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    Análise das sequências do gene Rbr2 na perspectiva da sistemática molecular e suas implicações na epidemiologia de Candida albicans
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2010) Alvarez, Luiz Fernando [UNIFESP]; Briones, Marcelo Ribeiro da Silva [UNIFESP]
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    Acesso aberto (Open Access)
    Análise evolutiva do genoma mitocondrial de leveduras : perda do complexo I
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2017-12-20) Lopes, Luciano Rodrigo [UNIFESP]; Briones, Marcelo Ribeiro da Silva [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/0018992452321910; http://lattes.cnpq.br/5658864413425739; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    The evolution of mitochondrial genomes is essential for the adaptation of yeasts to the variation of environmental levels of oxygen. Although Saccharomyces cerevisiae mitochondrial DNA lacks all complex I genes, respiration is possible because alternative NADH dehydrogenases are encoded by NDE1 and NDI1 nuclear genes. The proposed whole genome duplication (WGD) in the yeast ancestor at 150-100 million years ago caused nuclear gene duplications and secondary losses, although its relation to the loss of complex I mitocondrial is unknown. Here we present phylogenomic supertrees and supermatix tree of 46 mitochondrial genomes showing that the loss of complex I predates WGD and occurred independently in the Saccharomyces cerevisiae group and the fission yeast Schizosaccharomyces pombe. We also showed that the pattern of branching trees did not deviate dramatically between supertrees and supermatrix phylogenetic tree. Phylogeny indicated consistent relations between conserved mitochondrial gene order with closely related yeast species. Correlation of the mitochondrial genes based molecular clock estimatives with variations of atmospheric oxygen concentrations data in the Phanerozoic suggests that the Saccharomyces lineage might have lost the complex I during hypoxic periods near Perminian-Triassic or Triassic-Jurassic mass extinction events. While Schizosaccharomyces lineage possibly lost the complex I during hypoxic environment periods during Middle Cambrian until Lower Devonian, a long period under hipoxya. Loss of mitochondrial complex I during low offering oxygen might not improved yeast metabolism. However, the return to increased oxygen environment periods might to pressed alternative adaptations from respiratory process. Thus, we also showed that NDE1 and NDI1 based phylogenies suggest evolutionary convergence in yeasts where mitochondrial complex I is absent.
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    Acesso aberto (Open Access)
    Caracterização fenotípica e genômica de bactérias da família Mycobacteriaceae e avaliação de degradação de pectina, amido e carboximetilcelulose
    (Universidade Federal de São Paulo, 2021-10-27) Romagnoli, Camila Lopes [UNIFESP]; Viana-Niero, Cristina [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/6723968833615135; http://lattes.cnpq.br/6697630276552266
    A família Mycobacteriaceae é composta majoritariamente por bactérias saprofíticas e potencialmente patogênicas, encontradas em diversos ambientes naturais e artificiais, como sistemas de tratamento e distribuição de água. São capazes de sobreviver e multiplicar-se sob variáveis condições de temperatura, pH, oxigênio, o que atribui a essas bactérias a característica de serem ubíquas. Nosso grupo de pesquisa tem estudado a diversidade destas bactérias e seu potencial de biodegradar substratos de interesse industrial. O objetivo geral deste trabalho foi estudar uma coleção de isolados bacterianos pertencentes aos gêneros Mycobacterium, Mycolicibacter, Mycobacteroides e Mycolicibacterium para posicioná-los filogeneticamente, verificar a existência de novas espécies e avaliar o potencial de degradação de pectina, amido e carboximetilcelulose (CMC). Sequências de três genes (hsp65, rpoB V e 16S rRNA) foram utilizadas para realizar uma análise filogenética concatenada para 198 isolados com identificação inconclusiva, e os resultados apontaram para a existência de novas espécies. Assim, os genomas de cinco isolados (MYC017, MYC098, MYC101, MYC123 e MYC340) foram sequenciados e analisados. Os resultados das análises genômicas e filogenéticas confirmaram a existência de quatro novas espécies do gênero Mycolicibacter, para as quais foram realizados testes fenotípicos, bioquímicos e de susceptibilidade a antimicrobianos para caracterização e proposição de novas espécies. Adicionalmente, todos os isolados da coleção foram analisados por testes de triagem fenotípica qualitativa para avaliar a habilidade de degradação de pectina, amido e carboximetilcelulose. Os resultados revelaram a presença de bactérias com capacidade de degradar os substratos analisados, sendo que cinco isolados identificados como Mycolicibacterium austroafricanum (MYC038, MYC040, MYC211, MYC221 e MYC223) foram selecionados para avaliação de crescimento na presença de cada substrato como fonte única de carbono e para ter os genomas sequenciados para a busca de genes potencialmente envolvidos nas vias catabólicas de interesse. Foi possível encontrar dois genes potencialmente envolvidos na degradação de pectina (pel1 e kdgA), cinco de amido (malL, malQ, amyL, glgX2 e treX) e três de celulose (cel6, blgB e CBD2). Os resultados aqui apresentados contribuem para a taxonomia da família Mycobacteriaceae, em especial para o gênero Mycolicibacter, bem como para o conhecimento relacionado ao metabolismo de substratos de interesse industrial por parte de isolados de M. austroafricanum.
