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Title: Taxonomic classification of mycobacteria of the mycobacterium chelonae-mycobacterium abscessus complex without conclusive species identification
Authors: Leao, Sylvia Luisa Pincherle Cardoso Leao [UNIFESP]
Nogueira, Christiane Lourenco [UNIFESP]
Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
Keywords: chelonae-mycobacterium abscessus
mycobaterium
chelonae-mycobacterium abscessus
mycobaterium
Issue Date: 31-Oct-2016
Publisher: Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
Citation: NOGUEIRA, Christiane Lourenco. Taxonomic classification of mycobacteria of the mycobacterium chelonae-mycobacterium abscessus complex without conclusive species identification. 2016. 182 f. Tese (Doutorado) - Escola Paulista de Medicina, Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), São Paulo, 2016.
Abstract: The methodologies used to delineate bacterial species are changing with the development of new technologies. The Mycobacterium chelonae-Mycobacterium abscessus complex is composed of closely related rapidly growing mycobacteria that are ubiquitous in the environment and sometimes responsible for a wide spectrum of opportunistic infections in humans, especially pulmonary infections and localized skin and soft tissue infections. This complex has expanded over the years to include, besides the classical species M. chelonae and M. abscessus, also M. immunogenum, M. salmoniphilum, and two subspecies M. abscessus subsp. abscessus and M. abscessus subsp. bolletii. Despite all technological advances, the taxonomic relations of members of M. chelonae-M. abscessus complex still generate several doubts, due to important similarities in their phenotypic and genotypic characteristics. Considering the importance of correct species identification for understanding the taxonomy of this group and for outbreak detection and therapeutic patient management, the present project aimed at investigating the taxonomic position of a set of M. chelonae-M. abcessus complex isolates without conclusive species identification and a set of isolates of the CHII INNO-LiPA® cluster. A polyphasic approach, including phenotypic analyses traditionally used for identification of mycobacteria, drug susceptibility testing, the commercial test Genotype® Mycobacterium CM and AS, PCR Restriction Enzyme Analysis of the hsp65 gene and 16S-23S internal transcribed spacer (ITS), DNA sequencing of the 16S rRNA, hsp65 and rpoB genes and the 16S-23S ITS, DNA-DNA hybridization (DDH), Whole Genome Sequencing (WGS) and genome comparisons were carried out. The previously reported high variability of the CHII INNO-LiPA® cluster was confirmed. Two species were validly named as new members of M. chelonae-M. abscessus complex, M. franklinii and M. saopaulense, and three additional genomospecies were identified. Moreover, genomic analyses confirmed that the type strains of the M. chelonae-M. abscessus complex, including the two recently described species (M. franklinii and M. saopaulense), belong to different species, confirming the current taxonomic classification of this complex in the era of genomic taxonomy. This study illustrates the use of WGS to determine the taxonomic status of isolates which conventional tests fail to identify. Furthermore it emphasizes that 143 mycobacteria identification should not be performed based only in a single methodology. This study will be useful for future investigations of infections and outbreaks caused by members of M. chelonae-M. abscessus complex.
As metodologias usadas para delinear espécies bacterianas estão mudando com a Desenvolvimento de novas tecnologias. O Mycobacterium chelonae-Mycobacterium Abscessus é composto por micobactérias de crescimento rápido São ubíquos no ambiente e às vezes responsáveis ??por um amplo espectro de Infecções oportunistas em seres humanos, especialmente infecções pulmonares e E infecções dos tecidos moles. Este complexo se expandiu ao longo dos anos para incluir, Além da espécie clássica M. chelonae e M. abscessus, também M. Immunogenum, M. salmoniphilum, e duas subespécies M. abscessus subsp. Abscesso e M. abscessus subsp. Bolletii. Apesar de todos os avanços Taxonômicas dos membros de M. chelonae-M. Abscessus ainda geram Várias dúvidas, devido a importantes semelhanças entre suas características fenotípicas e genotípicas. características. Considerando a importância da identificação correta das Compreensão da taxonomia deste grupo e para detecção de surtos e terapêutica Paciente, o presente projeto teve como objetivo investigar o comportamento taxonômico Posição de um conjunto de M. chelonae-M. Isolados do complexo de abcessus sem Identificação das espécies e um conjunto de isolados da CHII INNO-LiPA® grupo. UMA Abordagem polifásica, incluindo análises fenotípicas tradicionalmente Identificação de micobactérias, teste de susceptibilidade a fármacos, teste comercial Genotype® Mycobacterium CM e AS, Análise de Enzimas de Restrição de PCR da Hsp65 e espaçador transcrito interno 16S-23S (ITS), sequenciação de ADN do 16S rRNA, hsp65 e rpoB genes e os 16S-23S ITS, DNA-DNA hibridização (DDH), Sequenciamento de Genoma Inteiro (WGS) e comparações de genoma foram realizadas Fora. A variabilidade elevada do CHII INNO-LiPA® Cluster foi confirmado. Duas espécies foram validamente nomeadas como novos membros de M. chelonae-M. Abscessus complexo, M. franklinii e M. saopaulense, e três Genomaspecies foram identificadas. Além disso, análises genômicas confirmaram que o tipo Cepas de M. chelonae-M. Abscessus, incluindo os dois recentemente Espécies descritas (M. franklinii e M. saopaulense), pertencem a espécies diferentes, Confirmando a classificação taxonômica atual deste complexo na era da genômica Taxonomia. Este estudo ilustra o uso de WGS para determinar o status taxonômico de Isolados que os testes convencionais não conseguem identificar. Além disso, salienta que 143 Identificação de micobactérias não deve ser realizada com base apenas em metodologia. Este estudo será útil para futuras investigações de infecções e Focos causados ??por membros de M. chelonae-M. Abscesso.
URI: http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/46448
Other Identifiers: https://sucupira.capes.gov.br/sucupira/public/consultas/coleta/trabalhoConclusao/viewTrabalhoConclusao.jsf?popup=true&id_trabalho=4232259
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