Diagnostico de candidemia a partir de amostras clinicas por metodo molecular de PCR e sequenciamento de DNA

Diagnostico de candidemia a partir de amostras clinicas por metodo molecular de PCR e sequenciamento de DNA

Título alternativo Candidemia diagnosis from clinical samples through a PCR and DNA sequencing molecular method
Autor Xafranski, Hemilio Autor UNIFESP Google Scholar
Resumo Introdução: As diferencas na suscetibilidade das especies de Candida as drogas antifungicas, assim como a necessidade de controle de infeccoes hospitalares, justificam a demanda de identificacao rapida e acurada de agentes causadores de candidemia. Os testes moleculares ainda nao estao padronizados e disponiveis na maioria dos laboratorios clinicos, mas ha expectativas de que possam reduzir tempo e melhorar a acuracia do diagnostico de candidemia. Objetivo: Nosso objetivo foi padronizar metodologia para a identificacao de Candida spp. a partir de amostras clinicas de frascos de hemocultura utilizando PCR e sequenciamento, bem como validar esta metodologia em coorte transversal de pacientes com candidemia. Metodos: Para a extracao de DNA adotou-se protocolo desenvolvido oin houseo que utiliza congelamento em nitrogenio liquido, agitacao com esferas de vidro e solvente organico. A PCR teve como alvo a regiao ITS do DNA ribossomal e incluiu o BSA para inativar inibidores de PCR. Os amplicons foram sequenciados e estas sequencias foram comparadas com a base de dados do GenBank (NCBI) utilizando a ferramenta BLASTn para a identificacao de especies. Frascos de hemocultura positivos para leveduras foram coletados durante o periodo de estudo, testados atraves do metodo desenvolvido e os resultados foram comparados aos resultados da identificacao fenotipica. Resultados: Foram coletados 164 frascos de hemocultura positivos para leveduras. A extracao com solvente organico resultou em DNA de elevada pureza e boa sensibilidade na PCR (10 pg de DNA de C. albicans e 95% de amplificacao das amostras). A identificacao genotipica das amostras amplificadas apresentou 97% de concordancia com a cultura convencional e permitiu a identificacao de especies cripticas de leveduras. O nosso metodo apresentou sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo e valor preditivo negativo de, respectivamente: 95%, 100%, 100% e 85%. Conclusoes: Com o metodo que desenvolvemos foi possivel identificar com elevada sensibilidade e especificidade especies de Candida a partir de frascos de hemocultura em apenas 24 horas contra 72 horas que e o tempo medio para uma identificacao fenotipica nao automatizada, permitindo a identificacao de especies cripticas do genero Candida. O metodo que desenvolvemos pode ser facilmente implantado em laboratorios de rotina contribuindo para a melhora no diagnostico destas infeccoes
Palavra-chave Candidemia
Candidemia/diagnóstico
Análise de Sequência de DNA
Reação em Cadeia da Polimerase
Idioma Português
Data de publicação 2012
Publicado em São Paulo: [s.n.], 2012. 70 p.
Publicador Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
Extensão 70 p.
Direito de acesso Acesso restrito
Tipo Tese de doutorado
Endereço permanente http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/22143

Exibir registro completo




Arquivo

Arquivo Tamanho Formato Visualização

Não existem arquivos associados a este item.

Este item está nas seguintes coleções

Buscar


Navegar

Minha conta