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    Acesso aberto (Open Access)
    Caracterização genética e das pressões seletivas atuantes na região do envelope e das variantes GWGR do subtipo B brasileiro do Vírus da Imunodeficiência Humana Tipo 1
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2009-03-25) Camargo, Michelle [UNIFESP]; Janini, Luiz Mário Ramos [UNIFESP]; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    Apesar do subtipo B ser o mais predominante na epidemia de aids no Brasil, existem evidências que esse subtipo não é homogêneo. O subtipo B apresenta no Brasil uma assinatura no tetrâmero da coroa V3 da gp120 que é a presença de um triptofano (W) ao invés de prolina (P) que é o aminoácido mais freqüente nessa posição do genoma do HIV-1. Aproximadamente metade dos isolados do subtipo B no Brasil possuem um triptofano (W) no tetrâmero do loop V3 da gp120 (GWGR). Essa freqüência não é observada em outros subtipos e nem mesmo no subtipo B em outras epidemias de aids no mundo. Para explorar mais as características das variantes GWGR e GPGR foi realizada uma análise detalhada incluindo inferências filogenéticas, análise de diversidade genética e de pressão seletiva em seqüências dos genes env, pol e gag. Os resultados da análise de diversidade genética e pressão seletiva mostraram que os valores da razão entre dN/dS entre os genes são distintos. Para uma aferição mais precisa da pressão seletiva sugerida pelo método par-a-par foram realizadas análises usando um método de verossimilhança que estima os valores de dN/dS em cada códon individualmente presente no alinhamento de seqüências. Os resultados obtidos com essa análise indicaram códons sob seleção positiva ao longo da seqüência da região dos genes env, pol e gag do HIV-1 em ambas as variantes. Para realmente definir se amostras GWGR e GPGR são variantes distintas ou amostras que contêm apenas uma assinatura diferenciada em env, foi composta uma seqüência concatâmera e comparada a distribuição de ambas as amostras em um agrupamento filogenético. Essa análise mostrou que as amostras GWGR não são variantes distintas do subtipo B brasileiro, mas apenas seqüências com assinaturas diferentes. A distribuição encontrada demonstrou que não houve separação das amostras GWGR e GPGR e sim uma total mistura entre elas. Essas análises mostraram que os vírus que contém W ou P no loop V3 não estão evoluindo diferencialmente na epidemia de aids no Brasil e não são variantes distintas. Possivelmente, os vírus que contêm a variante GWGR entraram cedo na epidemia (efeito fundador), sofrendo disseminação no Brasil.
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    Caracterização genotípica e fenotípica de isolados clínicos e ambientais pertencentes a aspergillus seção flavi
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2011-03-30) Goncalves, Sarah Santos [UNIFESP]; Colombo, Arnaldo Lopes [UNIFESP]; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    The species of Aspergillus section Flavi have been extensively reported as causative agents of human infectious diseases, and have shown the ability to produce aflatoxins. There is no accurate method for identification of the genus Aspergillus at species level. Because of this inconsistence, the polyphasic approach for species discrimination has been proposed. The aim of the present study was to correctly identify 74 Aspergillus isolates (28 clinical and 46 environmental) deposited in the filamentous fungi bank of the Laboratório Especial de Micologia/Brazil and of the Facultat de Medicina i Ciències de la Salut de Reus/Spain, with previous identification suggested as species belonged to the Aspergillus section Flavi. This study was based on combination of several molecular, morphological, physiological, and ecological data in a polyphasic approach, comparing the isolates to type and/or neotype strains used as reference strains. Genetic markers were selected for phylogenetic inference of the 74 isolates, including the ITS region, structural and protein-coding genes. The phenotypic characterization was performed by macro and micromorphological analyses, aflatoxin production, carbon and nitrogen assimilation, evaluation of thermotolerance and of the in vitro susceptibility profile to ten antifungals. The genomic sequencing of the ITS region confirmed that the isolates belonged to section Flavi and revealed two main clades of clinical interest. Thus, we selected genetic markers (AMDS, OMTS, and others genes) with discriminatory potential to identify the species included in each clade. Phylogenetic analyses of those genes demonstrated eight species, two undescribed. The first new species was closely related to A. flavus and A. oryzae, and the second one was closely related to A. parasiticus. In addition to ability to cause invasive infection in humans, the two new species produce aflatoxins. Among 28 clinical isolates studied, A. flavus was the most prevalent species (42.8%). In relation to environmental isolates, A. oryzae was the most frequent (63%), being also prevalent in the nosocomial environment and responsible for 65.1% (15/23) of the isolates. Moreover, antifungal susceptibility testing showed heterogeneous patterns among the species of section Flavi. Terbinafine and echinocandins were the most active antifungal agents against the Aspergillus isolates. Posaconazole was the triazole with better in vitro activity against the fungal strains studied. In conclusion, this was the first Brazilian study showing the wide heterogeneity of the species in Aspergillus section Flavi isolated from clinical and environmental sources, with different antifungal susceptibility patterns. We found two new species causing human infection, thereby demonstrating the emergence of new fungal pathogens in immunocompromised patients.
