Padronização do teste de arranjos de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPa) para a detecção de anormalidades genético-moleculares em leucemia mieloide aguda e síndromes mielodisplásicas
Data
2014-09-26
Autores
Noronha, Thiago Rodrigo de 
Orientadores
Chauffaille, Maria de Lourdes Lopes Ferrari Chauffaille
Tipo
Dissertação de mestrado
Título da Revista
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Resumo
Introduction: Single nucleotide polymorphism array (SNPa) is a type of DNA microarray which is used to detect polymorphisms within a population. SNP is a variation of a single nucleotide in a DNA sequence, and is the most frequent type of variation in the genome. Millions of SNPs have been identified and a map of SNPs can be used as an excellent genotypic marker for research. SNPa has been widely used in cancer genetics due to its great performance in providing information of copy number variation (CNV) and copy neutral loss of heterozygosity (CN-LOH). In Onco-hematology, AML/MDS provide an interesting model for investigation of new molecular changes by SNPa with implications for pathogeneses of diseases. This is evidenced by the lack of cytogenetic abnormalities in cases of AML/MDS and general lack of molecular assays that can be used to detect such abnormalities. Objectives: The objectives of this study were to standardize the SNPa method in AML and MDS, and to establish the similarities and differences between SNPa and karyotype. Materials and Methods: 25 patients diagnosed with AML (n=22) and MDS (n = 3) were studied. The G-banding karyotype according to usual method and SNPa (Cytoscan HD - Affymetrix) were performed using DNA extracted from mononuclear cells from bone marrow (BM) and from buccal cells (BC). Results: The mean age of the patients studied was 54 years old, and the median age, 55 years (range from 28 – 93). 12 (48%) were male and 13 (52%) female. 10 patients showed abnormal karyotype (40,0%), 11 normal (44,0%) and 4 had no mitosis (16,0%). Regarding the BM SNPa: 17 were abnormal (68.0%) and 8 were normal (32.0%). Comparing the karyotype with SNPa from the 25 cases, by karyotype was possible to detect a total of 17 alterations (deletions/loss: 8, trissomy/gain: 7 and translocation: 2) and by SNPa a total of 42 alterations (loss: 17, gain: 16 and CN-LOH: 9). Conclusion: It was possible to standardize SNPa in AML/MDS and compare it with the abnormalities detected by karyotype. SNPa increased the detection rate of abnormalities compared to the karyotype. It was possible to confirm that it is a reliable and sensitive instrument for detecting submicroscopic and CN-LOH changes. SNPa also offered a new set of abnormalities that deserve to be further investigated in future studies.
Introdução: Os arranjos de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPa) são um tipo de microarranjos de DNA usados para detectar polimorfismos dentro de uma população. SNP é a variação de um único nucleotídeo em uma sequência de DNA e, é o mais frequente tipo de variação no genoma. Milhões de SNPs já foram identificados e um mapa de SNPs serve como marcador genotípico para pesquisa. O SNPa tem sido amplamente utilizado na genética do câncer devido à sensibilidade de detecção de cópia neutra de perda de heterozigose (CN-LOH) e variação no número de cópias (CNV). Entre as neoplasias hematológicas, as LMA e SMD são modelos interessantes para a investigação por SNPa de novas alterações moleculares com implicações para a patogênese dessas doenças. A falta de anomalias citogenéticas em parte dos casos de LMA e de SMD e a dificuldade geral de testes moleculares que podem ser usados para detectar tais anomalias. Objetivos: Os objetivos deste estudo foram: padronizar a técnica de SNPa e, estabelecer as similaridades e diferenças entre seus resultados e os do cariótipo. Materiais e métodos: Foram estudados 25 pacientes diagnosticados com LMA (n=22) e SMD (n=3). O cariótipo por banda G foi realizado de forma habitual e o SNPa (Cytoscan HD - Affymetrix) foi realizado a partir do DNA extraído de células mononucleares de medula óssea (MO) e células bucais (CB). Resultados: A média de idade dos pacientes foi de 54 anos e a mediana 55 anos, variando de 28 a 93 anos. 12 (48%) eram do gênero masculino e 13 (52%) feminino. Comparando o cariótipo com SNPa, dos 25 casos: 10 apresentaram cariótipo alterado (40,0%), 11 normal (44,0%) e 4 sem metáfases (16,0%). Em relação ao SNPa da MO: 17 apresentaram SNPa com alteração (68,0%) e 8 sem alterações (32,0%). Foi possível detectar um total de 17 alterações pelo cariótipo (deleção/perdas: 8, trissomia/ganhos: 7 e translocações: 2) e pelo SNPa um total de 42 alterações (perdas: 17, Ganhos: 16 e CN-LOH: 9) Conclusão: Foi possível padronizar a técnica de SNPa na LMA/SMD e compará-la com as anomalias observadas pelo cariótipo. O SNPa permitiu ampliar a detecção de alterações em relação ao cariótipo. Foi possível confirmar que se trata de ferramenta confiável e sensível para detecção de alterações submicroscópicas e CN-LOH. O SNPa também ofereceu um novo conjunto de anomalias que merecem ser posteriormente investigadas em novos estudos.
