Navegando por Palavras-chave "RNA-Seq"

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    Alterações epigenéticas e de expressão gênica na doença de Alzheimer: o papel das modificações de histonas e da regulação transcricional em diferentes regiões encefálicas
    (Universidade Federal de São Paulo, 2022-08-17) Santana, Daliléia Aparecida [UNIFESP]; Chen, Elizabeth Suchi [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/4467672323683322; https://lattes.cnpq.br/4354115705836826
    A doença de Alzheimer está entre as principais doenças neurodegenerativas e é a causa mais frequente de demência entre a população idosa. Caracteriza-se pela manifestação de sintomas de perda de memória e declínio das funções cognitivas, e pelos achados neuropatológicos: formação de placas senis, emaranhados neurofibrilares e morte neuronal, que levam à atrofia cerebral e à sintomatologia associada à doença. A doença de Alzheimer de início tardio apresenta etiologia complexa, com o envolvimento de fatores genéticos e ambientais associados. Modificações pós-traducionais de histonas têm sido implicadas na patogênese da doença de Alzheimer de início tardio, embora o impacto dessas modificações e sua influência no estado transcricional associado ao início e/ou progressão da doença de Alzheimer ainda não sejam totalmente compreendidos. O presente estudo tem por objetivo investigar o padrão de distribuição das modificações pós-traducionais de histona H3K9ac e H3K27me3, identificar genes diferencialmente regulados por estas marcas e genes diferencialmente expressos em três regiões encefálicas de pacientes com DA comparados a controles idosos: córtex auditivo, cerebelo e hipocampo. Foram utilizadas seis amostras de córtex auditivo, cerebelo e hipocampo em cada grupo. O padrão de H3K9ac e H3K27me3 foi avaliado por meio da técnica de ChIP-Seq. Análises de enriquecimento funcional foram conduzidas a fim de avaliar as vias biológicas associadas aos genes diferencialmente regulados pelas marcas de histonas. A expressão gênica das amostras foi analisada por RNA-Seq. Análises de redes também foram realizadas com o intuito de identificar genes hub para a doença de Alzheimer. Foi observada uma hiperacetilação de H3K9 no cerebelo dos pacientes com DA em relação à região correspondente nos controles idosos, enquanto o hipocampo apresentou uma leve hipoacetilação. Os processos biológicos dos quais os genes hiper e hipoacetilados participam incluem regulação de GTPases, regulação da cascata de ERK1/2 e regulação do potencial de membrana. Em relação ao padrão de trimetilação de H3K27, foram observadas mudanças mais acentuadas no cerebelo dos pacientes com DA. Os processos biológicos associados a esses genes incluem regulação de atividade sináptica, diferenciação neuronal e transmissão sináptica. Os resultados do transcriptoma demonstraram 213 genes diferencialmente expressos no córtex auditivo e 10 no hipocampo de pacientes com DA em relação aos controles; porém, não foram identificados genes diferencialmente expressos no cerebelo. Nas análises de redes no córtex auditivo foram identificados potenciais genes hub, cujas funções estão relacionadas à dinâmica do citoesqueleto, transmissão sináptica e, sobretudo, à regulação de Rho GTPases, que parece ser um mecanismo associado à DA, assim como também demonstrado pela literatura. Os resultados apresentados neste estudo demonstraram diversos genes, e suas vias biológicas associadas, que podem representar processos implicados na patogênese da doença de Alzheimer. Embora seja necessária a replicação dos resultados em um número amostral maior, os resultados deste estudo podem contribuir para o entendimento de mecanismos moleculares alterados na doença de Alzheimer e fornece base para futuras pesquisas na área, além de auxiliar na busca por marcadores associados aos mecanismos patológicos da Doença de Alzheimer.