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    Comparação filogenética de sequencias de genes e espécies aplicada a análise de receptores acoplados a proteína-G
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2004) Paiva, Paulo Bandiera [UNIFESP]; Briones, Marcelo Ribeiro da Silva [UNIFESP]
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    Descrição morfológica e molecular de parasitos do filo Myxozoa em peixes Prochilodus costatus e Prochilodus argenteus do Rio São Francisco/MG e Prochilodus lineatus do rio Mogi Guaçu/SP
    (Universidade Federal de São Paulo, 2013-11-07) Zatti, Suellen Aparecida [UNIFESP]; Adriano, Edson Aparecido [UNIFESP]; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    O filo Myxozoa compreende organismos metazoários, endoparasitos e altamente especializados, tanto em relação aos hospedeiros quanto em relação ao tecido que infectam. No mundo são conhecidas aproximadamente 2.300 espécies e na América do Sul foram descritas até aqui pouco mais de 80 espécies. O avanço nos estudos desses parasitos no Brasil é muito recente, sendo que algumas espécies consideradas patogênicas tem sido descritas. Os estudos taxonômicos clássicos desses organismos tem abordado apenas os caracteres morfológicos. Contudo, atualmente, o sequenciamento do gene 18S rDNA tem sido empregado com sucesso na descriminação de novas espécies. Esse trabalho teve por objetivo estudar mixosporídeos parasitos de peixes da família Prochilodontidae nas bacias dos rios São Francisco, MG e Mogi Guaçu, SP. Foram analisados exemplares de Prochilodus costatus Valenciennes, 1850 e Prochilodus argenteus Agassiz, 1829 do rio São Francisco e Prochilodus lineatus Valenciennes, 1829 do rio Mogi Guaçu. Análises morfológicas (microscopia de luz, análise ultraestrutural) e das sequências do gene 18S rDNA, com subsequentes inferências filogenéticas, foram os procedimentos utilizados. Esta dissertação foi organizada na forma de capítulos, sendo que no primeiro é apresentado o estudo de uma espécie do gênero Myxobolus Lom & Dykova, 1992 encontrada infectando brânquias de P. costatus, a qual foi considerada como uma espécie ainda não descrita. Os dados morfológicos, ultraestruturais e moleculares desta espécie são aqui apresentados. O segundo capítulo trata de um estudo que tem como base o sequenciamento do gene 18S rDNA de duas espécies de Myxobolus já conhecidas e que infectam peixes do gênero Prochilodus: Myxobolus porofilus Adriano et al. 2002 parasito de P. lineatus e Myxobolus franciscoi Eiras et al. 2010 encontrada infectando P. costatus. As análises moleculares mostram que M. porofilus e M. cf. franciscoi, mesmo apresentando características morfológicas muito semelhantes e infectando hospedeiros filogeneticamente muito próximos (mesmo gênero), são duas espécies geneticamente distintas. As análises filogenéticas aqui realizadas mostram o agrupamento parafilético entre as espécies dos gêneros Myxobolus e Henneguya Thélohan, 1892 e que as espécies de mixosporídeos se agruparam principalmente de acordo com as famílias dos peixes hospedeiros.
