo a existência de espécies ainda não descritas. Dentro deste contexto, este projeto visou identificar 382 isolados micobacterianos provenientes de ambientes aquáticos, localizados na Fundação Parque Zoológico de São Paulo. Todos os isolados tiveram um fragmento de 401pb do gene hsp65 sequenciado para identificação e/ ou agrupamento inicial. Os isolados não identificados por este alvo tiveram a região V do gene rpoB e o gene 16S rRNA completo sequenciados. Como resultado, 177 (46%) isolados foram identificados e distribuídos em 18 espécies, sendo M. insubricum, M. gordonae e M. chelonae as mais prevalentes. Entre os 205 isolados não identificados, 114 (30%) foram agrupados em complexos, sendo 73 pertencentes ao complexo M. terrae, 37 ao complexo M. fortuitum, dois ao complexo M. avium e dois ao complexo M. simiae. Ainda, 91 isolados (24%) não foram identificados. Estes resultados confirmam a diversidade de isolados de MNT provenientes de amostras ambientais e reforçam a sugestão acerca da existência de novas espécies pertencentes ao gênero Mycobacterium. Entre os isolados, identificamos grupos com potencial biotecnológico para degradação de pectina e amido, além de espécies ainda não relatadas em ambiente aquático. A análise dos locais de coleta revelou a tendência de se encontrar maior abundância e diversidade de espécies em ambientes eutrofizados, em comparação aos não eutrofizados. Assim nossos resultados contribuem para o conhecimento sobre da abundância e biodiversidade de micobactérias nos ambientes aquáticos analisados e apontam para a existência de isolados com potencial biotecnológico, áreas de pesquisa onde ainda se tem pouco conhecimento em relação à atuação de micobactérias ambientais.