Aplicação de um método de restrição enzimática sobre o gene da protease do HIV-1 para detecção de infecções duplas em pacientes infectados pelo HIV-1

Aplicação de um método de restrição enzimática sobre o gene da protease do HIV-1 para detecção de infecções duplas em pacientes infectados pelo HIV-1

Título alternativo Application of a Screening Method Based on Restriction Fragment Length Polymorphism on the HIV-1 Protease Gene to Study HIV-1 Dual Infections among Infected Patients
Autor Nunes, Edsel Renata de Morais Autor UNIFESP Google Scholar
Orientador Janini, Luiz Mário Ramos Autor UNIFESP Google Scholar
Instituição Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
Resumo Introduction: One of the significant characteristics of the HIV-1 epidemic is the increase of the recombinant forms which can be explained by the existence of individuals being infected by 2 or more distinct viruses, simultaneously or subsequently: a dual infection. Consequently, a recombination requires the presence of a dual infection. In this way, the intense process of recombination between the B and F subtypes in the Brazilian epidemic especially in the southeastern region of the country can only be explained by the high frequency of dual infections. Objective: The aim of this work was to evaluate the prevalence of HIV- 1 dual infections in individuals submitted to antiretroviral treatment which is distributed by the National Program of Sexually Transmitted Diseases, Ministry of Health of Brazil. The objective was to verify if the RFLP standards can be used in the discrimination of Brazilian subtypes and recombinants and develop a RFLP test for the protease gene applied to the Brazilian epidemic and which contemplates the main circulating types currently in the south- eastern region of the Brazilian epidemic so as to develop the sequencing of isolated viruses involved in dual infections e identify their genetic sub- types. Methods: The HIV-1 dual infections were traced using the RFLP assay for the HIV-1 protease gene and cloned afterwards. The dual infections were submitted to the sequencing method to confirm the subtypes and recombinants. The sequences were aligned and the phylogenetic trees were constructed. The recombination standard was determined by using a phylogenetic tree with data generated in Bootscan by SimPlot v3.5 software. Results: According to the protease gene and pol fragment analyses, 32 dual infections were identified in 126 samples corresponding to 25.4% of the samples analyzed. Dual infections and even triple infections were detected being composed of pure subtypes (B and F) and recombinants (BF, FB, BFB, and BCB) or even by the recombinants (BF and FB). In spite of the diversity found in the detected dual infections, the RFLP can still be used as a tool to detect them. Conclusion: The increase of the emerging recombinant forms can be explained by the surge of dual infections in the HIV- 1 epidemic over the years. Dual infections were detected in only 3.8% of the samples in Brazil in the 1990s. In this study, 25,4% of the analyzed samples had dual infections, showing an 8- fold increment in this type of infection in the country. A majority of the dual infections had a recombinant virus as a component. This increase of the viral diversity can lead to the selection of the viruses that can evade vaccine trials even when these vaccines show some effectiveness against the isolated subtypes.

Introdução: Uma das características marcantes da epidemia do HIV-1 é o aumento do número de formas recombinantes que pode ser explicado pela existência de indivíduos infectados por dois ou mais vírus distintos, de forma simultânea ou subsequente- a infecção dupla. Consequentemente a recombinação exige a presença de infecção dupla. Dessa forma, somente a presença de uma alta frequência de infecções duplas explicaria o intenso processo de recombinação entre os subtipos B e F na epidemia brasileira, principalmente na região Sudeste do país. Objetivo: O propósito deste trabalho foi avaliar a prevalência de infecções duplas do HIV-1 em indivíduos submetidos ao tratamento antirretroviral distribuído pelo Programa Nacional de DST e aids, do Ministério da Saúde, verificar se os padrões de RFLP podem ser usados na discriminação dos subtipos brasileiros e recombinantes, e desenvolver um teste de RFLP para região da protease, adaptado para a epidemia brasileira e que contemple os principais subtipos circulantes atualmente na epidemia brasileira na região sudeste. E por fim promover o seqüenciamento dos isolados virais envolvidos nas infecções duplas e identificar os seus subtipos genéticos. Metodologia: Utilizando o ensaio de RFLP, para o gene da protease do HIV-1, as infecções duplas do HIV-1 foram triadas, em seguida clonadas e suas infecções duplas submetidas ao método de sequenciamento para confirmação dos subtipos e recombinantes. As sequências foram alinhadas e as árvores filogenéticas foram construídas. O padrão de recombinação foi determinado utilizando a árvore filogenética juntamente com os dados gerados no BootScan pelo software SimPlot v3.5. Resultados: De acordo com as análises do gene da protease, e do fragmento pol foram identificadas 32 infecções duplas em 126 amostras, correspondendo a 25,4% das amostras estudadas. Infecções duplas, e até mesmo triplas, foram detectadas sendo compostas por subtipos puros (B e F) e recombinantes (BF, FB, BFB, BCB), ou apenas por recombinantes (BF e FB). Apesar da diversidade encontrada nas infecções duplas detectadas, o RFLP ainda pode ser usado como ferramenta para detecção de infecção dupla. Conclusão: Um incremento de infecções duplas na epidemia do HIV-1, ao longo dos anos, pode explicar o aumento no surgimento de formas recombinantes. Na década de 1990, no Brasil, foram detectadas infecções duplas em somente 3,8% das amostras. Em nosso estudo 25,4% das amostras estudadas apresentavam infecções duplas, mostrando um aumento de oito vezes nesse tipo de infecção no país. A grande maioria das infecções duplas tinha como componente pelo menos um vírus recombinante. Esse aumento da diversidade viral pode levar a seleção dos vírus que escapem a tentativas vacinais, mesmo quando estas vacinas demonstrem alguma eficácia contra os subtipos isoladamente.
Palavra-chave HIV-1
Protease
Infecção dupla
Infection
Infecção
Peptídeo hidrolases
Peptide hydrolases
Polimorfismo de fragmento de restrição
Polymorphism, restriction fragment length
HIV Protease
Dual infections
Idioma Português
Data de publicação 2011-01-26
Publicado em NUNES, Edsel Renata de Morais. Aplicação de um Método de Restrição Enzimática sobre o Gene da Protease do HIV-1 para Detecção de Infecções Duplas em Pacientes Infectados pelo HIV-1. 2011. Dissertação (Mestrado) - Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), São Paulo, 2011.
Publicador Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
Extensão 95 p.
Direito de acesso Acesso restrito
Tipo Dissertação de mestrado
Endereço permanente http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/8960

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Nome: Retido-0011.pdf
Tamanho: 1.165MB
Formato: PDF
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