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    Explorando a diversidade genética da enolase de Paracoccidioides (Onygenales)
    (Universidade Federal de São Paulo, 2024-10-16) Paixão, Danilo Francisco da [UNIFESP]; Rodrigues, Anderson Messias [UNIFESP]; Camargo, Zoilo Pires [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/0632912481397728; http://lattes.cnpq.br/4150370898980718; http://lattes.cnpq.br/6586467308356494
    A paracoccidioidomicose (PCM) é uma micose prevalente na América Latina e um grave problema de saúde pública no Brasil. Causada por fungos do gênero Paracoccidioides, que inclui sete espécies, como P. brasiliensis s. str., P. americana, P. restrepiensis, P. venezuelensis, P. lutzii, P. loboi e P. cetii. Nas últimas décadas, novas espécies foram identificadas, técnicas moleculares para diagnóstico e estudos sobre virulência e resposta imune foram aprimorados. Apesar dos progressos, desafios persistem como o diagnóstico tardio, opções terapêuticas limitadas e forte impacto socioeconômico, especialmente em áreas rurais. Portanto, pesquisas sobre a PCM são essenciais para o desenvolvimento de novas ferramentas de diagnóstico, tratamento e prevenção, buscando reduzir a mortalidade e morbidade. Este estudo focou na diversidade genética da enzima enolase em espécies de Paracoccidioides, avançando o conhecimento sobre sua taxonomia, filogenia e imunogenicidade. O gene da enolase em Paracoccidioides possui 1624–1628 pares de bases, com 5 éxons e 4 íntrons, codificando uma proteína de 438 aminoácidos. A análise de 88 sequências, revelou alta conservação, com 1579 sítios conservados e 52 variáveis, dos quais 44 foram considerados informativos para inferências filogenéticas. As análises filogenéticas (NJ, ML e MP) resultaram em topologias semelhantes onde P. lutzii assume uma posição mais basal em relação ao complexo P. brasiliensis, levando a formação de grupos distintos e concordância com a classificação taxonômica das espécies. A análise de haplótipos identificou 18 distintos, sendo o haplótipo 13 o mais frequente em S1a. A diversidade haplotípica (Hd = 0,8757) indicou boa variabilidade genética, com baixa taxa de fluxo gênico entre populações e eventos de desequilíbrio de ligação no gene (ZnS = 0,4172, P < 0,05). Testes de neutralidade não mostraram desvios significativos (Fs = 6,193), e a diversidade nucleotídica indicou purificação seletiva. O teste MK revelou sinais de seleção positiva em algumas comparações (e.g., P. lutzii vs. P. restrepiensis e P. lutzii vs. P. brasiliensis S1a). A análise da diversidade nucleotídica revelou que a diversidade nucleotídica em sítios sinônimos (πs = 0,02407) foi consideravelmente maior do que em sítios não sinônimos (πa = 0,00141). Observou-se que a maioria dos 15 epítopos de células B da enolase preditos in silico são altamente conservados, indicando seu potencial como alvos para o desenvolvimento de métodos diagnósticos e vacinas para a paracoccidioidomicose. As análises de epidemiologia molecular (MST, PCA, MDS e SOM) confirmaram a estruturação populacional. A conservação evolutiva da enolase evidenciou regiões funcionais, como o sítio ativo e os locais de ligação de cofatores. A análise LERI revelou duas comunidades de resíduos coevoluídos, sugerindo interações funcionais na região C-terminal. A predição de epítopos identificou alvos conservados para o desenvolvimento de vacinas e diagnósticos. Os resultados obtidos neste estudo contribuem significativamente para o entendimento da diversidade genética e evolução de Paracoccidioides spp. e fornecem informações valiosas sobre o gene da enolase, com potencial aplicação no desenvolvimento futuro de ferramentas diagnósticas e vacinas para a PCM.