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    Análise das sequências de nucleotídeos de novos subtipos de toxinas e proteínas de anêmonas do mar por sequenciamento de RNA de nova geração
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2017-07-31) Boralli, Leandro Augusto Freire [UNIFESP]; Kerkis, Irina [UNIFESP]; Zaharenko, André Junqueira; http://lattes.cnpq.br/3955659940007123; http://lattes.cnpq.br/4302687618153569; http://lattes.cnpq.br/8506788466669898; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    Sea anemones are sessile organisms that employ a venomous apparatus (preferably located in their tentacles) to produce and inoculate paralyzing toxins in their prey or to defend themselves. Our group recently contributed to the characterization of the peptidoma of 3 species of sea anemones, showing that the molecular diversity of the toxins of these organisms is much higher than expected. From the point of view of the nucleotide information obtained from anemones, few species were investigated in detail, revealing that at the moment only a small fraction of the toxic arsenal of the cnidarians was investigated. In addition, new structural proteins that occur in anemones present structural and genetic similarity to proteins of derived organisms, such as vertebrates. In this sense, we intend to analyze and compare the transcriptome of two populations of the Brazilian anemone Bunodosoma caissarum, a population of the São Paulo coast and another population located in the isolated São Pedro and São Paulo archipelago. This analysis will be done through the sequencing of new generation RNA, by the Illumina system. With this sequencing and with bioinformatics analyzes we hope to find information regarding new toxins never before studied in this species and also to analyze the differences in the expression profile between the two populations
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    Análise de genes diferencialmente expressos (DEGs) e de regiões da cromatina diferencialmente acessíveis (DARs) em rins humanos com nefropatia diabética
    (Universidade Federal de São Paulo, 2021-03-12) Dittrich Hosni, Nicole [UNIFESP]; Boim, Mirian Aparecida [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/8916858915652849; http://lattes.cnpq.br/6086846975133310
    Introdução: Em doenças complexas e dependentes de interação com o ambiente, como a nefropatia diabética, o controle epigenético da expressão gênica pode mediar a resposta do organismo aos fatores ambientais e contribuir para a suscetibilidade às complicações decorrentes da doença. Uma das possíveis abordagens para o estudo de mecanismos epigenéticos é a observação do funcionamento da cromatina e a elucidação de regiões acessíveis à maquinaria transcricional. Além de por meio da cromatina, os mecanismos epigenéticos podem ser observados pelo padrão de expressão gênica. Pode-se observar no campo da epigenética a possibilidade de ampliar a compreensão sobre a fisiopatologia da nefropatia diabética, bem como encontrar novos alvos terapêuticos, visto que, embora haja uma redução na velocidade de progressão da doença com o uso dos fármacos disponíveis, ainda há espaço para melhores tratamentos. Objetivo: Encontrar regiões diferencialmente acessíveis da cromatina – DARs – e genes diferencialmente expressos – DEGs – em amostras de rins humanos controle e com nefropatia diabética, além de explorar a relevância funcional dos achados in silico, observar redes de co-expressão e identificar enriquecimento de fatores de transcrição. Métodos: Foram coletadas porções saudáveis de rins derivadas de nefrectomias por tumor tanto de pacientes com nefropatia diabética quanto controle. Os tecidos foram sequenciados quanto ao RNA (RNA-seq) e às regiões acessíveis da cromatina (ATAC- seq). Os grupos foram comparados e foram identificados DARs e DEGs, além da realização da análise de redes de co-expressão (WGCNA) e de enriquecimento de fatores de transcrição. Resultados: Após a comparação de pacientes controle (n = 22) e pacientes com nefropatia diabética (n = 26), foram encontradas 4.861 DARs (101 supra-reguladas e 4.760 infra-reguladas), que foram posteriormente associadas aos genes mais próximos (4.773 genes). Foram também encontrados 1.339 DEGs (1.156 supra-regulados e 183 infra-regulados). A análise de relevância biológica dos genes encontrados concomitantemente nas duas análises (n = 301 genes) revelou processos biológicos de ativação de células T como os de maior enriquecimento. A análise de redes identificou 17 módulos de genes co-expressos, sendo que dois módulos obtiveram melhores resultados e revelaram perfis de processos biológicos relacionados a processos imunológicos e de diferenciação de tecido renal. A análise de fatores de transcrição das DARs encontradas revelou o enriquecimento principal dos seguintes fatores: fator de transcrição HNF4G, específico de células do túbulo proximal; fator HNF1-β, relevante no desenvolvimento e diferenciação do tecido renal, além de envolvimento em diabetes monogênica; e fator NR2F2, importante na proliferação do mesênquima metanéfrico. Conclusão: Foram observadas diferenças epigenéticas entre o grupo controle e o grupo nefropatia diabética, sendo que houve destaque para processos imunológicos tanto na análise de DARs e DEGs quanto na análise de redes. Os genes e regiões devem ser mais profundamente estudados e possuem o potencial de, futuramente, funcionarem como alvos farmacológicos para a doença. Este estudo contribui para o avanço no entendimento do funcionamento do tecido renal quanto à epigenética, além de aprofundar especificamente a compreensão da fisiopatologia da nefropatia diabética.
