Uso de plataformas de arranjos para varredura de todo o genoma na investigacao de alteracoes geneticas em leucemia mieloide aguda

Uso de plataformas de arranjos para varredura de todo o genoma na investigacao de alteracoes geneticas em leucemia mieloide aguda

Título alternativo Whole genome scanning arrays to investigate genetic alterations in acute myeloide leukemia
Autor Costa, Ana Rosa Braz Figueiredo da Silveira Autor UNIFESP Google Scholar
Resumo Objetivos: a leucemia mieloide aguda (LMA) e uma doenca clonal resultante de alteracoes geneticas variadas. Este estudo foi dividido em dois. Os objetivos do estudo I, que investigou LMA com +8 e/ou -7/7q- em cariotipo previo, foram: detectar anormalidades geneticas por aCGH; validar alteracoes microscopicas (maiores que 5Mb) cujos resultados do aCGH e citogenetica foram discordante e validar lesoes submicroscopicas recorrentes. Os objetivos do estudo II, que investigou LMA com t(8;21) e inv(16) em cariotipo previo (CBF-LMA), foram: detectar alteracoes geneticas por SNPa e aCGH; verificar a presenca de anormalidades adicionais recorrentes; analisar os achados destes arranjos com aqueles identificados no cariotipo; avaliar a presenca de regioes de perda de heterozigose sem alteracoes no numero de copias (CNN-LOH) e analisar a presenca de mutacoes no gene KIT adicionalmente, no contexto dos resultados obtidos nestes experimentos. Metodos: no estudo I, utilizou-se aCGH com BACs, com 1Mb de resolucao. Os resultados foram analisados com o Spectralware, considerando normalidade ate dois desvios padroes da mediana, requerendo experimento reverso com marcacao invertida. Realizou-se validacao de algumas anormalidades microscopicas com iFISH e daquelas submicroscopicas com qPCR de cinco regioes recorrentes. No estudo II, usou-se duas plataformas diferentes: aCGH, 180K (Agilent) e SNPa 6.0 (Affymetrix). Programas de analise especificos das plataformas foram utilizados: DNA analytics (Agilent) e Genotyping Console (SNPa 6.0), alem de um programa de analise independente: Nexus 6.0, todos com uma resolucao efetiva de 100Kb. Teste de Fisher foi usado pelo Nexus para determinar a associacao entre anormalidade pelos arranjos e mutacao no KIT. Mutacoes no KIT (exons 8 e 17) foram investigadas por sequenciamento direto. Resultados: foram analisados sete casos no estudo I. Atraves do aCGH confirmaram-se as anormalidades detectadas pelo cariotipo nos clones mais frequentes e acrescentaram-se alteracoes microscopicas aos casos 2 e 3, associados a cariotipo complexo, algumas destas validadas por iFISH. As regioes de recorrencia, validadas pelo qPCR foram: 1p36.33, 10q26, 11p15.5, 20q13 e 22q13, todas albergando genes de interesse na leucemogenese. Foram analisados dezesseis casos no estudo II. Alteracoes microscopicas reveladas apenas pelas tecnicas de arranjos foram: nulissomia do Y, nos casos 1 e 9; material adicional do 1q25q44, no caso 6; delecao intersticial do 9q22, no caso 13 e trissomia 8, no caso 7. Com relacao as alteracoes submicroscopicas, detectaram-se varias, a maioria em locais de variacao de copia numerica na populacao geral, com pouca recorrencia entre os casos. Detectou-se ainda um caso de inv(16) nao equilibrada. Mutacoes no KIT estiveram presentes em tres casos. Em dois destes, houve associacao (p<0,05) com amplificacao de 412Kb na regiao 4q28 e CNN-LOH da regiao 16q22.1, com 2,2Mb. Extensas regioes de CNN-LOH (>25Mb) foram detectadas em quatro dos quinze casos passiveis de analise. Conclusoes: as diferentes plataformas de arranjos acrescentaram informacoes ao cariotipo; a importancia das alteracoes detectadas por estes metodos precisa ser validada; do ponto de vista submicroscopico, os casos de LMA sao muito heterogeneos; CNN-LOH foi frequente nos casos analisados; as regioes de desequilibrio genomico identificadas neste estudo podem conter genes associados a LMA
Palavra-chave Humanos
Leucemia Mieloide Aguda/genética
Patologia Molecular/métodos
Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos/métodos
Aberrações Cromossômicas
Mutação/genética
Humanos
Idioma Português
Data de publicação 2012
Publicado em São Paulo: [s.n.], 2012. 243 p.
Publicador Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
Extensão 243 p.
Direito de acesso Acesso restrito
Tipo Tese de doutorado
Endereço permanente http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/22595

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