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    Identificação de espécies de leveduras patogênicas provenientes de amostras clínicas pela técnica de RAPD(Randomly Amplified Polymorphic DNA)
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 1999) Melo, Analy Salles de Azevedo [UNIFESP]; Colombo, Arnaldo Lopes [UNIFESP]
    A identificação rápida e confiável de espécies diferentes do gênero Candida tem relevância epidemiológica e terapêutica. A identificação por métodos clássicos muitas vezes é demorada e apresenta resultados inconclusivos. A busca de novas opções na identificação baseada em perfis genotípicos é fundamental para laboratórios de referência. Para abordar este problema, nós avaliamos o desempenho do método de RAPD na identificação de espécies de Candida. Foram avaliadas um total de 78 amostras incluindo espécies de C. albicans, C. tropicalís, C. parapsilosis, C. glabrata e C. krusei. Para a identificação de espécies pelo método convencional, todas as cepas foram submetidas ao microcultivo e posteriormente à análise do perfil bioquímica com auxílio do sistema API 2OC AUX (bioMérieux). A genotipagem foi realizada por técnica de RAPD utilizando-se 3 "primers" diferentes. Numa primeira etapa, padronízou-se o ensaio com amostras de referência ATCC no sentido de obter-se padrões de bandas específicos para cada espécie estudada. Numa segunda etapa, 50 amostras representativas das 5 espécies foram avaliadas por RAPD em ensaio "cego". Um dos "primers", M2, mostrou padrão de bandas intra-específico bem conservado, de aproximadamente 10 bandas cada, variando em tamanho de 2,0 a O,1 kb e bom poder discriminativo de espécies. Para estabelecer-se os padrões de bandas de referência das 5 espécies mais comuns do gênero Candida (C. aíbicans, C. tropicalis, C. parapsilosis, C. glabrata e C. krusei), foram utilizadas 5 cepas para cada uma delas. Dois perfis genotípicos diferentes foram encontrados entre os isolados de C. parapsilosis. As diferenças obtidas entre estes 2 padrões de bandas foram proporcionais àquelas encontradas entre 2 espécies diferentes de Candida. Quando os Resumo padrões de bandas de referência foram utilizados em experimento "cego" para identificar 50 amostras escolhidas aleatoriamente, incluindo isolados clínicos e cepas ATCC, os resultados do RAPD foram 100 por cento consistentes com os resultados produzidos pelos métodos convencionais. Como métodos ideais de identificação devem ser consistentes com fílogenia e taxonomia, o RAPD foi testado na análise de distâncias genéticas verificadas entre as diferentes amostras. A comparação entre as árvores filogenéticas construídas com os dados do RAPD e com o gene RRNA l8S, mostraram diferenças significativas em suas topologias, indicando que o RAPD não mede corretamente as distâncias relativas...(au).
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    Acesso aberto (Open Access)
    O Impacto da recombinação na evolução dos variantes Ômicon, Alfa e Delta de isolados brasileiros do SARS-CoV-2
    (Universidade Federal de São Paulo, 2022) Cyrino, Caio de Oliveira [UNIFESP]; Briones, Marcelo Ribeiro da Silva [UNIFESP]; Antoneli Junior, Fernando Martins [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/4503426222486154; http://lattes.cnpq.br/0018992452321910; http://lattes.cnpq.br/9453185039405956
    SARS-CoV-2 is a positive single-stranded RNA-enveloped coronavirus. that causes disease in many mammals, including humans. It is adaptability to different hosts is largely associated with mutations in the spike protein gene (S gene). Over time this gene has been modifying and increasing its pathogenic efficiency, starting to infect several organisms. The central issue, however, is that we still need to know more about how mutations occur in the viral genome of SARS-CoV-2. One hypothesis would be that there is extensive recombination between the subvariants of the quasi-species viruses, which could explain, in part, the highly mutagenic character of these virus, thus accelerating its ability to infect. Given the recombination extensive in the genome of these viruses, the so-called variants should not be identified by dichotomous phylogeny methods, but by unsupervised learning methods, thus avoiding biases introduced by “a priori” Markovian models of dichotomous phylogenies. In this project, we will specifically test the It is hypothesized that the Omicron variant (BA Lineage) is a recombinant and has been proposed to determine which are their parental lineages through analysis with unsupervised methods.
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    Acesso aberto (Open Access)
    Método de aprendizado de máquina não supervisionado aplicado ao estudo da propagação de ciclo único do HIV em cultivo celular
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2019-02-28) Fabreti, Luiza Guimaraes [UNIFESP]; Antoneli Junior, Fernando Martins [UNIFESP]; Janini, Luiz Mário Ramos [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/5713863164263481; http://lattes.cnpq.br/4503426222486154; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    The human immunodeficiency vírus (HIV) has a high genetic diversity due mostly to the lack of error repair mechanism of the viral reverse transcriptase combined with the quick replicative dynamics of the virus. These factors associated to the selective pressure of the environment contribute to a rapid evolution of the viral population within the host. To enter the cell, HIV uses both a cellular receptor (CD4) and a chemokine coreceptor. The most important coreceptors for the infection are CCR5 and CXCR4, the former being associated with the onset of infection and the second with late phase of infection. In the present study we have applied an unsupervised machine learning method known as principal component analysis (PCA) and the phylogenetic inference to estimate the genetic diversification of the population after a single replication cycle. To do this, the data from statistical inference have been used to estimate the probability of each nucleotide for each genome position of HIV, in different experimental conditions. PCA compared mutation patterns when infection occurs on CD4 T lymphocytes and peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) in different (stimulated and non-stimulated) cell states and for the two viral types that utilize different coreceptors. In all cases, both PCA and phylogenetic tree produced clusters accordingly. This shows that after a single cycle of replication the populations presented differences of variability. It has also been observed that the genome positions that mutate are equally distributed throughout the genome, with an average range of 20 positions in the population analysis.
