Caracterizacao e frequencia de uma forma circulante recombinante intersubtipos HIV-1 BF1 recem identificada em São Paulo, Brasil

Caracterizacao e frequencia de uma forma circulante recombinante intersubtipos HIV-1 BF1 recem identificada em São Paulo, Brasil

Título alternativo Characterization and frequency of a newly identified HIV-1 BF1 intersubtype circulating recombinant form in São Paulo,Brazil
Autor Pastena, Evelyn Regina de Souza Autor UNIFESP Google Scholar
Resumo Formas recombinantes circulantes (CRFs) do HIV desempenham um importante papel na epidemia global e regional do HIV, principalmente em regioes onde diversos subtipos estao circulando. Atualmente 5 CRFs estao em circulacao no Brasil. Nesse artigo, nos reportamos a caracterizacao do genoma semicompleto (NFLGs) de 6 recombinantes intersubtipos HIV-1 BF1 filogeneticamente relacionados (5 desse estudo e 1 de outra sequencia publicada). Inicialmente, nos selecionamos 36 amostras de 888 pacientes adultos, residentes em São Paulo que haviam sido previamente diagnosticados como sendo infectado com o HIV-1 subtipo F1 baseado no sequenciamento do fragmento subgenomico pol. O DNA pro-viral integrado as celulas mononucleares do sangue periferico (PBMC) dessas 36 amostras foi amplificado por PCR de sobreposicao com 5 fragmentos, seguido pelo sequenciamento direto. Foram obtidos dados das sequencias apenas dos 5 fragmentos que mostraram estrutura genomica identica. Alem disso, foram construidas arvores filogeneticas, comparando nossas sequencias com sequencias previamente publicadas. Como resultados, obtivemos que das 36 amostras analisadas, apenas 6 sequencias, inferidas como subtipo F1 pela analise da regiao pol, mostraram estrutura genomica identica BF1, com um unico breakpoint identificado na sobreposicao nef-U3 (posicao 9347-9365 no HXB2; regiao LTR). Cinco desses isolados formaram um grupo coeso na arvore filogenetica de diferentes fragmentos do subtipo F1, os quais nos podemos agora designar como CRF46_BF1. Estimamos que a nova CRF representa 0,56% das cepas de HIV-1 circulantes 40 em São Paulo. Comparando com sequencias previamente publicadas observamos que mais 5 isolados compartilham uma estrutura de recombinacao identica a reportada em nosso estudo. Apesar de compartilharem uma estrutura recombinante similar, apenas 1 sequencia parece ser originaria da mesma CRF46_BF1 ancestral. Concluindo, nos identificamos uma nova CRF com um unico breakpoint intersubtipo na regiao de sobreposicao nef-U3 a qual foi designada CRF48_BF1. Dada a importancia biologica da regiao LTR U3, podemos inferir que recombinacoes intersubtipos nessas regioes devem desempenhar um importante papel na evolucao do HIV, gerando, concomitantemente, consequencias criticas para o desenvolvimento de vacinas geneticas eficientes
Palavra-chave Humanos
HIV
Recombinação Genética
Humanos
Idioma Português
Data de publicação 2012
Publicado em São Paulo: [s.n.], 2012. 114 p.
Publicador Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
Extensão 114 p.
Direito de acesso Acesso restrito
Tipo Tese de doutorado
Endereço permanente http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/21989

Exibir registro completo




Arquivo

Arquivo Tamanho Formato Visualização

Não existem arquivos associados a este item.

Este item está nas seguintes coleções

Buscar


Navegar

Minha conta