Introdução: Os arranjos de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPa) são um tipo de microarranjos de DNA usados para detectar polimorfismos dentro de uma população. SNP é a variação de um único nucleotídeo em uma sequência de DNA e, é o mais frequente tipo de variação no genoma. Milhões de SNPs já foram identificados e um mapa de SNPs serve como marcador genotípico para pesquisa. O SNPa tem sido amplamente utilizado na genética do câncer devido à sensibilidade de detecção de cópia neutra de perda de heterozigose (CN-LOH) e variação no número de cópias (CNV). Entre as neoplasias hematológicas, as LMA e SMD são modelos interessantes para a investigação por SNPa de novas alterações moleculares com implicações para a patogênese dessas doenças. A falta de anomalias citogenéticas em parte dos casos de LMA e de SMD e a dificuldade geral de testes moleculares que podem ser usados para detectar tais anomalias. Objetivos: Os objetivos deste estudo foram: padronizar a técnica de SNPa e, estabelecer as similaridades e diferenças entre seus resultados e os do cariótipo. Materiais e métodos: Foram estudados 25 pacientes diagnosticados com LMA (n=22) e SMD (n=3). O cariótipo por banda G foi realizado de forma habitual e o SNPa (Cytoscan HD - Affymetrix) foi realizado a partir do DNA extraído de células mononucleares de medula óssea (MO) e células bucais (CB). Resultados: A média de idade dos pacientes foi de 54 anos e a mediana 55 anos, variando de 28 a 93 anos. 12 (48%) eram do gênero masculino e 13 (52%) feminino. Comparando o cariótipo com SNPa, dos 25 casos: 10 apresentaram cariótipo alterado (40,0%), 11 normal (44,0%) e 4 sem metáfases (16,0%). Em relação ao SNPa da MO: 17 apresentaram SNPa com alteração (68,0%) e 8 sem alterações (32,0%). Foi possível detectar um total de 17 alterações pelo cariótipo (deleção/perdas: 8, trissomia/ganhos: 7 e translocações: 2) e pelo SNPa um total de 42 alterações (perdas: 17, Ganhos: 16 e CN-LOH: 9) Conclusão: Foi possível padronizar a técnica de SNPa na LMA/SMD e compará-la com as anomalias observadas pelo cariótipo. O SNPa permitiu ampliar a detecção de alterações em relação ao cariótipo. Foi possível confirmar que se trata de ferramenta confiável e sensível para detecção de alterações submicroscópicas e CN-LOH. O SNPa também ofereceu um novo conjunto de anomalias que merecem ser posteriormente investigadas em novos estudos.
Descrição
Citação
NORONHA, Thiago Rodrigo de. Padronização do teste de arranjos de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPa) para a detecção de anormalidades genético-moleculares em leucemia mieloide aguda e síndromes mielodisplásicas. 2014. 95 f. Dissertação (Mestrado) - Escola Paulista de Medicina, Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), São Paulo, 2014.