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    Novas visões sobre estrutura, ações farmacológicas e degradação enzimatica de heparina e heparonoides de diferentes origens
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2004) Castro, Ricardo Augusto Braga de [UNIFESP]; Dietrich, Carl Peter Von [UNIFESP]
    Uma heparina de baixa massa molecular (8,5 kDa) com atividade anticoagulante de 95 UI/mg pelo ensaio da 'United States Pharmacopea foi isolada do camarao Penaeus brasiliensis. A heparina do crustaceo foi degradada por heparinase e heparitinase II isoladas da Flavobacterium heparinum formando dissacarideos dissulfatados e dissacarideo trissulfatado. Ressonancia magnetica nuclear de 13C e 1H mostraram que a heparina do camarao apresenta grandes quantidades de acido glucuronico e acido iduronico nao sulfatado. Ensaios in vitro mostraram que as atividades anticoagulantes da heparina de camarao sao exercidas principalmente atraves da inibicao do Fator Xa e do co-fator II da heparina. A heparina do camarao apresenta uma potente atividade antitrombotica in vivo comparavel com heparina de baixa massa molecular produzida por metodos quimicos ou enzimaticos a partir da heparina de mamifero. Estes resultados juntamente com as observacoes anteriores da presenca de heparina em moluscos nos levaram a buscar esse composto em outros fitos de invertebrados. Glicosaminoglicanos sulfatados foram isolados de 23 especies de 13 fila de invertebrados e caracterizados pela migracao eletroforetica em tres tampoes diferentes combinado a degradacao enzimatica por heparinase, heparitinases e condroitinase AC. Heparam sulfato foi encontrado em todas as especies analisadas enquanto que condroitim sulfato foi encontrado em 20 especies e compostos relacionados com a heparina em 12 especies. Um composto semelhante a heparina foi isolado do equinoderma Mellita quinquisperforata e do caranguejo Ucides cordatus com atividades anticoagulantes de 60 e 52 U.I./mg, respectivamente. Degradacao dessas heparinas por heparinase produziu significantes quantidades de dissacarideo trissulfatado, tipico de heparina de mamiferos. Esta observacao foi confirmada por espectroscopia de ressonancia magnetica nuclear de 13C da heparina de caranguejo. Baseado nestes resultados foi feita uma nova arvore filogenetica da distribuicao dos glicosaminoglicanos em invertebradosa(au)
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    Origem e diversificação do lagarto partenogenético Loxopholis percarinatum (gymnophthalmidae: ecpleopodini), um complexo de espécies endêmico da Amazônia
    (Universidade Federal de São Paulo, 2016-11-22) Silva, Andre Robson Justino da [UNIFESP]; Pellegrino, Katia Cristina Machado [UNIFESP]; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
    The small lizards of the genus Loxopholis inhabit the leaf litter of Central and South America tropical forests. The genus includes 10 bisexual species and the unisexual L. percarinatum, the latter widely distributed throughout the Amazon forest. Previous studies based on a small sample (N=20) suggested that L. percarinatum is a species complex with diploid (2n=44) and triploid (3n=66) lineages. Recently, the first males were described from two populations of L. percarinatum at the northwestern Amazon, suggesting the existence of bisexual populations in the complex. Until now, the origin of parthenogenesis of L. percarinatum it is not clear. This study aims to expand the previous works in number of individuals, geographical localities sampled and nuclear markers analysed, in order to: i) reconstruct the phylogenetic relationships among the unisexual 2n and 3n lineages with the bisexual populations, as well as between the complex and the remaining species of Loxopholis, advancing in the comprehension about the origin of parthenogenesis in the L. percarinatum species complex; ii) characterize the genetic divergence of the species complex; e iii) investigate the genetic and geographic structure of the 2n and 3n lineages. Sample consisted of 98 specimens of L. percarinatum from 56 localities of Brazil and two from French Guiana, and also eight species of Loxopholis (guianense, ferreirai, hexalepis, osvaldoi, parietale, snethlageae, rugiceps e southi). Partial sequences from mtDNA (NADH4 + tRNA histidine: 682bp) and nuclear DNA (NT3 and KIAA2018: 1085bp) were obtained. Phylogenetic analyses included Bayesian Inference and Maximum Likelihood, and haplotype genealogies and genetic divergence (pairwise distance) were estimated. The mtDNA recovered three main well-supported lineages: unisexual 2n (Uni/2n), unisexual 3n (Uni/3n) e bisexual with two sub-lineages (Santa Isabel do Rio Negro e Rio Jufari, AM). The bisexual populations ascribed to L. percarinatum were grouped sister to the Uni/3n lineage, with high support. Large mtDNA genetic divergences between the unisexual and bisexual (8.8%) and between the 2n and 3n (10.3%) lineages corroborate the ancient process of diversification for this species complex. Both mtDNA and nDNA greatly suggest that specimens from Santa Isabel do Rio Negro represent a potential new species, contrary to a previous study based on morphology. This still undescribed species and assigned to the bisexual 2n (Bis/2n) lineage, seems to be related to the origin of the parthenogenesis, being the maternal parent of both Uni/2n e Uni/3n lineages. The combined analyses of nDNA regions indicated L. ferreirai and L. hexalepis as the closest species to the L. percarinatum complex; the former as a potential paternal parent. Finally, hypotheses implying hybridization events of those mentioned species are herein proposed, however a spontaneous origin of the parthenogenetic L. percarinatum species complex cannot be rejected.
