Cariótipo molecular do clone de referência do projeto genoma de Trypanosoma cruzi: mapeamento de marcadores genéticos, construção de mapa físico da banda cromossômica XX e caracterização das regiöes subteloméricas

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Data
2003
Autores
Cerda, Patricio Emilio Porcile [UNIFESP]
Orientadores
Silveira Filho, José Franco da [UNIFESP]
Tipo
Tese de doutorado
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Resumo
Esta sendo apresentado neste trabalho um refinamento bastante util do cariotipo molecular do clone CL Brenner, o clone de referencia do Projeto Genoma de Trypanosoma cruzi. O mapeamento de 210 marcadores geneticos (142 ESTs, 7 cDNAs, 32 genes codificadores de proteinas, 8 STSs, 21 sequencias repetitivas) em bandas cromossomicas separadas por eletroforese de pulsos alternados (PFGE) permitiu a identificacao de 61 marcadores cromossomo-especificos, 2 cromossomos polimorficos em tamanho e de 7 grupos de ligacao. Quatorze novos elementos repetitivos foram isolados nesse trabalho e mapeados nas bandas cromossomicas. Nos verificamos que pelo menos 10 elementos repetitivos podem ser mapeados em cada banda cromossomica, o que pode tornar muito dificil a tarefa de ordenamento da sequencia completa do genoma deste parasita. Para construir o mapa integrado do cromossomo XX, nos usamos clones YACs com sobreposicao de sequencias e uma variedade de sondas (i. e., sequencias genicas conhecidas, ESTs, STS geradas a partir das extremidades dos clones YAC). O tamanho total coberto pelo contig de YACs foi de aproximadamente 1,3 Mb, o que representa 37 por cento do cromossomo. Nos encontramos algum grau de polimorfismo entre YACs derivados da banda XX. Estes resultados estao de acordo com dados gerados por analises filogeneticas do T. cruzi que sugerem que o clone CL Brenner e um genotipo hibrido (Brisse et ai., 1998; Machado e Ayala, 2001). O mapa fisico das bandas cromossomicas e o isolamento de marcadores cromossomo especificos contribuira para o esforco global para sequenciar o genoma nuclear desse parasita. Os subtelomeros sao regioes dinamicas e varaveis situadas antes do terminos dos cromossomos e que constituem a regiao de transicao entre as sequencias especificas do cromossomo e o telomero. Nos apresentamos aqui a caracterizacao da regiao subtelomerica do cromossomo de T. cruzi utilizando-se um clone recombinante (cosmidio T6, 31.2-kb de tamanho), previamente isolado de uma biblioteca telomerica (Chiurillo et ai., 1999). A regiao subtelomerica clonada no cosmidio T6 apresenta uma estrutura bastante complexa. Ela e feita de copias truncadas do gene GP85, agrupamentos de retrotransposons nao-LTR (RS1Tc, RS13Tc, E13, Seq3Tc, SIRE), uma copia completa do (RS1Tc, RS13Tc, E13, Seq3Tc, SIRE), uma copia completa do gene DGF-1, sequencias derivadas da familia de repeticoes transcritas poliadeniladas_(au
Descrição
Citação
São Paulo: [s.n.], 2003. 168 p.