Caracterização genética e das pressões seletivas atuantes na região do envelope e das variantes GWGR do subtipo B brasileiro do Vírus da Imunodeficiência Humana Tipo 1

Caracterização genética e das pressões seletivas atuantes na região do envelope e das variantes GWGR do subtipo B brasileiro do Vírus da Imunodeficiência Humana Tipo 1

Título alternativo Genetic characterization and selective pressure of HIV-1 env region of Brazilian samples harboring GWGR motif at the tip of the V3 loop
Autor Camargo, Michelle Autor UNIFESP Google Scholar
Orientador Janini, Luiz Mário Ramos Autor UNIFESP Google Scholar
Instituição Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
Pós-graduação Infectologia - São Paulo
Resumo Apesar do subtipo B ser o mais predominante na epidemia de aids no Brasil, existem evidências que esse subtipo não é homogêneo. O subtipo B apresenta no Brasil uma assinatura no tetrâmero da coroa V3 da gp120 que é a presença de um triptofano (W) ao invés de prolina (P) que é o aminoácido mais freqüente nessa posição do genoma do HIV-1. Aproximadamente metade dos isolados do subtipo B no Brasil possuem um triptofano (W) no tetrâmero do loop V3 da gp120 (GWGR). Essa freqüência não é observada em outros subtipos e nem mesmo no subtipo B em outras epidemias de aids no mundo. Para explorar mais as características das variantes GWGR e GPGR foi realizada uma análise detalhada incluindo inferências filogenéticas, análise de diversidade genética e de pressão seletiva em seqüências dos genes env, pol e gag. Os resultados da análise de diversidade genética e pressão seletiva mostraram que os valores da razão entre dN/dS entre os genes são distintos. Para uma aferição mais precisa da pressão seletiva sugerida pelo método par-a-par foram realizadas análises usando um método de verossimilhança que estima os valores de dN/dS em cada códon individualmente presente no alinhamento de seqüências. Os resultados obtidos com essa análise indicaram códons sob seleção positiva ao longo da seqüência da região dos genes env, pol e gag do HIV-1 em ambas as variantes. Para realmente definir se amostras GWGR e GPGR são variantes distintas ou amostras que contêm apenas uma assinatura diferenciada em env, foi composta uma seqüência concatâmera e comparada a distribuição de ambas as amostras em um agrupamento filogenético. Essa análise mostrou que as amostras GWGR não são variantes distintas do subtipo B brasileiro, mas apenas seqüências com assinaturas diferentes. A distribuição encontrada demonstrou que não houve separação das amostras GWGR e GPGR e sim uma total mistura entre elas. Essas análises mostraram que os vírus que contém W ou P no loop V3 não estão evoluindo diferencialmente na epidemia de aids no Brasil e não são variantes distintas. Possivelmente, os vírus que contêm a variante GWGR entraram cedo na epidemia (efeito fundador), sofrendo disseminação no Brasil.
Palavra-chave Envelope
Filogenia
HIV-1
Idioma Português
Financiador Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
Número do financiamento FAPESP: 06/53818-6
FAPESP: 06/53818-7
Data de publicação 2009-03-25
Publicado em CAMARGO, Michelle. Caracterização genética e das pressões seletivas atuantes na região do envelope e das variantes GWGR do subtipo B brasileiro do Vírus da Imunodeficiência Humana Tipo 1. 2009. Dissertação (Mestrado) - Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), São Paulo, 2009.
Publicador Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
Extensão 98 p.
Direito de acesso Acesso aberto Open Access
Tipo Dissertação de mestrado
Endereço permanente http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/9674

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Nome: Publico-00241.pdf
Tamanho: 1.343MB
Formato: PDF
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