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    Origem filogenetica e potencial de virulencia de Escherichia coli pertencente a microbiota intestinal de humanos sadios
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2011) Santos, Mario Victor Malerbo dos [UNIFESP]
    O genero Escherichia pertence a familia Enterobacteriaceae e a especie Escherichia coli coloniza a camada mucosa do colon do ser humano e de varios animais numa relacao de comensalismo. Entretanto, algumas cepas adquiriram atributos para virulencia dividindo a especie em tres grupos: E. coli comensais, E. coli patogenicas intestinais ou diarreiagenicas (DEC) e E. coli patogenicas extra-intestinais (ExPEC). As ExPEC podem causar infeccao em qualquer sitio extra-intestinal, sendo frequentes as do trato urinario, meningites, sepse e pneumonias em humanos, e a colibacilose aviaria. As ExPEC possuem mais de 40 fatores associados a virulencia, incluindo adesinas e invasinas, sistemas de aquisicao de ferro, capsulas polissacaridicas e toxinas. Seu potencial para causar doencas extra-intestinais esta diretamente relacionado a imunidade do hospedeiro. Assim como ha diferentes graus de imunodepressao hospedeira, tambem havera diferentes potenciais de virulencia bacteriana. Embora haja consenso sobre a origem fecal das amostras que causam infeccoes urinarias, ainda resta a duvida sobre o nicho das ExPEC ser o trato intestinal humano, ou se sao patogenos adquiridos do meio ambiente como acontece com os varios patotipos de E. coli diarreiogenica. O objetivo deste trabalho foi conhecer em qual extensao amostras de E. coli com potencial de virulencia e marcadores de resistencia a antimicrobianos estao presentes na microbiota intestinal de individuos sadios. Foram analisadas as fezes de 91 individuos de ambos os sexos entre zero e 90 anos de idade. Foram isoladas cinco colonias presuntivamente caracterizadas como E. coli, utilizando-se os meios de EPM, MILI e citrato de Simmons, somando um total de 455 colonias que foram caracterizadas quanto: a presenca de 17 marcadores geneticos de virulencia (frequentes em amostras de bacteremia), a origem filogenetica, a classificacao como ExPEC e o perfil de resistencia a alguns antimicrobianos. Trinta e um (34%) individuos apresentaram todas as cinco colonias identicas quanto a todas as caracteristicas analisadas; outros 53,8 % apresentaram predominancia (tres ou mais) de colonias identicas, mostrando que as caracteristicas bacterianas encontradas nas amostras de E. coli fecais refletem uma populacao colonizadora bem sucedida, considerando que os hospedeiros nao tomaram antibioticos nem apresentaram qualquer sintoma clinico. Em resumo essas caracteristicas foram: predominio dos grupos filogeneticos A e D; presenca de genes de protectinas e sistemas de captacao de Ferro em mais da metade das amostras; presenca de genes de adesinas e invasina em mais de 90% das amostras. Os marcadores geneticos de virulencia sfaDE, papA/C, hra, tsh, iroN, irp2, KpsMTII e ompT foram prevalentes apenas no grupo filogenetico B2 (considerado patogenico). Houve associacao positiva de marcadores somente com os grupos B2 e D, cujas amostras tambem apresentaram o maior potencial de virulencia (numero medio de marcadores igual a 10,6 em B2 e 6,3 em D, contra 4,4 ou menos nos demais grupos filogeneticos). Amostras classificadas como ExPEC (letais em modelo animal) foram detectas em 27 (29,7%) individuos (de todas as faixas etarias), sendo exclusivas ou predominantes em 18 deles. As ExPEC se concentraram nos filogrupos A, B2 e D, mas foram prevalentes e estatisticamente associadas apenas ao Grupo B2 (P < 0,001). Houve tanto prevalencia quanto associacao positiva (P ≤ 0,01) entre as amostras de ExPEC e a resistencia para os antimicrobianos: sulfonamidas, trimetoprima, amoxacilina e ampicilina. O grupo ExPEC apresentou um numero maior de amostras resistentes a tres ou mais antimicrobianos quando comparado a nao-ExPEC (teste de Fisher bicaudal, P = 0,00004). Estes achados mostram que a grande maioria da populacao estudada, que abrangeu individuos sadios, de ambos os sexos, entre 0 e 90 anos, alberga em sua microbiota intestinal amostras com todas as caracteristicas relatadas para as amostras de E. coli isoladas de infeccoes extra-intestinais. Neste estudo, essas amostras representaram a maioria ou mesmo a totalidade de E. coli colonizando grande parte dos individuos. Alem disso, Em 29,7% dos individuos, essa populacao era de verdadeiras ExPEC as quais, alem do alto potencial de virulencia, apresentaram associacao com a resistencia a tres ou mais dos antimicrobianos estudados
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    Acesso aberto (Open Access)
    Potencial de virulência e suscetibilidade a antimicrobianos de amostras de Escherichia coli isoladas de bacteremia: sua relação com o estado de imunocompetência do paciente e a origem da infecção.