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    Identificação de alterações genéticas associadas à patogênese dos carcinomas da tiroide negativos para genes Driver conhecidos: busca de novos marcadores moleculares e compreensão dos processos biológicos
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2021) Bim, Larissa Valdemarin [UNIFESP]; Cerutti, Janete Maria [UNIFESP]; Universidade Federal de São Paulo
    Thyroid cancer is currently among the most prevalent neoplasms in both Brazil as in the world and Differentiated Thyroid Carcinoma is its most frequent (around 90% of cases). Differentiated carcinomas can be divided into Papillary Thyroid Carcinoma (CPT), with a high prevalence of mutation BRAF V600E and fusions involving the RET gene, Follicular Thyroid Carcinoma (CFT), which has mutations in the RAS genes and the PAX8-PPARg fusion and the Hurthle cell carcinoma with low prevalence of RAS mutations and profile practically haploid, with loss of several chromosomes. It has great relevance also the most prevalent subtype of CPT, the Follicular Variant of Carcinoma Thyroid Papillary (VFCPT) which has a mixed histological and molecular profile between CPT and CFT. The increased incidence of thyroid cancer is due, in part, to refinement of diagnostic technologies that identify nodules up to 2mm. One time Once the nodule is identified, an accurate diagnosis is essential. Among the methodologies diagnostics, the Fine Needle Aspiration Puncture (FNAB) has been considered the method of choice. However, one of the biggest clinical problems has been the limitation of FNA when performing differential diagnosis in approximately 20-30% of the nodules. Molecular panels, based on the mutational or expression profile of thyroid tumors, has been used to aid in preoperative diagnosis differential of benign or malignant nodules.However, we do not know all the genetic alterations associated with the pathogenesis of tumors, causing cases negative for the mutations arranged in the panels generate diagnostic difficulties. This work seeks, through the RNAseq technique, to investigate negative tumors for the main changes drives in thyroid tumors and define their profile mutational. 30 cases were sequenced, of which 14 are negative for mutations. BRAF V600E, NRAS, KRAS, HRAS and for RET-PTC1, RET-PTC2, RET-PTC3 mergers, - 12 - ETV6-NTRK3, ATRN-ALK, AGK-BRAF and PAX8-PPARg and 16 mutation positives in BRAF, K/H/NRAS and PAX8-PPARg fusion. In this work we identify potentials driver genes for thyroid cancer that, after validation in larger series, may be included in existing panels and, in this way, increase the accuracy of tests available. In addition, the analysis of the expression profile showed that these can be classified into two expression clusters, separating samples with mutation in RAS and BRAF in different clusters, along with a division of the between these two groups (RL negative (RAS-Like) and BL negative (BRAFLike)). The ERK score showed a greater number of genes in the ERK-MAPK pathway activated in BRAF positive and BL negative samples, confirmed by enrichment of this pathway in the analysis of differential expression between BL negatives and negative RL. In addition, the BL negative samples showed large enrichment for immune system pathways and increased expression of genes from evasion of the immune system. Together, these data can contribute to increase the accuracy of molecular tests, as well as for a better understanding of the biological behavior of thyroid tumors.
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    Novos insights no prognóstico de microcarcinoma papilífero da tiroide: análise do status mutacional de BRAF V600E e sequenciamento de RNA
    (Universidade Federal de São Paulo, 2022-08-22) Colozza-Gama, Gabriel Avelar [UNIFESP]; Cerutti, Janete Maria [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/1384038091754225; http://lattes.cnpq.br/1103255497443172
    O carcinoma papilífero da tiroide (PTC) é o subtipo mais comum de câncer de tiroide e também é o que apresentou maior aumento de incidência nos últimos anos. O aumento na prevalência deve-se, principalmente, ao aumento nas taxas de diagnóstico de tumores pequenos, sendo que, pelo menos 50%, são tumores com tamanho igual ou menor de 1cm, os chamados microcarcinomas (microPTC). Em geral, estes tumores são considerados altamente indolentes, com baixa taxa de recorrência e alta taxa de sobrevida. Entretanto, aproximadamente 30% dos casos pode ter comportamento mais agressivo. Mesmo assim, a grande maioria dos microcarcinomas, seguem o tratamento preconizado para tumores >1cm. Além da probabilidade de ocorrência de complicações devido a tiroidectomia por microcarcinoma, como hipocalcemia, existem gastos associados ao procedimento que podem onerar o sistema público, necessidade de reposição hormonal e outros. A identificação de marcadores de diagnóstico e prognóstico pré-cirúrgicos pode auxiliar no manejo, diagnóstico e tratamento clínico ou cirúrgico. Desta forma, permite melhor seleção dos pacientes encaminhados para cirurgia, além de permitir determinação do tipo e da extensão da cirurgia. Apesar de haver poucos estudos sobre o uso de marcadores de prognóstico nos casos de microPTC, a mutação BRAF V600E tem sido associada a pior prognóstico nos casos de PTC com tamanho > 1cm. Tem sido sugerido que além de identificar a mutação BRAF V600E, determinar a percentualidade das células com a presença da mutação pode fornecer informações relacionadas ao comportamento biológico do tumor. Sendo assim, nos propomos inicialmente investigar a presença da mutação BRAF V600E e avaliar o percentual de células com a presença do alelo V600E no tumor primário e nas metástases linfonodais pareadas, por meio da técnica do pirosequenciamento para determinar se, além da mutação, determinar o percentual de células mutadas pode desempenhar papel relevante no prognóstico dos microPTC. Para isso, o status mutacional das amostras será correlacionado com os dados demográficos e clínico-patológicos. Posteriormente, com o objetivo de identificar novos marcadores de prognóstico e dignóstico, selecionamos os casos que apresentam um comportamento biológico mais agressivo e que forem negativos para BRAF V600E, além de selecionar casos positivos para a mutação a fim de buscar genes que possam colaborar com BRAF. Os casos selecionados foram submetidos a sequenciamento de RNA. Trata-se de um estudo original e que deve auxiliar o diagnóstico e prognóstico pré-cirúrgico dos nódulos da tiroide.