Desenvolvimento de um ambiente virtual de bioinformática capaz de analisar sequências do vírus da hepatite C, identificar genótipo, subtipo e mutações associadas à resistência de inibidores de protease.

Desenvolvimento de um ambiente virtual de bioinformática capaz de analisar sequências do vírus da hepatite C, identificar genótipo, subtipo e mutações associadas à resistência de inibidores de protease.

Título alternativo Development of a bioinformatics virtual environment able to analyze sequences of the Hepatitis C Virus, identifying genotype, subtype and mutations associated with resistence to Protease Inibitors
Autor Pereira, Anderson Alvarenga Autor UNIFESP Google Scholar
Orientador Mello, Isabel Maria Vicente Guedes de Carvalho Autor UNIFESP Google Scholar
Instituição Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
Pós-graduação Gastroenterologia – São Paulo
Resumo O uso de antivirais de acao direta para o virus da Hepatite C tem mostrado que os Inibidores de Protease sao uma estrategia eficaz para o tratamento de pacientes portadores de virus do genotipo 1. Uma ferramenta de bioInformática capaz de identificar o genotipo, subtipo e mutacoes associadas a resistencia a esta classe de antivirais e de extrema importancia para a melhor administracao destes antivirais e monitoramento dos pacientes que possuem indicacao deste tipo tratamento. Este trabalho tem como objetivo o desenvolvimento de um ambiente virtual de bioInformática, propondo inferir, em larga escala, o genotipo e subtipo viral e se este virus e portador de mutacoes associadas a resistencia de Inibidores de Protease. A identificacao dos genotipos e subtipos e feita atraves de similaridade com um banco de referencia, utilizando a ferramenta BLAST. A busca da presenca de mutacoes associadas com resistencia no genoma viral e feita atraves do alinhamento entre a sequencia a ser analisada com a sequencia de referencia H77 do Virus da Hepatite C. Apresenta-se, ainda um pipeline de submissao de dados com interface amigavel onde e possivel submeter dados binarios (cromatogramas) e textos (fasta). O resultado final e um laudo de resistencia genotipica para os Inibidores de Protease contendo o genotipo e subtipo viral e a presenca ou ausencia de mutacoes associadas com a resistencia aos inibidores de protease e com seus niveis de resistencia determinados
Palavra-chave Hepacivirus
Hepacivirus/genética
Inibidores de Proteases
Mutação
Biologia Computacional
Genótipo
Idioma Português
Data de publicação 2013
Publicado em São Paulo: [s.n.], 2013. 78 p.
Publicador Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
Extensão 78 p.
Direito de acesso Acesso restrito
Tipo Tese de doutorado
Endereço permanente http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/23006

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