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2013) Santos, Ana Carolina de Mello [UNIFESP]; Silva, Rosa Maria [UNIFESP]; http://lattes.cnpq.br/0597231653448012; http://lattes.cnpq.br/6144497066971729
    As infeccoes de corrente sanguinea causadas por bacterias Gram-negativas tem especial importancia por estarem associadas a grande morbidade e mortalidade. Entre os agentes etiologicos mais frequentemente envolvidos encontra-se a Escherichia coli, enterobacteria com propriedades geneticas versateis que a tornam, ora um simbionte preponderante na microbiota intestinal de seus hospedeiros, ora uma variante patogenica intestinal ou extra-intestinal. Apesar dos inumeros estudos, ainda nao se conseguiu definir patotipos especificos das E. coli patogenicas extra-intestinais, talvez pela multiplicidade de fatores envolvidos, tanto das bacterias quanto dos hospedeiros, que resultam na infeccao. Este trabalho visou relacionar o estado imunologico dos pacientes e a origem das infeccoes com os fatores de virulencia, a filogenia e a resistencia aos antimicrobianos, de 291 amostras de E. coli isoladas de bacteremia humana, na cidade de São Paulo, entre 2000 e 2008. A pesquisa de 31 marcadores geneticos de virulencia associados as infeccoes extra-intestinais foi realizada por hibridacao de colonias. A origem filogenetica e o antigeno somatico O foram pesquisados por PCR e o perfil de suscetibilidade para 27 antimicrobianos foi determinado por disco-difusao. A caracterizacao de doencas de base imuno-debilitantes e a definicao da origem da infeccao seguiram criterios da literatura. A analise dos isolados bacterianos demonstrou a prevalencia e codominancia dos filogrupos virulentos B2 (36 %) e D (33 %). Os tipos de antigenos somaticos O18, O6 e O1 foram os mais frequentes (37 %). A grande maioria dos 199 perfis de virulencia detectados nao reuniu mais do que duas cepas. Apenas nove perfis repetiram-se em quatro a 15 dos isolados, principalmente os de infeccoes de origem comunitaria. Cerca de 60 % das cepas foram classificadas como ExPEC, isto e, intrinsicamente virulentas, e foram na sua maioria originarias dos filogrupos B2 ou D, apresentando alta media de fatores de virulencia e associacao negativa com resistencia a antimicrobianos. Ao contrario, as cepas nao-ExPEC apresentaram associacao com a resistencia a um grande numero de antimicrobianos. Pacientes imuno-competentes foram infectados mais frequentemente por ExPEC (P <0,05). Cepas resistentes apresentaram-se associadas as infeccoes de origem hospitalar, mas as multi-resistentes tenderam a infectar individuos imuno-comprometidos, independente da origem da infeccao. Apesar da maioria dos fatores de virulencia pesquisados ser codificada em elementos geneticos moveis, as caracteristicas de virulencia bacteriana tenderam a se manter estaveis ao longo do tempo, diferentemente da resistencia bacteriana que aumentou durante o periodo analisado. A deteccao de um plasmideo com caracteristicas semelhantes ao pAPEC-O103 apontaram para a existencia de uma relacao entre cepas patogenicas humanas e animais
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    Superinfeccao pelo HIV-1: estudo de caso atraves do uso de metodologias moleculares
    (Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2004) Nobre, Fabio de Araujo Feio [UNIFESP]
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